4BE0 | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	368
structure length	368
Chain Sequence	LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__984585801464447__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__984585801464447__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BE0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__984585801464447__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"984585801464447","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BE0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__984585801464447__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d1c86c1b4d22738046f9df2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d1c86c1b4d22738046f9df2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d1c86c1b4d22738046f9df2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d1c86c1b4d22738046f9df2/pdb.gz): 301 ms

reading 368 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

368 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:367});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/dna
source organism	Human spumaretrovirus
publication title	Activities, Crystal Structures and Molecular Dynamics of Dihydro-1H-Isoindole Derivatives, Inhibitors of HIV-1 Integrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PFV INTEGRASE
total genus	108
structure length	368
sequence length	368
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2012-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF17921	Integrase_H2C2	Integrase zinc binding domain
A	PF18103	SH3_11	Retroviral integrase C-terminal SH3 domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.2300	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Arc Repressor Mutant, subunit A	4be0A04
1.10.340.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Endonuclease III; domain 1	Endonuclease III; domain 1	4be0A01
2.30.30.140	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	4be0A02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4be0A03

1KVBA 3DMJA 2G8UA 1S1WA 1Q8IA 4KI4A 5SWMA 2A1RA 4OLAA 4FLXA 4Z02A 4CJ5A 3SQ0A 3OYGA 3V9SA 2R5AA 4E7IA 3HXMA 4ELTA 4DSFA 1C1CA 1YT3A 3RMBA 4KFBA 3OJSA 3I0RA 5KCOA 2E5QA 2B6AA 3F73A 4DF4A 1TKZA 5FDLA 4N4IA 3L3UA 3KTQA 3QEWA 3ZSYA 3V1RA 3QLHA 3TWHA 4DFPA 4RW4A 2VYTA 4CEFA 2M1HA 2X35A 4E7KA 4OKJA 2PYJA 3SUNA 1C1BA 4DQRA 1TVRA 3WNGA 4FVMA 1BI4B 4YFUA 3H8ZA 2D9TA 4O0JA 1UOCA 1T05A 1X9WA 3KD1E 1K6YA 3MEAA 2XY5A 2X4XA 1JLQA 1S9GA 1KTQA 4FJ8A 1JL2A 1XHXA 1LWEA 3RRGA 2HHTA 1XNIA 4FU6A 1QQCA 2HNYA 4KV8A 3CFRA 4KAZA 4OGCA 4CHNA 1RI0A 3I0SA 4M3UA 1JLFA 1QSSA 3HYFA 5EU7A 2X6NA 4A4FA 3AO5A 3EZ5A 4IURA 4HHTA 1TL1A 5FRNA 5HRPA 4N41A 1WSFA 4RW9A 1G5VA 1EP4A 4CJWA 1WJQA 2I5JA 1ZBIA 4PLLA 3QNNA 4NS5A 3M8SA 2EX3A 4B8CA 4E7LA 4NCBA 1S6PA 2Q3SA 4A4EA 3K59A 1LWCA 3RWUA 4Z4IA 1LW2A 1J53A 4HTUA 2G8VA 3OYIA 2IS3A 3FLGA 2X4YA 3PUFA 3I8DA 3V9ZA 4GVMA 3KK3A 1L3SA 3B6OA 2R5MA 1TK5A 3QIPA 2VG7A 3D0PA 4HVJA 1YTAA 1TK0A 4FLVA 2NLUA 3AA4A 3QBYA 3DI6A 1G15A 3SYZA 1Q9XA 4JRPA 3M8RA 1FK9A 4M3XA 4CFAA 3NTKA 4PQUA 4N5SA 2M0OA 1RT5A 4Z4EA 3TARA 1NJYA 4O4GA 2BUDA 3M8PA 4FZZA 3A2FA 1YTUA 3OYBA 4CHYA 3ISNC 2ZQBA 3QJ6A 1UWBA 1OYXA 1BHLA 4DS4A 4CJFA 2WOMA 4W5QA 2IAJA 4DSLA 4E7HA 4B3OA 4B9MA 3HVRA 1WN7A 4CHQA 3ME9A 3QKJA 4FYDA 3C6UA 4CHOA 1QSLA 2IDOA 3DLHA 4O5BA 4JRQA 3O8VA 1IG9A 3ZSZA 3S6WA 3OS0A 4FJMA 3FFIA 1JLBA 1KHCA 3LGFA 3SJJA 3QESA 3K58A 4HUEA 2YHBA 2KTQA 4BE1A 4Y1DA 1JLEA 1U45A 1NKBA 3ZCMA 4HCBA 4M3RA 3PNWC 1L3VA 3CM6A 2HHSA 3LP2A 1VSHA 4C5IA 4DQIA 3DLGA 3C94A 3DLEA 4QVZA 1ASVA 2OPRA 1T8EA 1RTHA 1BIUA 4PLIA 4FJNA 1GOAA 2GF7A 1CZ9A 4UC4A 1VSDA 3KK1A 2KFZA 1L3UA 4KHQA 2R57A 1X9MA 2OPPA 1JLGA 2RN2A 4M41A 3HSTB 5HRSA 4RG2A 3OYEA 3FC3A 3DRRA 3RTVA 1TAUA 3L3VA 1S1XA 4N47A 2P5GA 3NGIA 1BCMA 3E9GA 2R58A 1HMVA 1RT4A 4FK2A 4Z4FA 4FK0A 1I3AA 3DB3A 3KLGA 3SPZA 3C4SA 3VQ5A 2RI5A 1NK0A 3PO4A 2LRQA 1B9FA 3VQEA 3SPYA 2DTUA 2HHVA 4EP5A 5KGWA 5J26A 2EQJA 2PQWA 2JLEA 4W5TA 4YNQA 2BGGA 3SI6A 3NTIA 5KRSA 3EYZA 4FJIA 5DK5A 4OKEA 1VSMA 5KRTA 4FLZA 4ZTFA 3LANA 3TAFA 2ETJA 1U49A 3OYKA 4NCAA 4DLEA 3O4QA 1X1PA 3QETA 3QERA 4UQGA 1NOZA 3NH2A 3NAEA 1C0TA 5HRNA 2O4XB 2YKNA 4FW1A 3QEXA 3ZT1A 4DMNA 4B9NA 3L42A 5HRRA 3BGRA 4DTRA 4EZ9A 1OZ2A 3OMCA 4KHSA 4Y1CA 5KE2A 4FZXC 1BIZA 1LV5A 2YNIA 1JXBA 4Q5VA 4DSIA 1R0AA 4DF8A 1L5UA 4CEBA 1BCOA 2RJEA 2K3YA 3O4NA 4FLYA 1UAXA 1S9EA 3HPHA 1S1TA 4EDUA 2FHDA 1TV6A 3HVTA 2P0KA 1BI4A 1LW0A 1A5XA 4LD6A 4M42A 4C5GA 1HYVA 1NJWA 3HO1A 4M3ZA 2ATQA 1N27A 3QEPA 3NF7A 4DQPA 4AHCA 2X74A 3L2WA 1SKWA 3OQ5A 1CXUA 1CZBA 2E6LA 1J54A 1HRHA 1SL1A 4KHYA 4CF2A 1RDCA 4CEOA 3E01A 1HYSA 4W5NA 2D5RA 2XHBA 3CYMA 2RJFA 4ZTJA 1RBRA 3H08A 3HJFA 3SCXA 3LAKA 2Z1JA 3ALYA 4ID1A 4CHPA 3AA5X 2D0CA 4DQQA 1UA1A 2VG5A 1JKHA 2P5OA 2GUIA 1D8YA 3HL8A 2G8WA 2R7YA 4A4HA 1HQEA 2F8SA 4BD3A 1IKWA 2WACA 3PX4A 4FCYA 2RKIA 2X4WA 3OMGA 3LWLA 4DTOA 1QHTA 4DTNA 3AA3A 1BQMA 3VA0A 3CM5A 4DG1A 4B9XA 3AVAA 4KTWA 2YNFA 4CIGA 3LDSA 3P8HA 2L89A 3ZSWA 1NK9A 3SD4A 1FKOA 1T7PA 4CGFA 4CEQA 4L59A 3JYTA 4M3WA 3PV8A 2RHZA 4CCHA 3LGLA 2KZMA 1KFDA 4WE1A 1SUQA 5CZ1A 2RHYA 1RT6A 3AVCA 2MWOA 3SV3A 3NNQA 4IDKA 4IUTA 3WNFA 1QTMA 3MEUA 3C95A 4RW7A 4CESA 3NF8A 1C1AA 3K2PA 3TANA 3VQBA 4FXDA 5CYQA 3DYAA 4CK3A 4F2SA 5C6SA 3RMDA 3KLEA 4IG3A 3NBPA 4JS5A 4DS5A 5SZTA 2OYQA 2QKBA 2RF2A 3VA3A 4HUFA 4ID5A 1I39A 3TAMA 4FJJA 1QS4A 3DRPA 3VQ6A 4CJSA 5HP1A 2HB5A 4PY5A 4HCCA 1U4BA 1WSEA 4KTZA 1DLOA 2DIGA 4QQGA 4JS4A 2RJCA 4DWIA 3U6FA 3NH1A 2IG0A 4ICLA 4CJ3A 4NYNA 4CERA 5KI6A 2XY7A 4Z4CA 3AO1A 1NJZA 1DTQA 3K5NA 3AO4A 3O3FA 2RO0A 4NZGA 3DOLA 1TL3A 2GBZA 5C25A 3K5MA 2OPSA 3MXIA 1A5WA 3DLKA 3MXMA 1KRPA 4N76A 1RT2A 3MO8A 4W5RA 3TABA 1MHNA 1F21A 3ZSRA 3OB9A 1RDDA 3LPUA 1VSIA 2HHUA 4C8LA 4C8NA 4MQ3A 2XO7A 1U48A 5C24A 4C5HA 5KE3A 3V9WA 4Z0UA 4DSEA 4DTXA 4OLBA 4FJHA 5J2QA 1U47A 4DFMA 3ZSQA 3NHGA 4NYFA 2YKMA 3ZSOA 2KZZA 3OJUA 3MEEA 4L8RB 4CIFA 2X6SA 1ZBFA 1Q9YA 1REVA 3UIQA 1IKYA 1TKXA 1FXXA 4MFBA 1HQUA 3DLRA 3SUQA 3KLHA 1NKCA 3LH0A 3V1QA 1RILA 3KK2A 2IC3A 1EKEA 2Y1JA 5D6XA 1KVAA 3LZJA 5IN1A 2X78A 4RW8A 1WNSA 3AO3A 3LWMA 3SQ2A 4QAGA 1RBTA 3VQ4A 4DTUA 5HROA 1XI1A 3QO9A 3S3MA 4CK1A 2B5JA 2GFAA 3VQ7A 3MEVA 4ELVA 5C42A 3CQ8A 4E1MA 1ASUA 4FJLA 1H3ZA 3FDRA 4DU4A 4KB1A 1RBVA 5JS2A 3KJVA 3LP3A 3L2RA 3QNOA 3ZT3A 2O4XA 5FRMA 3OYAA 1RDAA 4X34A 3DLMA 4KHWA 1BGXT 1RTJA 1RTDA 4AHSA 2HQEA 1BISA 2BE2A 3V9XA 1W9HA 1EETA 4BDZA 2CKKA 2DIQA 2F8TA 4F8RA 3IRXA 1OI1A 4PUOA 4J2EA 2QKKA 4CEZA 3PX6A 1WJRA 1IO2A 4LH5A 1VK0A 3ZEHA 1Z25A 4LY7A 3PMTA 1NK5A 4CE9A 2LCCA 4CJVA 3LLRA 4HUGA 4OVAA 2HHQA 2YV0X 4CFDA 3GOXA 1S1UA 3AVIA 3B6PA 2XY6A 3AVGA 4FK4A 2M16A 4HCZA 3M9QA 4I2PA 3P1GA 2RI3A 3AVMA 4KI6A 4IKFA 3TR8A 4B9WA 3AVNA 3AVHA 4Q5WA 2HMIA 4J2DA 2LSNA 3NGYA 1T03A 3SUPA 1HPZA 3QEIA 3JSMA 2GV9A 1D9DA 2AJQA 2FBXA 4AHTA 3PO5A 1SL2A 3NGZA 3TAEA 2RHXA 3OYJA 4BACA 3OYMA 2EQUA 3VQ9A 4IUPA 2XK0A 1SSFA 4H8KA 4ZHRA 2XDPA 1SKSA 3VQPA 1GOBA 2HNDA 4CEAA 3V81A 1L3TA 4OPKA 3CFOA 4I7FA 4B9UA 3ZSVA 4FJ5A 2QXFA 1N5YA 5D3GA 2FBVA 4I2QA 3OYNA 3ZSXA 4DLGA 2OZSA 3PX0A 2LDMA 4CJKA 2JGUA 4CJQA 2PZSA 1J5OA 2BIVA 4CGGA 2YNGA 4IUVA 4CEDA 3OS1A 1B9DA 1QE1A 1LAWA 3L8BA 4BWJA 3V1OA 3SV4A 3OVNA 1LAVA 4QCLA 4IFVA 3L2UA 1CLQA 5J2NA 5J39A 4OVLA 3NTHA 4RG8A 3IG1A 4IUUA 1TGOA 1WGSA 4E1NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4BE0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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