4E7JA

Pfv integrase target capture complex, apo form (tcc-apo), at 3.15 a resolution
Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV4 (41-44)3H1 (14-17)TIV1 (10-13)S3 (44-47)TII1 (21-24)TIV2 (25-28)S2 (36-41)S1 (32-33)TIV3 (32-35)AH1 (52-63)AH2 (69-78)TIV5 (63-66)TIV6 (82-85)AH3 (85-94)TIV13 (327-330)AH4 (97-101)S10 (337-348)TI'2 (136-139)S6 (153-158)TII2 (120-123)S4 (124-130)3H3 (243-245)S5 (141-147)TI1 (148-151)TIV8 (147-150)TVIII2 (179-182)S7 (181-184)TI2 (187-190)TI3 (188-191)TI4 (189-192)AH6 (193-202)S8 (205-208)TIV9 (210-213)AH8 (246-255)AH9 (265-270)TI5 (258-261)TI6 (259-262)AH10 (288-301)TIV10 (276-279)TI7 (281-284)TIV11 (283-286)TIV12 (311-314)S12 (360-365)S11 (351-356)TII4 (318-321)TIV14 (346-349)TI8 (356-359)3H2 (214-217)AH5 (163-175)AH7 (218-234)TII3 (235-238)TII5 (331-334)TIV7 (135-138)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Recombination/dna
source organism Human spumaretrovirus
publication title 3'-Processing and strand transfer catalysed by retroviral integrase in crystallo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pro-Pol polyprotein
total genus 98
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4e7jA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 4e7jA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4e7jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e7jA03
3LAKA 3OJUA 2KW4A 1Q8IA 3VQAA 3DI6A 4DWIA 4DSKA 4W5NA 5KGWA 5SZTA 2KZMA 3NDKA 4CHOA 4IFVA 4FJ5A 2BIVA 3DRPA 3PMIA 3QLHA 2X74A 5C0MA 3I0SA 3PO4A 3MP8A 3AV9A 3OS2A 4CJWA 3ASMA 3D0PA 5KCHA 4KAZA 3LWLA 2IS3A 3K57A 4AHTA 3M8RA 3K5LA 3S3NA 4O4GA 3ZT2A 4FLUA 1BQMA 4C8MA 1NK7A 3HSTB 1C6VA 4X34A 3DLHA 2OPSA 1LV5A 3NTKA 3S3MA 5FROA 3QEXA 3K59A 1SL2A 2O4GA 1N5YA 2LTOA 3ZSYA 4B9XA 4FM1A 3HP9A 1KLNA 4OLAA 3HL8A 1IH7A 3TR8A 5CZ2A 4Z4CA 1D9FA 2HQXA 3V9UA 3SQ4A 3HJFA 3LWMA 3HVRA 2HHUA 4GW6A 3AVHA 2BE2A 3QEWA 4DQIA 1C0MA 1NKEA 3LPTA 3TABA 3AVGA 2YKMA 2RI3A 3SUQA 3CQ8A 2B4JA 2GV9A 2G3RA 1LWEA 4CHPA 3OYGA 3ZCMA 1SL1A 3SD4A 1RT4A 5CY4A 1G5VA 4CIGA 1VK0A 1VRTA 3AA2A 3VN5A 1RT2A 1I3AA 4KFBA 2IAJA 2I5JA 4DTRA 4LSLA 1IKXA 1T7PA 4F2RA 3ZSXA 5M9OA 3PV8A 4FZYA 3QIOA 3HYFA 1OYXA 2L89A 4LD6A 1QSSA 4CGHA 4E7IA 3VQQA 2RHZA 5J2PA 4M3WA 5CZ1A 3T1AA 1RT6A 2LDMA 4QVZA 2LVMA 1ASVA 1BIUA 1RDCA 2HHTA 1WJRA 3QKJA 3LH0A 1LWCA 1J5OA 2RO0A 2PQWA 5FRNA 3HPGA 3SPZA 3DLRA 4DFKA 3RTVA 5KE2A 3OYAA 1UOCA 3E9FA 4BE0A 3VQ7A 2K3XA 4FJKA 2B5JA 3C4SA 2VG5A 1VSFA 2RN2A 3LAMA 1RTIA 1REVA 3SQ1A 4Z4FA 3NBPA 3NCIA 2XY8A 2IOCA 2YNFA 3KD1E 2PZSA 4CJUA 3P83D 3SUNA 2O4XB 1FKPA 4KTQA 4B9VA 2OPQA 1N27A 4LH5A 4R5PA 2R5AA 4I2QA 3U3YA 2VWJA 4DTXA 2PY5A 1JXEA 4CFBA 4CGGA 4Q5VA 3SPYA 2QKBA 3SUPA 1L3UA 2D0CA 3HP6A 4FLWA 3V9WA 2ITGA 4PLLA 2EFIA 3KLHA 3META 4IDKA 2G8IA 3CFRA 5E41A 3SI6A 1UA0A 3QINA 4OKJA 3V1QA 2KTQA 4HCBA 4W5QA 2YV0X 2HNDA 5FDLA 4CJEA 1N6QA 2HHQA 5I3UA 4JS4A 4QW2A 3VA3A 2HHWA 4KTWA 2GBZA 3PX6A 2NLUA 4DFPA 1BGXT 4ZTFA 1NKBA 4KB0A 1U48A 3G0ZA 5J1EA 2F96A 1RTHA 2LCCA 3VQ4A 3OA6A 1EX4A 2XK0A 3VQPA 5DK5A 1J54A 5JS1A 1S6PA 1WN7A 1Z26A 2FC0A 3NE6A 3M8SA 1TK5A 3F73A 3KLEA 2R5MA 4ID1A 4B9NA 2BGGA 1ZBIA 2YHAA 1SL0A 4FYDA 3AVFA 1WSGA 2IC3A 1RDBA 3CEYA 5C6SA 4C5GA 3QEVA 4Q0BA 1HQUA 3KLFA 1DTQA 2YNIA 2X4WA 3ZSQA 2DY4A 5KCOA 4OPKA 4EZ6A 4FU6A 3AO2A 3MEVA 3UT1A 5D6XA 4DLGA 3CYMA 2BKDN 3K5OA 1NJXA 4OLBA 3AA3A 1SSFA 3DYAA 4EZ9A 2JLEA 1TL1A 5KRSA 3NH0A 5J2MA 1RT5A 2F8TA 4AHRA 4FK4A 4Z4EA 4DQSA 3IG1A 2E6NA 2YNHA 3L3UA 1CXUA 3DMJA 4N41A 1LW2A 2Z1GA 2GUIA 2EX3A 4RW8A 3O3GA 3TARA 4CRIA 2A1SA 4KHWA 4CK1A 1JLAA 1F21A 3CM6A 4E7JA 3S6WA 1BHLA 4HVJA 1XWLA 1RCHA 3ME9A 3JYTA 3O4NA 1RT3A 2HVIA 2R58A 1KTQA 4G1QA 2HNYA 4KHYA 2EKOA 1A5VA 1KFSA 1ITGA 4RG2A 1RBSA 3SJJA 1NK8A 1TK0A 1QSLA 4BE2A 1D5AA 1JKHA 3QNOA 3ZEHA 3HM9A 2D9TA 2XY6A 3AVCA 4CIEA 4QOZB 4F4KA 3DOKA 4OJRA 4E7HA 1L5UA 3F70A 1QTMA 3O3HA 3THVA 3MEGA 3L3VA 1Y97A 4J2DA 4GVMA 1OZ2A 3K5NA 1KHCA 3FFIA 3OMCA 1TGOA 1DTTA 1X9MA 2QQRA 4HUFA 1B92A 1FK9A 4A4FA 1C0UA 2DTUA 4B8CA 4CF2A 2WACA 3LP0A 3K2PA 5J39A 4KRFA 1TKXA 2BANA 4B9MA 2Z1HA 1H3ZA 4HCCA 1BI4B 5HRRA 4PQUA 4B9SA 4Z02A 1XHZA 4CERA 2DIQA 4JRPA 1C1AA 4CEAA 2XY7A 1B9FA 4LH4A 4QQ6A 3SV4A 4KB1A 4FK2A 1X9WA 5D6YA 1LAVA 3VQ9A 1BISA 1EETA 4B9TA 1RT1A 1NJYA 1S6QA 5IAYA 4DF8A 2VWKA 5CYMA 4IUQA 4CE9A 4A4GA 3RMBA 4E7KA 3NFAA 4DQPA 3AO5A 1RBTA 1S1XA 1SV5A 4KHQA 4QQGA 3DB4A 2BUDA 2ATQA 4FW1A 3O3FA 3MXMA 3AO1A 1TVRA 1ZYQA 5HRPA 3C6UA 1TKTA 4C5EA 2OPRA 3KKRA 3PY8A 3LGFA 4CGDA 1VRUA 3LYIA 4W5TA 3SUOA 4NZGA 1JLQA 3EYZA 1NK5A 1QHTA 1Q9YA 2DFHA 3MO8A 2R7YA 4M3YA 3WNHA 2F8SA 4C5IA 1K6YA 4DTUA 1ASUA 2CKKA 3T19A 1YTUA 1WJQA 4FZXC 1TL3A 3PX4A 3PO5A 2EQKA 3A2FA 3MEEA 4LSNA 4DSJA 5DMRA 4CF0A 2WONA 1MHNA 3MEWA 2RJFA 3CM5A 1XHXA 2KFNA 4F3TA 4OGEA 1T03A 3DRRA 4CEQA 1RILA 4RG8A 3LDSA 3C94A 3H6ZA 3LALA 1RDDA 4BDZA 4I2PA 4CHQA 1TAQA 4M3UA 3ZSVA 5K14A 4DFJA 4J2AA 1BCMA 3K5MA 2X4XA 5HP1A 2RI2A 2P5GA 3NNQA 3DLKA 4UQGA 2HMIA 4FJGA 1C1BA 4CGJA 1JL1A 1HNIA 2QKKA 3OY9A 4XIUA 4DMNA 3LZIA 4FLZA 3HT3A 3B6OA 3VQEA 4CK3A 1NK0A 1W0HA 3OS1A 4C8KA 5KH6A 2HW3A 3RMDA 1KSPA 4DSEA 4N47A 4J2EA 3AO3A 1NK4A 2RPIA 4E3SA 1KVBA 4BWJA 4HTUA 3NGZA 3CG7A 4DQQA 2GF7A 4TSXA 4L8RB 1YT3A 1W9HA 4B9UA 5KGXA 4OKKA 1EXQA 3MP1A 4BACA 3KLIA 1J9AA 1OI1A 3ZSWA 3AO4A 2RI5A 2EQMA 2X6NA 1UAXA 2GFUA 2FBTA 4IURA 2LRQA 3V4IA 3AVNA 4KHSA 3S9HA 4KREA 3ZSRA 1VSIA 1HQEA 1TAUA 4FJLA 4Z0UA 3VQDA 4W5OA 4GMJB 4HHTA 1JL2A 1C1CA 4CHNA 3QEPA 1UWBA 2NUBA 4O0IA 4IUTA 5CYQA 4HUGA 4UC4A 2P5OA 2HB5A 3OYDA 1S1VA 2D5RA 1FKOA 3ZT4A 2FBXA 5D3GA 3HPOA 1NKCA 4DS4A 4CFCA 4RW7A 3KTQA 4N4GA 4Q5WA 4KHNA 3NF7A 4N4HA 2G8UA 2B8AA 2M0OA 1RDAA 4KKOA 2HQEA 3M9QA 1L3SA 2RF2A 5T7BA 2LSNA 3MP6A 5KI6A 4O0JA 2WOMA 2FBYA 4E7LA 4II1A 1I39A 3AA4A 4E19A 2ZD1A 2K3YA 3FLGA 4FZZA 3QERA 3SCXA 3KK1A 1YVUA 4DSIA 4WE1A 1HYZA 1NJZA 1S1WA 3WNFA 4CJVA 4CEZA 1VSMA 4BDPA 4PWDA 3OQ5A 2G8HA 2OPPA 2Q3SA 3PNWC 4OPJA 2L3RA 3AVBA 4DG1A 1O1WA 1HMVA 1CZBA 1UA1A 3VQBA 4B8AB 3QIPA 2EHGA 3TAQA 1S5JA 3HXMA 1D8YA 3UIQA 3RMAA 2MWOA 4FJNA 3RRHA 3L2RA 1RI0A 3I0RA 4CF9A 2HVHA 3WNEA 3AVLA 2FBVA 3FEOA 1VSEA 3IRXA 4LD0A 5HRNA 3NH2A 3QBYA 1FXXA 4PUOA 5KTQA 4DSFA 1NK6A 2HHXA 1EKEA 3U3GA 4AHCA 3I8DA 1SUQA 3CFPA 4CK2A 4H4MA 1LW0A 4JRQA 1KFDA 4IG3A 1WNSA 4NYFA 4DTPA 2YNGA 3NAEA 4FJXA 3VQ5A 4KPYA 3RMCA 1T8EA 4NS5A 4CHZA 1ZBFA 2PYLA 3QIIA 3ZT0A 3LPUA 1WSIA 4FCYA 3OJSA 3P8HA 4QQDA 1J53A 2QQSA 4QCLA 4I9LA 4RW9A 2Z1JA 1NJWA 1WSFA 4PL6A 3TAMA 5KRTA 1G15A 4E89A 3KKSA 2OZMA 4NCGA 2ZQBA 2RJDA 4N56A 2OA8A 1XNIA 1JXBA 1XC9A 4KV8A 4O5BA 1Q9XA 2B6AA 1TV6A 1MU2A 4I7FA 4M3XA 5C24A 1D9DA 3NF6A 3NGIA 4CGIA 1WAFA 5J2QA 2PYJA 2DIGA 3L2WA 4IG0A 2XO7A 3RRGA 4FJ9A 3ZT1A 3SQ2A 2RKIA 3TANA 3AVAA 3AVMA 4YFUA 1L3TA 3V1RA 3VQ8A 4FW2A 2OZSA 4AHUA 1VSJA 4MFBA 1WLJA 1NOZA 3OYIA 3MXJA 3SZ2A 4CJFA 4BDYA 4FLVA 3MEAA 1SKRA 5D6WA 5J2NA 2X4YA 1ASWA 3PFSA 3DOLA 1Z25A 3P1GA 3QETA 3KLGA 2KQ2A 2G8KA 4A4EA 3QO9A 4DTSA 2JTFA 4M45A 1CLQA 2VG6A 4CJTA 3EZ5A 3AVKA 1VSHA 3U6FA 1DLOA 4CHYA 1KVCA 2HHVA 4IUVA 4IFYA 2X6SA 4JS5A 2E4LA 2R57A 3ZSOA 4O44A 4AILC 4C5HA 4ZTJA 3M8QA 1RTDA 3LP1A 1GOBA 1WSHA 3D45A 1S1UA 2AJQA 4NCAA 2RJCA 3IS9A 3OYLA 3HVTA 5FRMA 3MEDA 1X1PA 2DFEA 4FJIA 1VSLA 3NF8A 3BDLA 3T3FA 3LANA 3TAFA 1S9GA 4FM0A 5C42A 3E01A 4M3TA 3TI0A 3OYKA 4AH9A 4CF8A 4CEBA 4Y1DA 4PLIA 3ISNC 4ELUA 4EDUA 3OMGA 4KO0A 3AVJA 1L3VA 2E6LA 4Z4HA 3FDRA 3DLBA 2X35A 2E5QA 1WAJA 4DU3A 1U45A 2XDPA 2X78A 2G8FA 3MEUA 3TWHA 4CJSA 3OVNA 4DFMA 3OYFA 3OYJA 4C8LA 4CJKA 3B6PA 4ELVA 2M16A 4NCBA 4DTOA 2ZE2A 5KE3A 3L8BA 2IGIA 1ZBUA 1QS4A 5SWMA 2Y1IA 3VQ6A 1BCOA 3MAQA 3UWNA 4CJ3A 4DSLA 4DTMA 4FM2A 3AA5X 3DLEA 3JSMA 4FLXA 3ZSZA 3ALYA 3HK2A 4A4HA 3LLRA 1HYVA 1RT7A 4MQ3A 4OKEA 1JLBA 1NK9A 4M3RA 5C25A 1SKSA 3NTIA 3SYZA 4PA1A 1WGSA 1WJSA 3SNNA 4M41A 4DLEA 5HLFA 3P8DA 3V9XA 3MECA 5EU7A 4F3OA 5I42A 3GOXA 2YRVA 4RW6A 2P51A 3C95A 1LAWA 4AHVA 3ITHA 3DLGA 3ZT3A 2OYQA 4OGCA 1KVAA 3G10A 1CZ9A 2G8WA 3NH1A 4B9WA 4ZHRA 1KRPA 4CEEA 3BDPA 3V9ZA 4DS5A 4H8KA 2VG7A 3LP2A 1T05A 3Q1JA 1CXQA 3IAYA 4IUPA 3HPHA 1WSEA 2JGUA 3O4QA 4KHUA 2D0BA 2O4XA 3NTHA 3DM2A 1YTAA 1IKYA 4DTJA 1B9DA 1RTJA 2BDPA 1SKWA 1GOCA 4IKFA 3EAEA 4PY5A 4ELTA 2RHUA 1IKVA 4N4IA 2JZ2A 1QQCA 4H4OA 2P1JA 4DU4A 1LWFA 1TK8A 4Y1CA 1BIZA 4FK0A 2Z1IA 2RHYA 3RR7A 3PUFA 3LP3A 4IBNA 3HO1A 1QE1A 4CIFA 1EP4A 4HUEA 4BD3A 4CJRA 3E9GA 1HJRA 3TAEA 2RHIA 3KIOA 1S1TA 3FC3A 1RBUA 3KD5E 4CGFA 5J26A 5HBMA 3S3OA 3EY1A 3PX0A 4CEDA 3OYHA 4CEFA 2IG0A 3V81A 1ZBHA 3OB9A 4CJ5A 2XY5A 2M1HA 4HCZA 2IDOA 4AHSA 3AVIA 3WNGA 3L2UA 1XI1A 3V6DA 2O4IA 2MWPA 2E6MA 3VQCA 3P5JA 5JS2A 2P0KA 4E1NA 4CFAA 3RR8A 3KUFA 1A5WA 1RBRA 4N76A 1VSKA 3DLMA 2QK9A 4CF1A 4KTZA 2QXFA 4DF4A 4K8ZA 3VA0A 2YKNA 4OVLA 4GY5A 2EQUA 1TKDA 3F9KA 2HHSA 4Z4GA 4BWMA 2XRIA 1S9EA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1X58 A;  5CAI A;  3H3N O;  1X01 A;  3QZ9 B;  3KYC B;  2DJI A;  3OIP A;  3VQA A;  4NXM K;  2NRA C;  3W2V A;  3RZD J;  1K76 A;  3M0S A;  4W5N A;  5SZT A;  3WG7 H;  2KZM A;  2A6E F;  2BIV A;  1HXD A;  2O5R A;  5E1W A;  2ZPH B;  5GMK h;  2OC6 A;  1B9M A;  3DRP A;  3PMI A;  4DR5 K;  1M1E B;  3K7A J;  4B3R K;  2EFP A;  3M9A A;  5GAN 4;  1K73 C;  3CCR Q;  1QHH D;  5DUK A;  3DXJ F;  5AZJ A;  3O6B B;  4G6Q A;  2EIF A;  3Q9S A;  2ZJP F;  3BQY A;  1X27 A;  3UDC A;  4IOC L;  3LWL A;  1TWB A;  2O8K A;  4AHT A;  1R7J A;  4LOC A;  3EG3 A;  4IX7 A;  1VQ9 A;  2A5X A;  3M8R A;  2EK5 A;  4FLU A;  1VRL A;  3P39 A;  3PIO A;  3BWG A;  3G2B A;  2NAZ A;  4KMF A;  1WB9 A;  3G3Z A;  2NS8 A;  3PVQ A;  3DLH A;  3MKW B;  2Q2R A;  3RVC A;  3NTK A;  3LSI A;  3CCM Q;  2KRN A;  2GLO A;  1TWA J;  2EPF A;  2O4G A;  4KH0 B;  2LTO A;  4FTH A;  4JI0 K;  2CUD A;  3ZYY X;  2Z3Y A;  3WGI A;  2CV2 A;  4FIB A;  2QTV A;  2K9N A;  1VQO T;  2COW A;  4Z4C A;  3QYE A;  1KON A;  3P7N A;  3HJF A;  4DBF A;  1KFZ A;  4OMQ A;  1P9Q C;  3BTI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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