4BE1 | Genus

Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	368
structure length	368
Chain Sequence	LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__29949029405144__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__29949029405144__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BE1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__29949029405144__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"29949029405144","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BE1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__29949029405144__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d1c8653b8efd172982caa50/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d1c8653b8efd172982caa50/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d1c8653b8efd172982caa50/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d1c8653b8efd172982caa50/pdb.gz): 429 ms

reading 368 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

368 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:367});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/dna
source organism	Human spumaretrovirus
publication title	Activities, Crystal Structures and Molecular Dynamics of Dihydro-1H-Isoindole Derivatives, Inhibitors of HIV-1 Integrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INTEGRASE
total genus	105
structure length	368
sequence length	368
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2012-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF17921	Integrase_H2C2	Integrase zinc binding domain
A	PF18103	SH3_11	Retroviral integrase C-terminal SH3 domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.2300	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Arc Repressor Mutant, subunit A	4be1A04
1.10.340.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Endonuclease III; domain 1	Endonuclease III; domain 1	4be1A01
2.30.30.140	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	4be1A02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4be1A03

3S3NA 1LAWA 4CK3A 4E7LA 4F3OA 2O4IA 4N4HA 3IAYA 3KK3A 3P8HA 1BHLA 3OS1A 4CEDA 4N56A 3TAQA 1H3ZA 3VQCA 2HHQA 2NUBA 3HYFA 3D45A 1IG9A 5SWMA 4FLTA 2E6LA 4CHOA 1SKRA 4DTUA 1HPZA 4KV8A 1W9HA 3VQQA 1TK5A 4KHWA 4DG1A 3L2RA 5CZ1A 1J9AA 3LALA 3I8DA 4FZYA 1RBRA 3AVNA 2P51A 2EQJA 2YKMA 4NYNA 4DQRA 1KVCA 3V9WA 1RBTA 3HVRA 1N27A 2R7YA 4IUVA 1S1VA 3M8SA 2MWOA 4MFBA 4CEEA 5K14A 2HMIA 4FJ7A 3DRPA 4CEBA 1A5XA 1S6QA 4CFAA 3L2QA 3K5OA 4CJQA 4FZXC 3QEVA 4DS4A 3RMAA 2YNFA 2HHWA 3HSTB 2D0BA 1TAQA 1WGSA 3DM2A 4EP4A 4O55A 1WJRA 1YVUA 3M9QA 5CYQA 4XIUA 4HUFA 1LWEA 3PV8A 4DTMA 4H8KA 3PMIA 1TAUA 4LSNA 3E9GA 4K8XA 1KVBA 2M0OA 3G10A 3CFRA 1RBUA 5HRRA 4KHUA 1DTTA 1ASVA 1D8YA 4CHYA 3NF7A 4KTWA 2L89A 5DMRA 3H8ZA 4G1QA 4OPJA 4E7HA 1LAVA 2LSNA 4EZ9A 3HPOA 3PX6A 1RDBA 4DTNA 1VK0A 3ISNC 4W5NA 4YNQA 1HNIA 5M9OA 3K5LA 4CF8A 3DB4A 4ELVA 5FROA 2DFEA 4N4IA 1D5AA 3OYGA 4AHSA 1O1WA 4M3UA 4CRIA 3NGYA 5C42A 3MECA 4CJVA 3K58A 1NK0A 1RT6A 3KD5E 4C8MA 3NAEA 3CG7A 1RBVA 4OVLA 5J2MA 4C5IA 2DTUA 3M8PA 3HPGA 4N47A 1NKCA 3UT1A 1KFSA 2X4XA 5J39A 4M41A 2QQRA 3VQPA 4CHZA 3MP1A 3ASKA 3MEAA 4NCAA 4B8AB 4FXDA 4CCHA 3E01A 2RI5A 1N6QA 4CEZA 3KLIA 3M8RA 4MQ3A 5DK5A 4FJ9A 2FBXA 2XK0A 1X9SA 4FK2A 3LP0A 4QQGA 3BDLA 3RMBA 4JS5A 3ITHA 3ZT3A 3LX7A 2HHUA 3OS2A 5FRNA 4DFMA 1B9FA 4F2RA 2O4XB 3KKRA 3OYMA 2Y1IA 1K6YA 5FRMA 4QOZB 4KRFA 2XDPA 3KLEA 4ID1A 2W42A 1QQCA 3AVCA 3V1QA 1XWLA 3SD4A 1JXBA 3EAEA 3VQ9A 3ZSOA 3ZSQA 1RCHA 1KLNA 2EHGA 3O4NA 1RBSA 3K2PA 4KKOA 2ETJA 3QINA 3CM5A 4OPKA 4L59A 1HQUA 4CK1A 1SKWA 1VSKA 4CJWA 3SI6A 1QS4A 1LW2A 1YTAA 4DF4A 4WE1A 1ZYQA 3MXMA 4DMNA 4CIEA 4QAGA 4CHQA 1L5UA 4BE2A 2VG6A 3IS9A 3DLBA 3OMGA 4LD6A 1CXUA 2Z1HA 1RT3A 5J2QA 4A4FA 4BWMA 1WSFA 2E6MA 1F21A 4B9UA 4Z4HA 4Z4IA 3MEGA 2BDPA 3TR8A 4IG3A 4I2QA 1WJQA 2R5AA 1X1PA 3KKSA 5KRTA 4DS5A 1X9WA 1LW0A 4HUGA 5J2NA 4KFBA 1C1BA 4JRQA 1FK9A 3VQDA 3H08A 2HHTA 4LY7A 4N76A 4CF2A 4CECA 3V81A 3OY9A 4CJFA 3O4QA 3JSMA 5C25A 3SUNA 3OYDA 3SQ1A 2OA8A 4Z4FA 2E5QA 4J2BA 4BACA 1IKYA 3AO2A 1WAFA 3AVIA 4B9MA 3JYTA 2KZMA 2HQXA 3C6TA 4PA1A 4FJ8A 2QK9A 4DFJA 3WNEA 5D6WA 3S9HA 1CXQA 1BI4B 3AO4A 4O4GA 1CZBA 3AO1A 2IC3A 3AVBA 3DLHA 1MHNA 1OZ2A 4BE1A 2P5OA 3AVLA 1ZBLA 4CGIA 3AVFA 2F96A 1N5YA 1ZBFA 4DQQA 2EQMA 3SYZA 5KCHA 3PFSA 2RJFA 1TV6A 1IKXA 1D9FA 5KCOA 2LCCA 5CYMA 4EP5A 1RTJA 3QIOA 4CIFA 4W5TA 4DSIA 2OPQA 4PUOA 4M3ZA 1QSSA 5C6SA 3NH0A 4FW1A 1TKZA 1VSMA 3SQ2A 4F8RA 1JLCA 3AVHA 3S6WA 4KI6A 3DRSA 2DFFA 3FFIA 3P1GA 1NK6A 1WSJA 3OA6A 1RI0A 2BGGA 4O0JA 2XRIA 4PLLA 4FW2A 4FJMA 2WACA 3O3GA 4FJIA 4UC4A 1UA0A 2X6SA 4AHCA 3GOXA 2WONA 1L3VA 4F4KA 2IDOA 4CFCA 4FK0A 4NZGA 2G8WA 4CE9A 2P0KA 4CGFA 1A5VA 3QIPA 1RDAA 1T7PA 2Q3SA 3NH1A 4DQPA 3ZSZA 4IKFA 1QTMA 3HL8A 3MP8A 3MEEA 5C24A 3RMCA 4X34A 4B9XA 4PLIA 4KTZA 3NGZA 3HO1A 3TAMA 3NH2A 1QSYA 4O44A 3A2FA 3G0ZA 4AHRA 2PYJA 1WAJA 4H4OA 5IN1A 2RF2A 1KHCA 4ID5A 4TSXA 2L8DA 2X4YA 2YKNA 3I0SA 1GOBA 2O4GA 4CJPA 5J1EA 3PO5A 3DYAA 4CJUA 4FM2A 1NKBA 4KI4A 1BIZA 4I9QA 4KHYA 1ZBIA 2RHYA 4DTSA 3LPUA 1RDDA 4N41A 1BQNA 4HCCA 4Q5VA 3RRHA 5J2PA 3SJJA 1KTQA 2OZSA 1Q9XA 1S1XA 4FL6A 3LDSA 1BQMA 4PQUA 4JLHA 4KB0A 4NCGA 3OYNA 1G5VA 4CJTA 3MAQA 4ELTA 2QQSA 4CF0A 4R5PA 3SCXA 2DAQA 3DLEA 3MEWA 2VG7A 1C0UA 3SPZA 2VWJA 1S1TA 2YNHA 4DWIA 5KE3A 1SUQA 3V6DA 2QKBA 2Z1JA 4Z4GA 1S1UA 2VWKA 3NHGA 1T8EA 2F5KA 3OVNA 4EDUA 1U48A 1SSFA 3UWNA 4F2SA 1NJXA 4IBNA 1QHTA 3H6ZA 5SZTA 3QNNA 3UIQA 2RI3A 4IUQA 1FKPA 1VSDA 3WNHA 3VQ7A 2R57A 2FC0A 3TARA 2G8FA 3OMCA 3PY8A 3VQAA 1FKOA 3RTVA 3ZEHA 4L8RB 1VRUA 2FHDA 1KVAA 1NK7A 1TKTA 2X74A 3C4SA 1JKHA 2DFHA 1HYSA 4DSLA 4FJHA 3SQ0A 1LV5A 1CZ9A 2XHBA 4RW8A 4Y1CA 3L3VA 3WNGA 2JTFA 3L42A 3NE6A 3WNFA 2YNIA 3HT3A 3S3OA 5KGWA 1B9DA 4OKJA 5D6XA 2GF7A 1IKVA 4M3WA 4OLAA 1GOAA 5CZ2A 3NNQA 3DLKA 3EZ5A 1XHXA 4OKEA 2HQEA 3SZ2A 1WSHA 3FLGA 4FJKA 4CJSA 3EYZA 1KFDA 2RHZA 2NLUA 4E19A 3NDKA 3L2WA 2A1RA 4CEAA 1RTDA 1TGOA 2IS3A 4CHNA 4M3YA 1G15A 2RHUA 4FJNA 1A5WA 3V1RA 3LP1A 4CGHA 2PY5A 3P5JA 3EY1A 4IUPA 3AVAA 1JXEA 1QSLA 1S5JA 4O5BA 4H4MA 2HHXA 4B3OA 4AHTA 1BIUA 4ZTJA 5KRSA 3NBPA 3OYHA 5D6YA 1UWBA 4HUEA 4DLEA 1J5OA 3TAFA 1Y97A 1S9EA 2ZD1A 3NCIA 3RR7A 5JS1A 3OYLA 3AA3A 4C8NA 1I39A 4O0IA 1EXQA 2BE2A 2ZE2A 4OGEA 1VSHA 3QJ6A 2HNZA 2HHVA 1JLQA 1TK8A 1EETA 2DIQA 2HNYA 4NCBA 2BUDA 2WOMA 3LPTA 3TAEA 3AA4A 4OLBA 3KUFA 4J2AA 1S6PA 4W5OA 1NJZA 2X78A 4M42A 2K3YA 3QEXA 2I5JA 1W0HA 4FLXA 4QQDA 3HVTA 4LD0A 2L3RA 3ZSVA 4HCZA 3RRGA 4HCBA 1OYXA 5IAYA 1JL2A 3AVGA 3K5NA 4DU4A 2KW4A 1ZBUA 4N5SA 4Z0UA 2FBTA 1BGXT 2B5JA 3OS0A 2LRQA 4W5RA 5J26A 4KREA 3CYMA 4DQIA 3Q1JA 2HVIA 4E7JA 3MEDA 3LH0A 2LVMA 4IUTA 2JLEA 3OYAA 3K59A 4CJKA 4DF8A 4B9TA 3LP3A 2RJCA 3M8QA 4BDPA 4EZ6A 3BDPA 1Z25A 4B8CA 4QW2A 1NOYA 1RTIA 1NJYA 5D3GA 4AHUA 2YRVA 3HM9A 1IKWA 3O3HA 4FJLA 2YHBA 1NJWA 3OQ5A 3AVMA 4DTOA 5I42A 3PUFA 4CJLA 1T05A 2YHAA 4FJ5A 4C5HA 1RT2A 1C0MA 3C95A 3IRXA 4B08A 3SV3A 1VSEA 4IG0A 4QVZA 3FC3A 4GMJB 3KLGA 2GFAA 4B9VA 3NF6A 4FLYA 4DLGA 1YT3A 3OYFA 4A4GA 3LWLA 2LTOA 4FJXA 4A4HA 4IUUA 5HLFA 3HP6A 1TKDA 2X6NA 4AHVA 3VQ5A 2XO7A 4IFYA 1BCOA 1U45A 5KH6A 4PWDA 1C0TA 2RJDA 2GFUA 1NK5A 2HHSA 2AJQA 5EU7A 1Z26A 4NS5A 2RJEA 4RG8A 4FLWA 3E9FA 1I3AA 4YFUA 1VSFA 3D0PA 3QEPA 3TWHA 1NK9A 4FYDA 2LDMA 3VA0A 4M45A 4DTXA 4W5QA 3PX4A 3QKJA 2G8VA 1L3SA 2KZZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BE1A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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