4E7L | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7218526411424486__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7218526411424486__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4E7L/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7218526411424486__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7218526411424486","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4E7L/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7218526411424486__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Recombination/dna
source organism	Human spumaretrovirus
publication title	3'-Processing and strand transfer catalysed by retroviral integrase in crystallo. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pro-Pol polyprotein
total genus	101
structure length	365
sequence length	365
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2012-03-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF17921	Integrase_H2C2	Integrase zinc binding domain
A	PF18103	SH3_11	Retroviral integrase C-terminal SH3 domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.2300	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Arc Repressor Mutant, subunit A	4e7lA04
1.10.340.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Endonuclease III; domain 1	Endonuclease III; domain 1	4e7lA01
2.30.30.140	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	4e7lA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4e7lA03

1ASWA 3RRHA 3VQBA 2G8IA 3QEIA 4J2AA 4BWJA 3AA5X 3MEAA 3AO3A 4BWMA 2VWJA 1SKRA 2G8KA 3C6TA 1WSEA 4MFBA 2GF7A 3DMJA 3L8BA 1JKHA 1SL1A 4FJ5A 4WE1A 4M3RA 2L89A 3TAMA 5JS1A 4RG8A 3C95A 3B6PA 1VSEA 1C0MA 2HQEA 3V9UA 4C8MA 4AHUA 4CJUA 3G10A 3MEUA 3V1RA 4AHTA 3ULDA 4F3OA 1XHZA 3AVHA 4DQPA 1FXXA 4CJVA 3DLKA 1NK0A 1CZ9A 3RR8A 4A4EA 2HHVA 4CF9A 4FZYA 1C0UA 3DM2A 1RT3A 3PNWC 4BD3A 2F96A 2KFNA 4DF4A 1C1CA 3TAFA 1EKEA 4E7IA 5FRMA 3PY8A 4FJMA 4CF1A 4QCLA 3SV3A 3VQPA 1DTTA 1HYVA 3OS1A 3CFPA 1RTHA 4NCBA 2Y1IA 1CXUA 3DOLA 4AILC 3H08A 2R7YA 2B5JA 3UIQA 1TK5A 1A5VA 2G8WA 2PY5A 1UWBA 3D0PA 1WSJA 4KHSA 3LAMA 3AVKA 4AHCA 3AVCA 4ELTA 1TKZA 4KREA 5J2NA 1Z25A 4IKFA 4DTOA 4DFKA 2E6LA 2L3RA 1REVA 2HB5A 3PFSA 4DSFA 1SKWA 4F2RA 2BDPA 3TAQA 1RILA 4HCZA 1KCFA 1WAFA 4H4MA 1HYSA 1L3UA 4HUFA 3AA4A 1N6QA 2XHBA 1BHLA 2DFFA 2EQMA 2HNDA 2WACA 4CGIA 4RW4A 4FW1A 1BI4A 4CJLA 4E0DA 4HUGA 4Z4CA 2RO0A 2R5AA 5K14A 4KKOA 1ZBUA 4ELVA 3OYJA 4FM1A 3S9HA 2IDOA 3F70A 2ATQA 4IFYA 2RHIA 1YVUA 3PUFA 3H8ZA 2WONA 3MEGA 1SKSA 1VK0A 3HT3A 4FLTA 1B9DA 2A1SA 4OKKA 3WNGA 1HJRA 4I9QA 4C5IA 5J39A 3LWMA 3HXMA 2GV9A 5KRTA 3RWUA 2RPIA 2G8HA 2XK0A 4FZXC 3DLHA 5C0MA 3SJJA 1IG9A 1U45A 3MO8A 1X9MA 1KVCA 4N5SA 3NH0A 2QQRA 3ASKA 1TK0A 1NOZA 4KRFA 1HQEA 3CEYA 3VQ8A 2P5OA 1Q9XA 1TKTA 1QQCA 1UOCA 3NE6A 2QK9A 3ZSOA 3WNFA 1SV5A 4AH9A 3SD4A 1BCMA 2RF2A 2EQJA 3QETA 1G5VA 4HHTA 2FBVA 1K6YA 4X34A 4Q0BA 3HO1A 1G15A 3NTKA 1QSYA 4E89A 3CYMA 1CZBA 3LDSA 3CM6A 4OPJA 4CGFA 3I8DA 5IN1A 5KGXA 4IUQA 4Z4FA 1SUQA 4DSLA 1NK9A 1L3VA 3DRPA 3ZEHA 2EHGA 2E4LA 1OZ2A 4J2EA 3MXIA 4O5BA 3AVMA 2DTUA 1EX4A 5DK5A 3P1GA 3T19A 1ASVA 4FK4A 4FLYA 2HVIA 1WJQA 3LLRA 2DAQA 3K5OA 1J5OA 2GFUA 2G3RA 1RTJA 1U49A 2ZQBA 2M0OA 3QEVA 3SZ2A 2ETJA 2BE2A 2P51A 4DQSA 2RI2A 2MWOA 5J2QA 4KTZA 4B9WA 1SSFA 4FJGA 2E6NA 3OB9A 1IKXA 3K58A 4M41A 4W5RA 2XO7A 3OYIA 2RJCA 2ZD1A 2OYQA 3DI6A 4DMNA 2O4XA 3HPOA 2X4WA 2XY6A 1NKEA 1VSIA 4G1QA 4KHUA 3VQ4A 3ZSYA 3OYFA 3K59A 3IG1A 1KLNA 4B9VA 2K3YA 3KD1E 3OYCA 3OY9A 2HVHA 1TL3A 4KB0A 4AHVA 3AO5A 1RT1A 1ASUA 1TV6A 3SNNA 3OYKA 3ZT3A 4RG2A 2KQ2A 5HRSA 3PV8A 4J2DA 4OLAA 1TL1A 3B6OA 2YNGA 4O0IA 2KZMA 4DSJA 2RKIA 3AV9A 5HRRA 2IG0A 3NFAA 2AJQA 4C5EA 2JTFA 3SQ2A 3RR7A 4K8ZA 4CJTA 5CYMA 3SQ4A 4CESA 3QJ6A 4KV8A 1QHTA 3AVAA 2QQSA 4C8NA 2KZZA 1HQUA 4CEAA 1JLAA 2PZSA 3PX6A 3SI6A 5D6XA 1VRUA 2LSNA 3VQ5A 1D9DA 4DSIA 2Z1IA 5HRNA 1WSGA 2XDPA 1NK6A 3QIIA 1RT5A 3BDLA 4DS5A 3RMBA 4DU1A 4IUUA 4IUTA 3MXMA 1CXQA 4E7KA 1SL2A 2RI3A 4FJNA 4C8OA 4PY5A 4CCHA 3NTIA 3SV4A 1QS4A 3NGZA 3OYNA 1JLBA 3OJSA 2YKMA 4L8RB 3AA3A 4E7JA 1RT2A 4DTNA 2FC0A 1NOYA 3DRSA 4Q5WA 5J2MA 4FJ7A 1UA1A 3C4SA 3NAEA 3M8SA 3AVFA 2L8DA 2D0BA 2Y1JA 4JRQA 2O4IA 4DTRA 4CF2A 4CFAA 1TAQA 4CHYA 4DQQA 1RDAA 4OPKA 4E1MA 4LY7A 3MEVA 3HK2A 3CFRA 1KHCA 1SL0A 4NS5A 4EZ6A 4Q5VA 1RT7A 2RHUA 3OYEA 3SUOA 3AVGA 2FBXA 3KTQA 2X35A 3AO4A 4CGHA 1LAWA 1X9SA 4O55A 4CK1A 4QAGA 4O44A 3VQCA 4PQUA 3RRGA 4YFUA 3NTHA 1U04A 1RNHA 3EZ5A 3K5MA 3WNEA 1NK5A 2VYTA 3RMDA 1A5WA 2VG5A 3C94A 3DLMA 2Z1HA 1GOCA 1KFDA 3LWLA 3U3YA 1JLEA 4CE9A 3QNOA 4B9NA 3META 2GFAA 4FLZA 4FM0A 3HVRA 2HHSA 1TKXA 1RT6A 3F9KA 4KHYA 3QIPA 5C25A 2X74A 1WSHA 1EXQA 3TARA 3CG7A 1B9FA 4IDKA 4CJKA 5KE3A 3IRXA 3L3UA 4CJ4A 3ZSWA 1BL3A 1LWCA 4CEBA 1WJRA 4DQIA 3LP0A 1JLQA 3LYIA 3NF7A 3QO9A 2YNHA 3QNNA 3VQEA 1L5UA 2YNFA 1W0HA 4FJLA 2E5QA 3AO2A 1IO2A 4KI4A 4CEQA 3OMGA 2LDMA 4CGGA 1QE1A 2LVMA 3P83D 5KH6A 3MEDA 3ZSZA 3SUNA 3OYDA 2IAJA 2OPQA 3LPUA 3DYAA 1BI4B 1S5JA 4F8RA 3QLHA 3OYAA 4B9XA 2FHDA 3NF6A 4RW8A 3ZT4A 3MP8A 5J26A 4GY5A 3SQ0A 4IFVA 3NH2A 3I0SA 1RDCA 1RI0A 5D6WA 4UC4A 2OPPA 4C5HA 1RTDA 2KFZA 5D3GA 2IGIA 4CJ3A 1YT3A 4DSEA 4BACA 4NCGA 4JS4A 3NGIA 4PUOA 4PLLA 3ZT2A 1RDBA 1NKCA 1WN7A 4BE1A 3BGRA 1OZ3A 2YNIA 3EY1A 1S1VA 1C1BA 4HTUA 3SUPA 1RTIA 1WJSA 2B6AA 2JLEA 4W5OA 4W5NA 1S9EA 4IG3A 3VQ7A 1WAJA 2YV0X 1MU2A 4O4GA 1XWLA 4DQRA 4B8AB 3AVIA 1D5AA 2XRIA 4CHZA 4OJRA 4KHWA 1DTQA 2YRVA 4KHQA 1F21A 4FJ9A 1NJYA 1D9FA 1TGOA 1RBTA 4CEZA 3ZSRA 3MP6A 1OYXA 3O4NA 2YHBA 4RW6A 3L42A 1TK8A 3NCIA 3TWHA 2YHAA 3LANA 2HHWA 1HNIA 2R58A 5M9OA 1MHNA 3NHGA 3S3OA 1ZBHA 3EYZA 3HPGA 3AVBA 3LGFA 5E41A 3PMTA 4DTXA 3JSMA 4CEEA 4FXDA 5J1EA 4OKJA 4I9LA 3QEPA 1HRHA 3I0RA 3CFOA 4FM2A 2QXFA 1HYZA 5HLFA 3ALYA 3KKSA 4QQ6A 2M1HA 3AVLA 4NCAA 1GOAA 3NF9A 2Z1JA 2FBYA 3NF8A 4B9TA 4CK3A 2B8AA 4CERA 5D6YA 3ITHA 4FJ8A 3L2UA 2VG7A 2WOMA 4LSNA 3V81A 2EQKA 2M16A 2D5RA 2O4GA 4IUVA 1RDDA 4FJXA 2RJEA 2O4XB 1VSFA 2F8TA 4M45A 3OYGA 2D0AA 2RN2A 3Q1JA 4KPYA 5C24A 5KRSA 3BDPA 1BQNA 4TSXA 4OGCA 2LRQA 4BDPA 3HM9A 1S6PA 3NNQA 3QBYA 2VG6A 1H3ZA 1WLJA 1VSMA 2CKKA 1VSKA 4PWDA 2DFEA 3ZSXA 3ZT1A 2HQXA 3ZSVA 4QQDA 4CJFA 3PX4A 2BANA 1UA0A 2IS3A 4DF8A 4QQGA 4J2BA 3FDRA 3H6ZA 2RJDA 3VQ6A 3LX7A 4Z4EA 3DLBA 1L3TA 3HP9A 3OS2A 2F5KA 1W9HA 4B9UA 4DSKA 2P5GA 3K5NA 2DY4A 5KI6A 4QW2A 4Y1DA 2OA8A 1WSFA 4CFDA 1XNIA 5KCHA 3L2RA 4EP5A 3E01A 3MEEA 4LSLA 4EZ9A 1IKWA 5FROA 4KAZA 4Z4IA 4W5QA 1ZYQA 1X9WA 4LH5A 1S1XA 3JYTA 5J2PA 4B9SA 3L2WA 4F4KA 3ISNC 3K57A 3KLFA 4CEFA 1XI1A 3V9XA 2RI5A 1GOBA 4FCYA 2I5JA 2RHYA 1TAUA 3LAKA 4AHSA 4PL6A 4M3UA 3G0ZA 4BDYA 4IURA 4I2QA 4Y1CA 2KW4A 3HPHA 1KVBA 2K3XA 1VSDA 3OYHA 1C1AA 3HL8A 2X4YA 1YTUA 4DWIA 1JL2A 4OGEA 3K5LA 1JLCA 1R0AA 3L2VA 4ELUA 3AVJA 3PX0A 2LTOA 2HNZA 1RBVA 1NJZA 4ICLA 3PO5A 2EFIA 1VSLA 3LP3A 3SYZA 3AA2A 3OYBA 2NUBA 1JL1A 2PQWA 3E9GA 4B3OA 2KTQA 1RBRA 4KTWA 5SWMA 3QEXA 1O1WA 3VQ9A 4CJQA 3DRRA 3NDKA 1C0TA 4BDZA 5KGWA 4UQGA 4A4FA 4I2PA 4HCCA 4DFPA 3L2QA 1RBUA 1KLMA 4LD6A 2QKKA 1FKPA 2RHXA 1BISA 2XY8A 1TVRA 2MWPA 4M3ZA 4LD0A 4CJRA 1IH7A 5I3UA 4FZZA 1NK8A 1LW2A 3T1AA 4C5GA 1LW0A 4DLGA 2G8UA 1L3SA 5KCOA 4CHQA 5HBMA 1WNSA 4DFJA 1KVAA 4HUEA 3SQ1A 2OZMA 4K8XA 2W42A 4Z4GA 3FFIA 4KO0A 4XIUA 3V9ZA 3TAEA 1T7PA 3ASMA 3KJVA 3ZSQA 1CLQA 1S6QA 4M3TA 4FYDA 4FL6A 1S1UA 4CJ5A 4BE0A 4N56A 3LZJA 4DTSA 1Z26A 3M8QA 3QIOA 3KK3A 4KB1A 3D45A 2GUIA 4B9MA 4CRIA 4IG0A 3EAEA 2Z1GA 1RT4A 3VQAA 1NK7A 2X4XA 3OYMA 1JLFA 2XY7A 2EKOA 5JS2A 4C8LA 1U4BA 4CEDA 5T7BA 4FLWA 4RW9A 3HSTB 4CGDA 3ZCMA 2BKDN 3KIOA 3NGYA 1J9AA 3TR8A 3PO4A 1EP4A 1BCOA 4KTQA 2D0CA 3P5JA 5CZ2A 2G8FA 2E6MA 3SCXA 3LH0A 3LP2A 4E7LA 5KE2A 4CHOA 3MXJA 4HCBA 1BIUA 3S3NA 3V6DA 4B08A 3VN5A 5SZTA 4M3XA 4BE2A 1YTAA 3SUQA 3KK1A 1U48A 5HP1A 2X6SA 1Y97A 3V9SA 4QVZA 3OA6A 3GOXA 4FJIA 2BUDA 2X6NA 1HPZA 4GVMA 2DFHA 5HROA 3O8VA 2A1RA 3A2FA 4KFBA 4O0JA 5IAYA 4M3WA 3HVTA 2QKBA 4FK2A 3UT1A 3QERA 4DU4A 2GBZA 1JXBA 2FBTA 1I39A 4FJHA 4M3YA 4DG1A 4Z4HA 2P0KA 3OJUA 4N4GA 4F2SA 4FW2A 2F8SA 4PA1A 4QOZB 3QKJA 4W5TA 4L59A 2EX3A 4EP4A 3KUFA 3VA0A 1I3AA 1VRTA 3ZT0A 1LV5A 4CJWA 1BGXT 4CEOA 3M9QA 4CHNA 1NJWA 3SPYA 2G8VA 1FKOA 3C6UA 3U3GA 4N76A 3HJFA 4HVJA 1NJXA 1Q9YA 2HHXA 2IOCA 3DLGA 4OVLA 4H8KA 4DTUA 5FRNA 3MECA 5CIUA 4ID5A 3LZIA 1HNVA 3KLHA 3LP1A 3V4IA 3CM5A 1WSIA 3O3GA 1S1WA 1T8EA 2DIGA 3LALA 2RJFA 3RTVA 2PYLA 2HHTA 4IUPA 1KSPA 1RBSA 4N4IA 3AVNA 3T3FA 4E7HA 3HYFA 5CZ1A 4E19A 4M42A 1VSHA 3MEWA 3QESA 3TI0A 1JXEA 4B9LA 3VQQA 1ZBIA 1OI1A 4R5PA 4F3TA 3KLGA 2D9TA 1WGSA 3SPZA 4KHNA 2VWKA 5I42A 2BIVA 5CYQA 1T05A 5DMRA 4CIFA 1D8YA 5FDLA 2Q3SA 3L3VA 3AO1A 3VQDA 4FLUA 3TAGA 3DOKA 2OZSA 5C6SA 1LWFA 3DB3A 4OLBA 1T03A 4CHPA 1EETA 2HMIA 2R57A 1IKVA 3OYLA 1XHXA 4CF0A 2OPRA 3RMAA 4LH4A 3K2PA 1N27A 3M8PA 2JZ2A 4A4GA 4FJJA 3OS0A 4NYFA 3TANA 4ZTJA 4FLXA 1N5YA 3FLGA 3QINA 3KKRA 4CFBA 2BGGA 2ITGA 5C42A 3MAQA 1XC9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MP1 A;  2D1V A;  1YS6 A;  1P4X A;  2BE7 D;  2EIF A;  1G8X A;  1M1E B;  2XI9 A;  1PHT A;  3O2P E;  1MBJ A;  3DLR A;  2OU2 A;  4N4H A;  1ITG A;  2EB7 A;  2DEQ A;  5FU6 B;  2ZNY A;  2X6O A;  1IO6 A;  4HKE A;  2O7O A;  1XMQ K;  4A3K J;  3CWT A;  4DTM A;  1Y8Q B;  4FE7 A;  1PDN C;  1ZBX A;  4CBX A;  3CER A;  3HZJ A;  2HD0 A;  1Q8I A;  3WHC A;  1RLP C;  1IN5 A;  2LRD A;  5K1Y A;  3G73 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4E7LA

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