3OYEA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium and the insti compound2
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PFV integrase
molecule tags Recombination,viral protein/dna
source organism Human spumaretrovirus
total genus 106
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3oyeA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3oyeA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3oyeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3oyeA03
4OJRA 3DLKA 3MXMA 4WE1A 5HLFA 4AHVA 5C25A 3L2VA 3A2FA 1KFSA 1RCHA 2LTOA 1XWLA 4F2RA 3KJVA 4FL6A 2G8KA 1S9EA 4M3XA 4N41A 4CK1A 3LLRA 2R5MA 2RI2A 3QEIA 3SZ2A 1F21A 1QSYA 3RR7A 3LANA 3SUNA 4Z0UA 3PNWC 3K5NA 4FW2A 3TAFA 3AVNA 4CEZA 3EAEA 2WOMA 4FK2A 4KHUA 4HCCA 1CZ9A 1TAUA 4NYNA 4FJGA 3V1OA 4CJUA 2DY4A 4PQUA 3SUQA 3V9XA 2BKDN 3HJFA 3M8PA 2OZMA 3L2QA 4MQ3A 1RBVA 3NCIA 3O4NA 4HUFA 2AJQA 2XRIA 3M9QA 3VQ9A 3BDPA 1L3VA 3KKSA 4CJTA 4EP4A 2QKKA 4A4HA 3IG1A 3OB9A 3NTKA 2KZMA 2EX3A 2IDOA 3DOKA 4RG2A 3AA2A 4XIUA 5D6YA 5J1EA 3AO5A 1RT7A 2M0OA 1RDAA 4CFBA 3S3OA 3LP2A 1BQMA 4M41A 3ISNC 4KTZA 4PUOA 3KIOA 2YHBA 1RNHA 3CQ8A 4DTRA 4DF4A 3AVLA 3SPZA 4L59A 4B8CA 2IG0A 5J2NA 1O1WA 5I42A 1KLMA 1SKWA 3AVBA 5KRSA 1RDBA 1XC9A 3L2RA 2YV0X 4EZ6A 3L2WA 4IBNA 3TI0A 4ID1A 2PYLA 1HNVA 2IS3A 4RW6A 4DS5A 2HHSA 3DLGA 2VG5A 3D45A 2IAJA 3O3HA 2JGUA 1FKPA 1UA1A 4B8AB 2D9TA 3P8HA 4Q5WA 2YNGA 4CJSA 1VSJA 1X9WA 1D9FA 3V9ZA 1IKXA 2ITGA 1IKVA 4CFDA 3QESA 5E41A 4A4GA 2XY8A 3OMGA 4E7KA 3FDRA 1S1VA 3L2UA 1ZBUA 1B92A 1U4BA 5C24A 4IURA 1IO2A 1KVAA 3QIPA 2NUBA 4KV8A 3JYTA 1EXQA 5C42A 1N5YA 1VRUA 4BE1A 3SI6A 4KTQA 1WAJA 4CEQA 4I2QA 4JRPA 1LAWA 2G8HA 1DTQA 1BISA 4KI6A 3OYFA 2X74A 4QW2A 3QNNA 1VSFA 1SUQA 4CHNA 3QIOA 3V1QA 3AVCA 3TAPA 3VQAA 4NCBA 4F3TA 3L3UA 1OI1A 1XHXA 4OPJA 2A1RA 1G5VA 4HHTA 1RT1A 3OYLA 4KTWA 4PWDA 4LH4A 4FJ9A 3TAEA 1WSGA 1VSHA 1NKCA 4B9TA 1RT3A 4QQ6A 3P5JA 4CJ3A 2W42A 1XNIA 2GUIA 1K6YA 4X34A 4B9WA 1C1BA 5HROA 3Q1JA 2VWKA 3P83D 5FRNA 2M1HA 2O4IA 3FC3A 3MEUA 3AVJA 4O44A 1VRTA 3AO1A 3KD1E 4O0JA 1OZ2A 4LH5A 3SNNA 2HHQA 3AVHA 4N56A 4ZTJA 4M45A 1YT3A 3K59A 3SD4A 3OMCA 2EQKA 1QSSA 1GOAA 5K14A 5D3GA 1YTUA 5FRMA 1S6PA 5J2PA 4FU6A 1Q9XA 4FZZA 5IN1A 3CYMA 3F9KA 1IKYA 4E89A 3QLHA 3LX7A 2LCCA 1VK0A 4CF8A 3KK1A 4A4EA 3NH1A 4FLYA 1BGXT 3AA5X 3OA6A 4FJKA 3PUFA 4Q0BA 1HPZA 2RJDA 1FXXA 3MO8A 3FLGA 2RJFA 3ZT1A 3ZT0A 1HQUA 1BL3A 3RRGA 4B9LA 3E9FA 5KTQA 2HHVA 1KHCA 3CFOA 2B6AA 3TAQA 2HHXA 4IFVA 1U45A 1JXEA 4DLGA 4DG1A 2RJCA 3MP8A 1EKEA 4B3OA 3MAQA 4GMJB 3NTHA 1EETA 2KQ2A 3RMCA 1DLOA 1IH7A 4DQPA 3MP1A 1JLAA 1NK7A 4RW4A 1B9FA 2GF7A 3SQ0A 1EX4A 3OYMA 1NOZA 3NH0A 2JTFA 4QQGA 1X9MA 3LGFA 5EU7A 3NH2A 3ZSOA 3VQ5A 3NF8A 1C1CA 3HVTA 4LD0A 3ZSZA 1SL1A 4CGFA 4BD3A 5C0MA 3HSTB 4AHTA 2P1JA 5KCHA 1GOBA 3MEGA 2R5AA 2F5KA 3F70A 3SUPA 1C0MA 4Z02A 4BE0A 3HPGA 4CGJA 3VQQA 4KHYA 4FLWA 4DU4A 1ZBIA 4KREA 4N4HA 1NK8A 1ASUA 3SPYA 1I39A 2D0CA 2F8TA 4C8MA 2B5JA 1DTTA 1LWCA 4N5SA 1SL0A 4DQQA 1GOCA 4FLZA 3KTQA 4OLAA 3FEOA 3S3MA 3THVA 4E7LA 1JLGA 1HYSA 3PV8A 4DQRA 4J2DA 1W0HA 1X1PA 2KFZA 1NOYA 1J54A 2Y1JA 2IGIA 4KO0A 2XY6A 2GFAA 4FLUA 3LH0A 4CF1A 4O0IA 4CGIA 4ELVA 3DYAA 3CEYA 4KHQA 1TKDA 3V1RA 3NAEA 3M8RA 4M3ZA 2RJEA 4O4GA 1JLEA 5CIUA 2YHAA 1LW0A 4M3UA 2RI5A 4F3OA 4C8OA 3OYNA 5J2MA 3SV4A 4FVMA 4IUVA 4FK0A 4CEFA 2P0KA 3OS1A 2OZSA 3ITHA 4O55A 4CERA 2KFNA 3S9HA 4I9LA 4EDUA 3L3VA 4IDKA 1KCFA 1VSDA 1JL1A 4FJMA 2E6MA 1CXUA 2HHUA 2YKNA 3CG7A 4KRFA 4FLXA 2IOCA 1FK9A 3WNEA 4PA1A 3ZSWA 2YKMA 3NF7A 1RT6A 4KI4A 4J2BA 1WJSA 3LZIA 4N4GA 1HNIA 3UT1A 4IUUA 4B08A 3QKJA 4RW9A 1WLJA 3H08A 3K5LA 4E3SA 1RTIA 3RR8A 2PQWA 2BANA 3QO9A 2FBYA 4CHZA 3PMIA 1QTMA 4N76A 1U04A 3LWLA 3UWNA 4KFBA 1T8EA 1H3ZA 3HO1A 3EYZA 5DK5A 4HUEA 4CCHA 1UA0A 4W5QA 4H4MA 1ASWA 4EZ9A 3EY1A 3NGZA 2YRVA 4CJPA 1R0AA 1HYVA 1TV6A 2LDMA 2A1SA 4FZYA 2D5RA 2VG7A 1BQNA 4M3RA 4DMNA 3ZT3A 1D5AA 4DLEA 1JLFA 3OYEA 4OVAA 3P1GA 4KHWA 4CJLA 2HHTA 2IC3A 1XI1A 3NF6A 3AVAA 3PX4A 2XY5A 1BHLA 3C94A 3B6PA 1JL2A 2M16A 3MXIA 4LSNA 4J2AA 4OPKA 4I9QA 2GBZA 3OYAA 2RHXA 4CHYA 4KPYA 4C5EA 3DLMA 3OYBA 4DU3A 1RT2A 2KW4A 3AO4A 3V9WA 2Z1GA 4B9XA 3AA4A 3AVGA 3LPUA 3T19A 3KLGA 2EHGA 2GV9A 4OLBA 3OYGA 2G8UA 3VN5A 2HVHA 1ZBLA 2CKKA 1ZBHA 4CK2A 4FJLA 1BI4B 1W9HA 1EP4A 3CFRA 1J9AA 1I3AA 3O3FA 1TK8A 4DTJA 2HMIA 4CGGA 3ME9A 1NJZA 2HVIA 4PL6A 3VA0A 1RT5A 2EKOA 2R57A 4RW7A 4NZGA 4A4FA 2FBVA 4AHSA 1UAXA 3O3GA 3H8ZA 1Y97A 4Z4HA 1U49A 4CHQA 3OQ5A 2X35A 4RG8A 1B9DA 4M3YA 1TKTA 1NK4A 2DTUA 3WNGA 2QK9A 3D0PA 4FLVA 1LWEA 1ASVA 4OGCA 1FKOA 4DTXA 2ETJA 3QINA 3NE6A 4CEBA 3PMTA 1YVUA 4FLTA 3PO4A 3S6WA 1HJRA 2RHZA 4AILC 1TK0A 1HRHA 1T05A 4FJJA 3QIIA 4QQDA 4CJQA 3SJJA 3B6OA 1S1XA 3DOLA 1SV5A 3E9GA 4H4OA 2PY5A 1TL3A 1UOCA 4CF2A 3G10A 1RDCA 1U48A 2XHBA 4FM2A 2EQUA 3T1AA 3KLFA 4FZXC 3ZCMA 1L3UA 4K8ZA 4YFUA 4RW8A 1RTHA 3TARA 3DMJA 3DLRA 3VQDA 3QEWA 4UC4A 2QQRA 4YNQA 4FJXA 3OJSA 3MEEA 3KK3A 4CJ4A 2PZSA 1RILA 5D6WA 4IUQA 2O4XB 4B9UA 3ALYA 2VWJA 2OYQA 4CF9A 1QSLA 5CY4A 3ZSQA 3CM6A 3TAMA 5J39A 4CJFA 1BIUA 1NJYA 4CJ5A 2DFEA 3OJUA 1WSJA 1MU2A 3FFIA 2VYTA 2P51A 4E7JA 3TWHA 3QBYA 3UIQA 3PFSA 2R58A 3MEAA 2FC0A 2HW3A 5SZTA 4CGHA 2P5OA 3OYDA 4DSJA 1KTQA 3TANA 3V4IA 3IAYA 4FJHA 5CYMA 4Z4CA 3EZ5A 4CJVA 1WJQA 2GFUA 3DB4A 2F8SA 3M8QA 3ZSYA 4DQSA 4FW1A 4NYFA 1IKWA 4HUGA 1J53A 1S5JA 4JS5A 3NHGA 5I3UA 1TVRA 1C0TA 2WACA 4LY7A 3ZEHA 3LPTA 3VA3A 4DTSA 2OPQA 3DRSA 5JS1A 4NS5A 3TAGA 4BE2A 1SSFA 2YNFA 4N47A 1NKEA 1QE1A 4KB1A 1VSEA 3TABA 3KD5E 3NGYA 2XY7A 3DI6A 4CIGA 4JRQA 3MXJA 3OYHA 3L8BA 2D0BA 3RRHA 4CEAA 1CLQA 3SV3A 1CZBA 3MEVA 3DB3A 5HBMA 4OKEA 3K5MA 4CFCA 1NK6A 5KE3A 1BI4A 4CESA 4DSFA 4Y1CA 4R5PA 3DM2A 4IUTA 4DTNA 3MEWA 1U47A 2VG6A 4AHCA 4GY5A 1TK5A 2R7YA 3LP3A 3V6DA 2BIVA 1YTAA 3G0ZA 1KSPA 4FXDA 1A5VA 2Q3SA 3T3FA 2I5JA 1JLCA 1WN7A 4M3WA 1RTDA 2G8VA 3AO3A 4FYDA 4KHSA 4N4IA 4CE9A 1NKBA 1OZ3A 4H8KA 4BDZA 3HL8A 3E01A 4DFJA 4OKKA 4CEEA 4C5HA 2XDPA 4GVMA 5KCOA 1T03A 3AVKA 4L8RB 1NJWA 4FJ5A 3SCXA 4C8KA 3U3GA 1TL1A 3DLEA 4W5NA 2HQEA 2E6NA 3NTIA 2FBTA 4KAZA 1SL2A 1IG9A 4FJNA 2ATQA 4CGDA 3DRPA 2OPRA 4QAGA 1S1UA 4HTUA 2JZ2A 2ZE2A 1UWBA 2BGGA 1HYZA 4MFBA 3HPOA 4C8LA 1BCMA 1VSKA 4FCYA 5FDLA 3OS0A 2RHIA 2OPPA 2EQMA 4DTMA 4ICLA 2X6SA 1XHZA 3AV9A 4DTUA 4HCZA 4ELTA 3HM9A 3ZSRA 4EP5A 3AVMA 1MHNA 4B9VA 2EFIA 4F2SA 2O4XA 2KTQA 3HXMA 2RHYA 3TR8A 1TGOA 3HPHA 3AO2A 1Q8IA 1JLQA 5KGXA 2HQXA 3RMDA 3VQ4A 2QKBA 1A5WA 1SKSA 2OA8A 3QEVA 2LSNA 2E6LA 1LV5A 1X9SA 1S6QA 1QS4A 3AVFA 1WSFA 5CZ1A 4AH9A 2XO7A 1LAVA 3K57A 1REVA 3SUOA 4J2EA 3IRXA 2B4JA 2E4LA 4DTPA 4B9MA 4DSKA 3DRRA 3VQ6A 3GOXA 4ID5A 2B8AA 2QXFA 1RBSA 4CFAA 2Y1IA 1WSHA 1N6QA 4DTOA 3RTVA 1VSIA 3QNOA 3QJ6A 3NFAA 3VQBA 5HRRA 2YNIA 1ZYQA 4KHNA 1TAQA 3AA3A 3CM5A 3C6TA 2K3YA 5KH6A 4W5RA 4DSLA 5HRNA 3C4SA 2RKIA 4LD6A 4OKJA 2RN2A 3V9SA 2BUDA 4OGEA 4M42A 5FROA 4C5GA 3ZT2A 1OYXA 3LAKA 1KFDA 4IG0A 1Z26A 2L8DA 3P8DA 5DMRA 4DFKA 3S3NA 4LSLA 4PY5A 5CZ2A 4JS4A 4DF8A 4CEDA 4NCAA 5J2QA 4CECA 4E1MA 4C5IA 1RT4A 1RBTA 5SWMA 2E5QA 3I8DA 2DIGA 2X4WA 4E0DA 3K58A 4FJ8A 4W5TA 1C6VA 3QEPA 2PYJA 4JLHA 4CIEA 2K3XA 3KLEA 4FK4A 4CJKA 1C1AA 4C8NA 4FM0A 1G15A 3AVIA 4CIFA 1QQCA 4BWMA 1L5UA 3HP6A 2X78A 3H6ZA 3C95A 1WGSA 3OYKA 1D8YA 5IAYA 4QCLA 4CK3A 1S9GA 1LWFA 3NBPA 4KB0A 4AHUA 3QETA 3O8VA 4CRIA 2HNYA 4E7IA 1BIZA 4CHOA 5CYQA 1KVBA 1SKRA 4F8RA 4FJIA 4IFYA 3VQ8A 3LP1A 2NLUA 1RTJA 3LZJA 3K5OA 3NNQA 2X4YA 2L3RA 4TSXA 1D9DA 3BGRA 4G1QA 2F96A 1S1WA 2HHWA 2MWPA 3ASKA 3IS9A 3V9UA 4GW6A 2G8IA 2LRQA 4O5BA 5C6SA 4KKOA 2RHUA 1BCOA 2O4GA 1JXBA 3SQ2A 4IUPA 2ZQBA 3ZSVA 2DAQA 1NK5A 3LALA 2DIQA 4FM1A 1JLBA 1J5OA 1T7PA 3ZT4A 3HP9A 1A5XA 4BDYA 3KLIA 1KLNA 3U6FA 4ELUA 1Q9YA 3RMBA 3SQ4A 3QEXA 3VQEA 3LDSA 3SQ1A 2Z1JA 2G8FA 2RI3A 2HNZA 1L3SA 3WNHA 4E19A 4ZTFA 3L42A 1CXQA 5KRTA 4CJRA 5KE2A 2BE2A 1TKXA 4HVJA 5M9OA 3LWMA 1QHTA 4CEOA 4Z4IA 1RI0A 4Z4EA 5HRSA 1HQEA 3K2PA 4BDPA 4IKFA 2RF2A 2LVMA 2ZD1A 3F73A 1C0UA 3M8SA 4QOZB 1N27A 3OYIA 4W5OA 2YNHA 2DFFA 1RDDA 1VSMA 2JLEA 4BACA 3V81A 3KUFA 2X6NA 4HCBA 3NDKA 4K8XA 5T7BA 3U3YA 5KI6A 3VQ7A 3KK2A 2DFHA 4DSEA 1NJXA 2WONA 1WNSA 1KVCA 3MECA 3LGLA 3O4QA 4I2PA 2QQSA 1KRPA 4Z4GA 2FBXA 3OYJA 2KZZA 3SYZA 2OPSA 4CHPA 3RMAA 1Z25A 4QVZA 2D0AA 3NGIA 1RBRA 4Z4FA 4B9SA 4DSIA 2Z1HA 5KGWA 4Q5VA 4DS4A 4E1NA 3JSMA 3MEDA 3HT3A 2G8WA 3PO5A 3QERA 3DLHA 4UQGA 1NK9A 4II1A 3KLHA 3ASMA 4CF0A 4CJEA 4F4KA 4AHRA 1ZBFA 2RO0A 1ITGA 3ZSXA 3PY8A 3OVNA 3HK2A 5HRPA 5D6XA 4NCGA 4E7HA 3I0RA 3OY9A 3C6UA 1LW2A 4DQIA 4FJ7A 3LP0A 4OVLA 4M3TA 3PX6A 4ZHRA 1NK0A 2MWOA 1RBUA 5HP1A 1JKHA 3WNFA 3OYCA 1WAFA 4Y1DA 4DFPA 1WSEA 3NF9A 3DLBA 4IG3A 4DFMA 2EQJA 3KKRA 3HYFA 3META 1WSIA 3BDLA 2G3RA 1WJRA 3HVRA 3MP6A 3I0SA 3LYIA 2XK0A 4PLLA 3OS2A 4DU1A 4PLIA 4B9NA 2BDPA 3PX0A 3ULDA 1S1TA 4I7FA 2L89A 1HMVA 5J26A 2FHDA 2Z1IA 4CJWA 2HB5A 5JS2A 2HNDA 3VQPA 1TKZA 4BWJA 3CFPA 1L3TA 2P5GA 2RPIA 2X4XA 1VSLA 3VQCA 4DWIA 3LAMA 3RWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AQYK 3BR0A 3MXMA 2FSNA 4WE1A 1VIEA 4IXAA 4KISA 1KFSA 1AD5A 1RCHA 3MK6A 4HNTA 3JCMe 2DK3A 3ZEUB 3VTHA 3CCRI 4C92A 3BY6A 3P9KA 2BBYA 4HG2A 5D6FA 2ISZA 4FL6A 1W2BP 1S9EA 3WTZA 4N41A 2NXNB 3LLRA 2PN6A 2HVRA 3A2KA 3MZ8A 1SHGA 3TAFA 2CP3A 5BPNA 1ZGAA 4CEZA 5KYUA 3TTDA 4LB5A 1OJLA 4KHUA 1I1JA 4FT4A 1KQSM 1CZ9A 2E70A 4Y15A 2HZDA 3WTUC 4OPHA 4C3IJ 1R7JA 2L3DA 3SFZA 2E5NA 2F4MB 2NUPA 4XTZA 4ISFA 1IN6A 5CKTA 1H0MA 3FWEA 2C0TA 4O6JA 4C2UA 4M3GA 2M0YA 2DY4A 4PL8A 5HCKA 4WCIA 2K9GA 3JW4A 1EWRA 3WEEB 3V9XA 2QAZA 3O5ZA 3M8PA 1NGBA 2ADUA 2DA5A 4M78F 2AQEA 4M7XA 1WIEA 2RNAA 4LXCA 1I3QJ 3NCIA 4HUFA 1R49A 1S8NA 2MK5A 4HDVA 5GJVB 1X1BA 3FMSA 4HPQA 1PM3A 1O3SA 1NK3P 1I81A 2V8KA 4WFAL 4B3AA 2JS2A 1AHDP 2G6FX 2QA4I 2K4YA 2EX3A 3L00A 2E34A 2IDOA 1WBDA 3DOKA 3VODA 4RG2A 1W36C 4ESJA 5D6YA 5J1EA 2DXBA 5TISC 3GZ6A 3FIWA 3H1QA 1MMNA 2DO3A 1M1GA 3CJ1A 3BUZB 3DU5A 5B5EC 2DMQA 1ZAOA 3ISNC 4KTZA 2ZCWA 3KIOA 1NPRA 2BY1A 1ZLJA 3F8BA 4AVPA 1RNHA 3MCZA 1YJNT 3W6VA 4DTRA 4XK8E 2FMLA 2FL7A 4L59A 2WBMA 3D5SC 3VF2A 4HVWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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