3L2VA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with manganese and mk0518 (raltegravir)
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/dna
source organism Human spumaretrovirus
total genus 97
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3l2vA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3l2vA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3l2vA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l2vA03
2CKKA 5JS2A 1NK4A 3M8RA 4L59A 4BD3A 2Z1GA 2IDOA 3DRRA 2JLEA 2DY4A 3AVLA 3PNWC 1X9SA 1RI0A 4OVAA 1RBRA 4DTJA 3MXJA 3TAGA 3OB9A 1EXQA 3I0SA 3HL8A 4CJFA 4NCBA 1JXEA 1WSHA 3ITHA 1XC9A 4ZHRA 4BWMA 1ASVA 1UA1A 4FK4A 4Z4IA 3OVNA 4B9SA 2QKBA 3NGZA 3RWUA 2G8KA 1CXUA 1EP4A 1L3TA 2HNDA 3HYFA 4OKEA 2A1SA 4CJQA 3HVRA 4C5IA 1RTHA 2Z1HA 4C8OA 3CM6A 4CFDA 4BDPA 3TAEA 3LZJA 4DLEA 1NK5A 2YKNA 5CZ1A 4EP4A 4NCAA 1TGOA 4CHYA 3L3UA 3SUPA 4FVMA 2KFNA 3P8HA 2DFFA 4NZGA 1WN7A 3LPTA 4HTUA 1IH7A 3L3VA 4NCGA 2YNIA 1ZBHA 4Z4CA 2RJCA 4OGCA 3HJFA 4OPKA 5IN1A 4RW8A 4DSJA 3TAPA 3A2FA 4CIFA 5E41A 1HQEA 2YNFA 3P83D 4IKFA 3TABA 3DI6A 3RMDA 2RI2A 2EQUA 1ZYQA 1RDAA 4FJLA 3QETA 3DLMA 4BE1A 4M3ZA 3AVCA 1RTIA 2Y1IA 2RKIA 3L2QA 3K2PA 1FXXA 3TANA 3ZT4A 3NH2A 3M8QA 4FM0A 2RJDA 1UAXA 3JSMA 3RRGA 3PX4A 3LGLA 3META 2HNZA 4HHTA 1D9DA 4ELUA 2R5AA 2BIVA 5C6SA 3ZSXA 4B9MA 3PMIA 3FC3A 1NJYA 3ZSRA 4FW2A 1RT2A 4AHTA 4QW2A 3RMCA 3LP2A 4O55A 4R5PA 3AVGA 4M3UA 4CEBA 1TKZA 2HQXA 2KZZA 2FBVA 5KE3A 3ASMA 1KSPA 1J53A 1JLCA 1L5UA 3SI6A 3OY9A 2E4LA 3S3OA 2JZ2A 5D6WA 1QSLA 1RBVA 2GUIA 3QINA 1BHLA 5D3GA 2FBTA 1C0TA 1WJSA 4FZZA 2DFHA 3TAMA 1TL1A 4IUUA 2F96A 4CJRA 4FLUA 2RHIA 5J2MA 3O4QA 4F3OA 4B9TA 4M3YA 2R57A 3O3GA 1VSIA 3EY1A 4X34A 3PMTA 2I5JA 1SUQA 4CJTA 4E1MA 1S1WA 4CK2A 2P1JA 4M3WA 4QCLA 3K5MA 1WSEA 4JS5A 1W0HA 3VQEA 2W42A 1D5AA 1TAUA 4RW7A 4K8XA 1YTAA 3DLHA 4UC4A 3LP0A 1JLBA 4FCYA 3L42A 3AVBA 1RNHA 3O8VA 3VQ6A 1KVCA 4DF8A 3RMBA 3SYZA 2D9TA 2WONA 3OYLA 1L3SA 3VQBA 3HPGA 2RHZA 2NLUA 4OKJA 4PY5A 4QVZA 3ZT2A 2K3XA 2LSNA 4AHCA 1O1WA 5KH6A 3CFPA 4IUQA 2X4WA 2QQSA 3SQ1A 3SV4A 1RBSA 4BACA 3V9UA 1KFSA 1S1XA 3NTHA 2GV9A 1LWEA 4CK1A 5FDLA 4KI4A 2HHUA 4HCZA 1JLEA 1BQMA 4DS5A 1GOCA 1GOAA 3CFOA 5KGXA 1WAFA 2M16A 1OYXA 3B6PA 2O4XB 4UQGA 3NF7A 4GW6A 3QLHA 4FJIA 3C6TA 5HLFA 1SL1A 1I3AA 2HVHA 1XHXA 3SUQA 3OYNA 2R58A 2G3RA 2RN2A 1Y97A 2G8HA 4CHOA 4W5TA 2Y1JA 1BISA 3VQ4A 3F70A 2L8DA 1XWLA 4E7LA 1BIZA 4DTPA 2OA8A 4W5QA 1QHTA 4AHVA 1HYZA 4DQPA 1U47A 3VQ7A 2YRVA 4MQ3A 4A4HA 3ZT1A 4Z4FA 4CIEA 4E7JA 4KHNA 1WNSA 1VSFA 3SZ2A 2OZMA 1L3UA 1VSDA 3F9KA 4FJ5A 2IC3A 5J2QA 3VQ9A 4FJ9A 4PLLA 3LLRA 1Z25A 3NGYA 3NH1A 2VYTA 5C42A 1VSHA 2KW4A 4LD0A 4CJLA 3AVAA 1ZBUA 2BE2A 3TAQA 2HW3A 1D9FA 4IG0A 1D8YA 1EX4A 5C25A 4FLTA 4HCCA 4O5BA 2NUBA 2X35A 1X1PA 1BL3A 3VQ5A 4EP5A 4CEZA 3QEWA 4CJVA 1C1BA 3KUFA 3E01A 4ELVA 1YVUA 5D6XA 1WJQA 1QSSA 1JLAA 3PO4A 3C94A 4AHSA 1RT6A 1B92A 4DU4A 1KTQA 3RRHA 1NK8A 2MWOA 4E7IA 2GBZA 2VWJA 3KLHA 3DOLA 5FROA 5J39A 1VSLA 3RR7A 4IUPA 2X6SA 3QO9A 4B9UA 1JL2A 2HB5A 2HQEA 3CM5A 3FEOA 3OYJA 3HM9A 2K3YA 2HHSA 4B9VA 4ELTA 2EKOA 2EQKA 1MU2A 4IUVA 4DFMA 4KHQA 3AVJA 4FK0A 1CZ9A 4N4HA 4B3OA 4DFJA 3H8ZA 2Z1IA 4I7FA 1RT7A 4A4FA 3QNNA 3DLGA 3HP6A 3QKJA 1KRPA 4N5SA 3QIIA 1TKTA 2B4JA 4ZTJA 3V9ZA 1K6YA 4CRIA 2XO7A 4N56A 1T7PA 3RTVA 1BI4A 3NF9A 3PX0A 3TARA 2ETJA 1WLJA 3ALYA 1CXQA 2AJQA 2M1HA 3IS9A 4M3TA 4FZYA 2YV0X 4B8AB 4AH9A 4Z0UA 5KE2A 2VG6A 1ASUA 1MHNA 4KAZA 4I9QA 5DMRA 3OYMA 3CQ8A 3CFRA 3LWMA 2P0KA 1WSIA 3DRSA 1Q9YA 1UA0A 4M3RA 3F73A 1QE1A 3AVKA 4OKKA 1RT5A 4G1QA 4DLGA 2OPSA 3M8PA 3MEVA 4B9NA 4IFYA 4ZTFA 3EAEA 4IFVA 5KCHA 4FLYA 2E5QA 3KK2A 1XHZA 1B9FA 4KB0A 2ATQA 2HNYA 2HHWA 4DQIA 2KTQA 2YHAA 3NAEA 4Z02A 2PYJA 1JL1A 1NKCA 1BCOA 1LWFA 2F5KA 2YKMA 4N4IA 1KHCA 3QESA 1SL2A 3M9QA 2JGUA 1S9GA 1IKWA 3K5LA 2G8IA 4W5NA 5CIUA 3ZSZA 3LANA 2M0OA 3OS2A 3MP1A 4CGFA 3LYIA 4DTSA 4CEEA 1A5XA 1RCHA 4KKOA 4E7KA 4DTXA 4DFKA 2D0BA 2IS3A 3NNQA 2MWPA 3NFAA 3MO8A 3NGIA 1VSKA 3MAQA 5I3UA 1BCMA 2FBXA 5K14A 3MEDA 2O4GA 2HHTA 1EETA 3SUNA 4OGEA 4DU1A 4GMJB 1HJRA 4FZXC 1HQUA 4DTOA 1I39A 3BDLA 2L3RA 1HMVA 3AVFA 3DLEA 1JLFA 1QTMA 2PQWA 3MP8A 4IBNA 3K5OA 4FJGA 1GOBA 3MEAA 3SQ2A 3NTIA 1H3ZA 3OJUA 4LD6A 4Q0BA 4B08A 4CGGA 3VQPA 3VN5A 1KVAA 5HP1A 4FLWA 3ZCMA 4CFBA 3OYKA 1HYVA 1TKDA 4C8KA 1WGSA 4CGJA 3CG7A 3H6ZA 2XDPA 4JS4A 4CF9A 4YFUA 1UWBA 4BDYA 4B9WA 1IKYA 2OPPA 3O3HA 4QQDA 3THVA 3AV9A 3OYDA 2E6NA 4IDKA 3S6WA 4KHUA 3L8BA 2LVMA 3LZIA 4DSFA 3AVIA 3GOXA 3V6DA 3OYFA 4OJRA 3QIPA 4FXDA 3LH0A 4QQ6A 1X9WA 4J2DA 2L89A 1TAQA 2FBYA 3MEUA 3ZSWA 4OPJA 3TI0A 1N5YA 2YHBA 1NJWA 3K58A 2G8UA 3VA3A 3JYTA 3HPHA 4FJHA 1U04A 2D0CA 1ZBIA 4CJPA 3VQ8A 1S9EA 3E9GA 1J54A 4FM2A 1NK9A 2F8SA 3DRPA 1NK7A 3ZSQA 4Z4GA 3LP1A 4CJKA 2XY8A 3NTKA 2LTOA 2XY7A 4CJUA 2LCCA 3KK3A 3G0ZA 2RPIA 4DSEA 3SCXA 3V81A 2OPRA 4GVMA 3AVNA 1RDBA 5J2NA 1SKWA 3ME9A 5J2PA 3IAYA 4FK2A 4LY7A 1RDCA 2HHVA 4W5OA 4EZ6A 3V1OA 4KTWA 5CYMA 1U49A 4KO0A 4WE1A 3CEYA 1LWCA 3KD1E 2EX3A 5IAYA 1RBUA 2RI5A 4Z4HA 3OS1A 4DF4A 4M3XA 4IUTA 2X4YA 1N6QA 1Z26A 1VK0A 2QQRA 3ULDA 3O3FA 4ID5A 3T19A 3DB3A 2RI3A 3AVMA 1B9DA 1IO2A 4DTMA 3WNHA 3WNFA 2EHGA 1DTQA 1LAVA 3MEGA 4Z4EA 5HROA 2P5OA 5C0MA 4CGDA 1ZBFA 2HMIA 3G10A 3UIQA 2GFAA 5CZ2A 4CJ3A 4CJWA 4C5EA 4CHPA 4F2RA 4FW1A 2ZE2A 1S1VA 4JRQA 2PY5A 3LDSA 1RDDA 1KLMA 2VG5A 3DYAA 3SPZA 1ASWA 1S6PA 3S9HA 2RJEA 1TKXA 2G8FA 2ITGA 4PQUA 1QSYA 4EZ9A 3OYEA 1YT3A 3T1AA 3QBYA 4DQQA 1F21A 4O4GA 1U45A 1REVA 4CEDA 3Q1JA 3LALA 2D0AA 4CEOA 2BGGA 1C1CA 4CF0A 3QNOA 4L8RB 4CE9A 5SWMA 1G15A 4HCBA 5HRNA 1SSFA 4A4EA 3OYGA 1Q8IA 4FJMA 4Y1DA 2QKKA 1N27A 2O4IA 3KLGA 3DB4A 2HHXA 4C8MA 3K59A 2GFUA 4M41A 3QJ6A 4XIUA 3LAKA 4RW4A 4ID1A 2G8WA 1C0UA 3AO4A 3K5NA 2DFEA 3QIOA 3LWLA 1HNIA 1FKOA 4CFCA 4ICLA 2IAJA 4O0IA 4B9XA 4Y1CA 3SNNA 1TVRA 2XRIA 2R7YA 2Z1JA 2HVIA 4QAGA 1WSJA 3QERA 2FHDA 4LSNA 1ZBLA 2XHBA 1ITGA 2B5JA 4LH4A 3VQDA 4E7HA 3U3YA 3NDKA 5KCOA 5FRMA 3ZEHA 3HSTB 3QEPA 3L2VA 2R5MA 5HRSA 4DU3A 4F8RA 1SL0A 4NYFA 1OI1A 1LV5A 3MP6A 1J9AA 2QXFA 3S3MA 3L2UA 4DQSA 3BDPA 4RG2A 3V4IA 4KTQA 4DSKA 2LDMA 4AILC 4C8LA 3HVTA 1LW2A 1VRUA 2ZQBA 3HXMA 1NKEA 1IG9A 2E6LA 1T05A 4DSLA 4DWIA 3ZSOA 4CECA 3EYZA 1SV5A 3DLBA 3V9WA 4N4GA 4NS5A 1T8EA 5KTQA 3OMGA 2IGIA 1HNVA 4CJ4A 4M42A 4F4KA 3D45A 2WACA 4TSXA 4H8KA 3CYMA 4CHQA 1JLGA 3TAFA 3OQ5A 3P5JA 2X6NA 4EDUA 4OLBA 4JLHA 4FJ8A 4FU6A 4I2QA 3PX6A 3MEWA 3V1QA 1S6QA 1JKHA 4CJEA 2X4XA 2HHQA 3FFIA 5CY4A 2BANA 3NE6A 1G5VA 5I42A 2LRQA 1JLQA 4GY5A 4KB1A 2WOMA 1LW0A 3ZSVA 1NOYA 1WSFA 3OYBA 1OZ3A 3LP3A 3UWNA 2PYLA 3OYAA 3NF8A 3EZ5A 3L2WA 4CJSA 3I8DA 3AO1A 4DTRA 4CGHA 2BDPA 2ZD1A 3VQCA 1R0AA 3OYCA 1XI1A 4DTUA 3KD5E 1WSGA 4DQRA 1BIUA 3ZT3A 4CESA 3SQ0A 1QQCA 1LAWA 1NJZA 1RTJA 2RHXA 2DIGA 1BI4B 1S5JA 4N47A 2OYQA 5DK5A 4NYNA 2P51A 3AA3A 1FK9A 4CEAA 5JS1A 2VG7A 5KRSA 4CHNA 2XY5A 3KLFA 2JTFA 4HUFA 1HYSA 4PL6A 2EFIA 1YTUA 4DSIA 4BE2A 3O4NA 3KLEA 1HPZA 3RR8A 3TR8A 4CERA 1BQNA 3AO3A 4FLVA 3PO5A 3SJJA 4Q5WA 2RO0A 1KCFA 5J1EA 3VQAA 3P1GA 3UT1A 1A5VA 1RT3A 4QQGA 1NJXA 3VQQA 3E9FA 2BKDN 3QEXA 1EKEA 1A5WA 3I0RA 3KTQA 4C5HA 3RMAA 1RT1A 4OVLA 3V9SA 1HRHA 5C24A 3IG1A 1C6VA 1X9MA 2KZMA 4DMNA 1JXBA 4RW9A 4I9LA 3ISNC 4RW6A 3C4SA 5T7BA 2F8TA 5M9OA 2KFZA 4BDZA 3U3GA 4DG1A 3V1RA 2RF2A 3HT3A 3P8DA 3NH0A 4CF1A 1KFDA 2P5GA 4H4OA 1DLOA 3HK2A 5KI6A 4QOZB 1NKBA 4CEFA 4C8NA 4B9LA 5KRTA 4E0DA 3HO1A 2OPQA 3DMJA 4J2BA 1VSMA 1NK0A 2YNGA 4LH5A 2O4XA 3D0PA 4FLZA 4KI6A 4W5RA 3DOKA 3BGRA 3QEVA 4HVJA 3MEEA 4I2PA 4CIGA 5SZTA 2D5RA 4CHZA 3T3FA 3SUOA 4BWJA 3DM2A 4KTZA 1L3VA 2YNHA 1T03A 4FYDA 3NF6A 1NK6A 4F2SA 4DS4A 4KREA 4LSLA 2EQMA 3AO5A 1QS4A 4MFBA 4E3SA 1Q9XA 3TWHA 1IKXA 2B8AA 4Q5VA 3LGFA 3PY8A 4KFBA 3IRXA 4YNQA 3MXIA 3MXMA 4FJKA 3LAMA 2IG0A 4O0JA 4E89A 2B6AA 1VRTA 5J26A 3HP9A 3KJVA 4FJ7A 3PUFA 5EU7A 4AHUA 3NBPA 3OA6A 4CGIA 3DLKA 2PZSA 4KHYA 3OMCA 3HPOA 4KPYA 1FKPA 1OZ2A 4FL6A 4OLAA 1WAJA 3S3NA 2RHYA 1RT4A 4E19A 1TK5A 1RILA 1TK8A 1S1TA 1TV6A 2QK9A 2IOCA 3WNGA 4F3TA 3ASKA 2DIQA 4CCHA 1WJRA 3VA0A 3KK1A 1NOZA 3OYHA 4PUOA 1KVBA 1W9HA 1CZBA 3AA5X 3ZT0A 3LX7A 1J5OA 2G8VA 5D6YA 4O44A 1BGXT 3PFSA 4AHRA 1C1AA 4A4GA 4PA1A 3KIOA 4B8CA 1C0MA 3C95A 1CLQA 4KRFA 4IG3A 2EQJA 1U48A 3WNEA 4KV8A 3KKRA 1XNIA 2OZSA 4CF2A 5KGWA 3FLGA 1RTDA 1VSJA 4CJ5A 4K8ZA 4FM1A 3DLRA 4CFAA 2RHUA 2FC0A 3OS0A 4M45A 4HUEA 3NCIA 4N76A 4E1NA 4CEQA 3H08A 2DAQA 3FDRA 3ZSYA 3AA4A 5FRNA 3AVHA 3AO2A 5HRPA 4DTNA 2DTUA 3M8SA 4RG8A 3U6FA 2RJFA 3SD4A 1RBTA 3NHGA 3SQ4A 3OYIA 1KLNA 3SPYA 4BE0A 3SV3A 4CK3A 4KHWA 3B6OA 2A1RA 3KLIA 1TK0A 5HRRA 4FLXA 2X74A 3K57A 3AA2A 4C5GA 1VSEA 4N41A 1SKSA 4KHSA 1UOCA 3L2RA 2XY6A 4HUGA 2X78A 4J2EA 1SKRA 1DTTA 4CF8A 2Q3SA 3MECA 4FJNA 4II1A 2KQ2A 1IKVA 1U4BA 4H4MA 3KKSA 2VWKA 2XK0A 4J2AA 3OJSA 1S1UA 3V9XA 3QEIA 4PWDA 4FJXA 4IURA 4FJJA 2GF7A 4DFPA 4JRPA 3LPUA 2BUDA 5HBMA 5CYQA 1TL3A 4PLIA 3C6UA 2E6MA 3PV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TU5A 4DEYA 1YJWI 1N33K 2JT1A 4AIKA 1TUUA 3W0LA 5HNHA 5DCFA 2JS0A 2ATCB 3BDDA 5GAGJ 4XLFA 5HS7A 3CCLQ 1WHGA 1XMKA 3MD2A 4C92D 3R1XA 3X20B 3SFIA 1X9SA 1RI0A 3F6VA 2W00A 5FLVA 4KNYA 1X43A 4DEXA 3U9DA 4LDUA 2P9PB 4PJMA 3MXJA 2EINH 1F1ZA 4IRHA 2XIDA 2DXIA 1T33A 5TRDA 1NEBA 1EXQA 5BREA 3PQJA 2G9WA 3SYTA 3EE8A 4CJFA 2VYPA 2E12A 4M7AA 2JSCA 1NGCA 4H0YB 3ZCOA 1WSHA 1XC9A 5BPDA 4ZHRA 4JX6A 5E3MA 3NAUA 2F2XA 4FK4A 4RAFA 2Q2RA 2QAZA 3I5SA 1BU1A 3I54A 2CYZB 3LAJA 5EXWA 2PVDB 2KQRA 2CWEA 3E3VA 1UGSB 2QKBA 3RWUA 5GMKh 1CXUA 1ZXOA 1ON1A 3S1QJ 4MEYF 1ZKGA 3QBXA 3G25A 2PQ8A 4DLEA 2ECBA 4OMQA 1TTHB 1OH5A 4EP4A 4BC3A 4CHYA 3SDZA 5JHUA 1S72Q 2KFNA 3PTAA 2EV5A 2DFFA 2CGLA 4PHTX 2HOTA 1WN7A 4G7OF 3LPTA 4YEJA 4HTUA 1J5YA 1YJNI 2YNIA 3QPLA 1SEMA 2O03A 1U78A 2P6SA 3CLQA 1H641 2RF0A 4Q4ZF 2FQ3A 4A53A 4QVCA 4RW8A 3DWLE 4JZ3A 1J3TA 2YWWA 2VT3A 3H3ZA 3P83D 4EV0A 2D6FA 1WHMA 3NVMA 2XF5A 5F1XA 3DI6A 1U9NA 2AIRB 2RI2A 5M5XJ 2OTJN 3M0SA 2DCEA 4DOZA 5HNFA 1X19A 4M3ZA 3FMRA 2Y1IA 4YOVA 2DLPA 2DA7A 3FWEA 4IEIA 3LDNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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