4E7LA

Pfv integrase strand transfer complex (stc-mn*) following reaction in crystallo, at 3.0 a resolution.
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 3'-Processing and strand transfer catalysed by retroviral integrase in crystallo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pro-Pol polyprotein
molecule tags Recombination/dna
source organism Human spumaretrovirus
total genus 101
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4e7lA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 4e7lA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4e7lA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e7lA03
1UA0A 3QEVA 3ZT2A 3O8VA 4KHNA 2XK0A 2EHGA 4FLUA 1J5OA 1CLQA 3AVHA 3META 4EZ9A 1FK9A 4QQDA 3QBYA 3OS1A 4CJUA 3TAEA 5J2QA 2JZ2A 1HYZA 2O4IA 4OGEA 3F70A 3O4NA 3NF6A 2X6NA 4RW4A 3LYIA 2HQXA 3OYMA 3ULDA 1TVRA 1S1XA 5FDLA 4CFBA 3NNQA 4HCCA 5C24A 1D5AA 3CFPA 3MEUA 4XIUA 3H8ZA 4FJ8A 2GFUA 1T03A 2FBVA 4LSNA 3JYTA 4F3TA 4BDPA 1HNVA 3QIOA 4HVJA 3SNNA 3E01A 5DK5A 4ICLA 3IRXA 4PWDA 4OGCA 3NCIA 3PV8A 2QQRA 2X4XA 1IKXA 1OYXA 2KZZA 3LH0A 2KTQA 4I9LA 3DMJA 4LD6A 4CJKA 1C1CA 3VQ9A 1KLNA 3KLFA 1WN7A 5HRRA 2QKKA 4O44A 2X6SA 2DIGA 2X4YA 1WSHA 1HYSA 4DQIA 4O0JA 3QKJA 4ID5A 3IG1A 4IFYA 2WOMA 4CJPA 4FJNA 1BQNA 2VWJA 3QEIA 3HL8A 4IG3A 3M8QA 3SCXA 3TR8A 1BIUA 4I2QA 4CJTA 3B6OA 4C8OA 1YT3A 3ZCMA 1WJSA 1T05A 1VSMA 4FLYA 1TK8A 1N5YA 4E7HA 1LAWA 4C8LA 1KHCA 2IC3A 3AO1A 1KLMA 3KK1A 3HJFA 3HYFA 3MXJA 4B3OA 1OZ3A 4DQPA 5HRNA 4FW2A 1WSIA 4AHUA 4CJ5A 3LP1A 2P5GA 1QSSA 3H08A 3SQ4A 3AA4A 3SJJA 2B5JA 2F96A 4KTWA 3L2RA 2NUBA 4CJLA 3L8BA 3CG7A 2X74A 3KK3A 3KLIA 4Z4EA 3CM6A 3AA2A 1FKPA 1NJXA 3TI0A 2GUIA 3V9XA 4KI6A 5D6XA 2YNIA 5KE3A 3DOLA 3ZSWA 5SZTA 3QESA 3DB3A 3MP6A 3U6FA 1KSPA 1XNIA 4CHZA 1TV6A 1TK0A 1YTAA 4CK1A 3OYDA 4C5GA 5KGXA 2RKIA 3RWUA 3K59A 4CJFA 1O1WA 3QEWA 4KHWA 4AHRA 4DS5A 1C0UA 1NJZA 4N4HA 3L2QA 1ZYQA 3OYBA 1RTJA 4H4MA 4Z02A 2FBTA 1XHZA 2P0KA 4CFCA 2R5AA 4W5NA 3D45A 5E41A 2BUDA 4E7IA 3KD1E 1B9FA 2R5MA 4FJJA 3K5NA 1X9SA 1EP4A 3SV3A 1JL2A 4YFUA 4DTJA 3T19A 4CGFA 2HW3A 1A5WA 2XY5A 4FYDA 3ALYA 4BE2A 2G8VA 3TAFA 3NGIA 3ZSYA 1QTMA 5KTQA 4K8ZA 4BACA 1SL0A 1VSJA 3PX4A 3AVNA 4N4IA 2KQ2A 2Z1JA 2F5KA 1XI1A 4OVAA 1NKBA 1CXUA 3RR7A 4KTZA 1IKWA 4B08A 3OYIA 1ZBFA 2IGIA 3L2VA 3DLMA 3L42A 4KAZA 2K3YA 4M42A 4CIGA 1BL3A 3K5OA 1RT6A 3P83D 4CJRA 3Q1JA 1JLCA 2DY4A 2XY6A 1U45A 4CEOA 1I39A 1U04A 4IUUA 4RW6A 2A1SA 4L8RB 2E4LA 3TWHA 4KB1A 2PYJA 4KHSA 2HVHA 4KPYA 4KREA 1JKHA 1KVBA 3DOKA 4CHNA 1C6VA 1JLFA 1C1AA 4Y1DA 1RNHA 4ELTA 4CE9A 5C6SA 4B9UA 5KI6A 3HPHA 4B9LA 2F8SA 4A4EA 1UA1A 4HCBA 4A4HA 3AVLA 4W5QA 1MU2A 5T7BA 2GBZA 3SYZA 4N5SA 4FXDA 4FZYA 1ASWA 1NK8A 4FLVA 3KTQA 4KB0A 3MEEA 3VQAA 4LH4A 4NCGA 3LWMA 4PY5A 3AO3A 3ZSRA 1Z25A 3V6DA 2D0CA 3OS2A 3IAYA 1QQCA 4IFVA 4N56A 3PMTA 2VWKA 1XC9A 4CF2A 3FEOA 4C8KA 1L3VA 3AVGA 2XRIA 4DU3A 4OPKA 4X34A 3A2FA 2B6AA 1BIZA 3SUOA 4LSLA 3VA3A 4FJLA 3T1AA 4RW8A 1NKCA 3ISNC 5DMRA 3D0PA 3RRGA 3C6TA 5CYQA 1VK0A 1D9DA 4F2SA 3EAEA 4B9NA 1BI4B 3SQ0A 2HHXA 1IKYA 2RJCA 3H6ZA 3LP3A 4FCYA 4L59A 3OYGA 3BGRA 4KO0A 3EY1A 4FK0A 4PLLA 2F8TA 2IG0A 3UT1A 1IO2A 3DRPA 4DTPA 4IG0A 3CQ8A 4B8CA 4IBNA 3OVNA 3TAQA 3HP6A 3DLEA 4IUQA 4B9SA 1XHXA 1LW2A 1TAQA 3OYCA 1OZ2A 1RBSA 1N27A 1NK7A 1ASVA 3AO4A 2MWPA 3UWNA 2R57A 2HVIA 4LY7A 4FJHA 2LCCA 4CFDA 3M8SA 3TABA 1TKZA 3LP0A 2OPSA 4HUFA 2HNYA 1KFSA 3HPOA 3NAEA 4NYNA 5J39A 2RI3A 4H8KA 2G8WA 2DAQA 1TKXA 1G15A 5KRTA 1G5VA 2WACA 4OKEA 3KD5E 5JS1A 1UWBA 1HNIA 3QERA 1LWFA 2DIQA 3SV4A 1NOYA 4KRFA 3QEXA 1IKVA 2HQEA 3QJ6A 4M3WA 3NF7A 4CGHA 4FJGA 3ZT0A 4TSXA 3OS0A 3HP9A 2P5OA 3QNOA 5KCHA 1HMVA 1QHTA 3P8DA 2EQJA 3OYNA 4CHYA 5J2MA 4FL6A 3AVKA 4KI4A 2OZMA 1TKTA 1WGSA 1RTIA 4AHVA 4FJ9A 4Z4HA 1N6QA 3I8DA 4DSKA 2RHIA 4W5TA 4E7KA 4FLWA 4AH9A 4FJ7A 4Z4CA 3PX0A 1QSLA 1SL1A 4CJQA 3FFIA 1RDDA 4F3OA 3TANA 5D3GA 3OJSA 1HJRA 2M1HA 4JLHA 4CERA 2YKNA 1S1VA 1LWCA 4FZXC 2YNFA 4DTMA 3MXMA 3NTHA 3MAQA 3ZSOA 4LH5A 4M3YA 4M3TA 3HVRA 1RDAA 4E89A 3NH2A 4UC4A 2MWOA 3LP2A 4O0IA 3V4IA 4DQRA 4CECA 3SQ2A 1BISA 3VQ8A 3LZIA 2DFEA 4FZZA 4DFPA 2IOCA 3S3OA 4N47A 5IAYA 3UIQA 1HYVA 3V81A 3LAMA 3PO4A 4UQGA 4WE1A 1RILA 4HCZA 1K6YA 3TAPA 3FDRA 4I9QA 4KFBA 2ATQA 2LTOA 4CJ4A 5KCOA 2W42A 5CY4A 4CF9A 3LDSA 2BDPA 1S1WA 1T8EA 3L2WA 3HSTB 3QEPA 1CXQA 1S5JA 3O3GA 3WNGA 3SUNA 1WSJA 5KH6A 2IDOA 4H4OA 4BDYA 3NGYA 1JLEA 4AILC 4CGJA 2KZMA 4DF8A 1RTHA 4ELVA 4DQSA 1S9GA 3K58A 2FBXA 2IS3A 1L3TA 2QXFA 2OZSA 4DLEA 4M3UA 2O4XB 3JSMA 5C42A 3OY9A 3IS9A 3VQ5A 1GOBA 5J1EA 2EX3A 2BKDN 1RT5A 3QIPA 1TL3A 5CZ2A 2WONA 3F73A 3TAGA 3HK2A 2RN2A 4I2PA 5D6YA 3TAMA 4CJ3A 5HRPA 4ID1A 1RTDA 3SPZA 3S9HA 2LSNA 3ZT1A 2G8IA 2RPIA 3THVA 4FM1A 4DU1A 4DTSA 4B8AB 2K3XA 4I7FA 4O55A 2HNDA 4O5BA 1SKRA 2EQKA 2Y1IA 3SD4A 4RW9A 1IH7A 1XWLA 3ZSXA 5J2PA 1CZ9A 1KFDA 1IG9A 1GOCA 1RBVA 4IURA 1SSFA 4Y1CA 1F21A 1J9AA 2EKOA 4OJRA 1VRUA 2QK9A 3K57A 2AJQA 3M8RA 3RTVA 1TGOA 4EP4A 3ITHA 4FJMA 4HUGA 2DTUA 3CEYA 4CEDA 1U4BA 3NF8A 4CF0A 3LX7A 4HUEA 1S6PA 4ZTFA 3DLHA 2G3RA 1U49A 4FLXA 4BE1A 3LGLA 1X1PA 4DF4A 3V1QA 3DM2A 2YV0X 3KUFA 4Q5WA 1VRTA 3AVAA 2B4JA 4RG2A 1RT3A 4CGDA 3AO5A 2OYQA 2OPRA 4PL6A 4BDZA 5SWMA 2YNGA 4M45A 2I5JA 1OI1A 3C4SA 3LZJA 4BWMA 2BANA 4J2DA 1C1BA 3T3FA 1JXBA 1LV5A 1KVAA 2EQUA 3KJVA 1QS4A 2HHUA 2O4XA 4FLZA 4DSIA 2X78A 1R0AA 3OJUA 3ZT3A 5I3UA 3OYHA 4E7JA 4OKKA 3NBPA 3NTIA 4Q5VA 1RT1A 3OB9A 1L5UA 3TARA 4DSLA 4W5RA 2LRQA 2E6LA 5HRSA 4E1MA 3QIIA 1HRHA 4M3XA 4GVMA 3PFSA 3PO5A 1QE1A 2XDPA 4CF1A 4Q0BA 3SUPA 3SQ1A 2X35A 3C6UA 3ZEHA 2BGGA 4BD3A 1VSDA 2RJDA 4CEBA 4DTUA 2RHUA 3O4QA 4GW6A 4ELUA 4DQQA 1RBUA 3FLGA 3MEGA 3QNNA 4RW7A 3L2UA 3WNEA 3RMAA 3VA0A 3OQ5A 3P5JA 3NH1A 1Y97A 5CZ1A 2A1RA 3NE6A 3LLRA 1DLOA 1L3SA 1RI0A 2L3RA 2HNZA 3AVBA 3OYKA 2ZE2A 3SI6A 4CEEA 5KGWA 2D0BA 4PLIA 2HHTA 4CJVA 1SKSA 4QOZB 1S9EA 3MO8A 3HT3A 4CHQA 3MP1A 4DFKA 3ASMA 1ZBUA 3CFRA 4PA1A 5FRMA 3SPYA 1TKDA 2KFZA 3EZ5A 2E5QA 2YNHA 1T7PA 1KTQA 2O4GA 3PUFA 1VSKA 4NCAA 1GOAA 3LPTA 3KLEA 2XO7A 1KRPA 4E0DA 4DTXA 1FXXA 4FJKA 3KLGA 3G0ZA 1U47A 1JLAA 4OVLA 2EFIA 3NDKA 3NTKA 3K2PA 2HHQA 3VN5A 1S1UA 4E7LA 4EDUA 3OYJA 3E9GA 3KKRA 2LDMA 1ZBIA 1ZBLA 2DFFA 4EP5A 3RMDA 1ZBHA 2Z1GA 5HP1A 5CIUA 1JLQA 4CGGA 2HMIA 3C94A 1EX4A 3BDPA 2E6NA 4A4FA 5HBMA 3OA6A 2XHBA 3AV9A 2G8HA 2L89A 3DRSA 1WJQA 3L3UA 4ZHRA 4FM0A 4CHOA 3AVMA 2QQSA 1ITGA 4HHTA 2QKBA 2RI2A 3P8HA 4CK2A 1LW0A 4DSFA 3QINA 1RT4A 4IUPA 1SUQA 1ASUA 3I0RA 1NJYA 4JS5A 1YTUA 4QCLA 2RO0A 5FRNA 3AVIA 1JLBA 4DFJA 1J53A 1BI4A 3PX6A 1L3UA 4N4GA 1WSFA 3MEDA 3QO9A 4HTUA 1I3AA 4Z4IA 5J2NA 5HLFA 3CFOA 4AHCA 5C25A 4CEFA 4YNQA 4OLBA 3NHGA 4C8MA 5KRSA 4O4GA 2RJFA 3QLHA 3WNHA 1CZBA 4AHSA 4F8RA 5J26A 3U3GA 3V1RA 5C0MA 4F4KA 2ZQBA 3AVJA 1BCMA 3M8PA 2OPPA 1NK5A 1NK0A 3G10A 2EQMA 2OPQA 3I0SA 1WNSA 1RDBA 3L3VA 3VQCA 1H3ZA 2XY8A 4FJXA 3SZ2A 4A4GA 1NK4A 4II1A 3SUQA 4EZ6A 4N76A 1HQUA 4CJEA 4DTRA 1A5XA 3NGZA 4E1NA 2FHDA 5KE2A 2Z1HA 4LD0A 1HPZA 4QQ6A 4FK2A 3V9ZA 3QETA 3VQQA 1SV5A 2RI5A 5I42A 4CRIA 3O3HA 1RT2A 4AHTA 4FVMA 4DU4A 2YHAA 1TAUA 4E19A 4J2AA 4KHUA 3AA3A 4QQGA 1MHNA 2Q3SA 3K5MA 1QSYA 4N41A 1JXEA 2HHSA 2OA8A 3VQBA 3MEWA 4B9WA 2RHYA 5M9OA 1BHLA 4KHYA 4MQ3A 4C8NA 3OYEA 4JRQA 4PQUA 4GY5A 4DS4A 2M16A 4QW2A 1BGXT 3LPUA 3V9SA 4CIEA 2L8DA 1NOZA 3HPGA 3DB4A 3CM5A 3PY8A 4MFBA 4CJWA 1B92A 4G1QA 3HVTA 3AVFA 4Z0UA 1Z26A 2B8AA 1D8YA 3LANA 3PNWC 4RG8A 1C0TA 1NKEA 2P51A 4ZTJA 2D9TA 4B9XA 1RDCA 4NS5A 2IAJA 5HROA 4CGIA 4FU6A 3ME9A 3AVCA 2KFNA 1VSIA 1DTQA 2LVMA 4FJ5A 1EKEA 3LAKA 3MP8A 3MXIA 4KTQA 3S3MA 2X4WA 3P1GA 1SL2A 3ZSZA 2YRVA 3V1OA 2GV9A 3VQ6A 2PYLA 3VQDA 3DI6A 4FJIA 1RCHA 1S6QA 1EXQA 4DMNA 3KLHA 4DG1A 2BE2A 1J54A 3NH0A 4J2EA 4KV8A 1X9MA 2VYTA 3LALA 4FW1A 1VSHA 4IUVA 2GF7A 1DTTA 1RBRA 2RJEA 4KKOA 4CEQA 3OYAA 1LAVA 2G8KA 3VQEA 4C5EA 5IN1A 1BQMA 3LGFA 4OKJA 4M3RA 1UAXA 4C5HA 3DRRA 1X9WA 1VSFA 4C5IA 3OMCA 3AO2A 4NYFA 3EYZA 2R58A 1TK5A 1WAFA 3VQ4A 1U48A 3HO1A 1Q9XA 2VG6A 3DLRA 1S1TA 3RMCA 4NZGA 1HQEA 2RF2A 1LWEA 2Z1IA 3RMBA 4CK3A 3F9KA 3WNFA 3M9QA 1YVUA 2RHXA 4DTOA 1B9DA 1TL1A 4KHQA 3MEVA 3KIOA 3DLGA 4CFAA 3S6WA 2FC0A 3ASKA 2Y1JA 4W5OA 4J2BA 3HXMA 2BIVA 3B6PA 4Z4GA 2R7YA 3NFAA 2JLEA 4DSJA 4CEAA 4CJSA 3KKSA 2G8FA 3DLKA 4GMJB 3V9WA 2D5RA 2HHVA 2M0OA 4IUTA 3CYMA 4BWJA 1KCFA 4QAGA 5CYMA 1REVA 2ZD1A 1UOCA 2PQWA 2KW4A 3LWLA 4CCHA 3E9FA 3GOXA 4CF8A 4QVZA 2XY7A 4M3ZA 4BE0A 2HHWA 4CEZA 3MEAA 4JS4A 2P1JA 4DTNA 2RHZA 3RRHA 3ZT4A 3O3FA 5JS2A 2ITGA 5K14A 2YKMA 2E6MA 3VQPA 1WSGA 3KK2A 1VSEA 1D9FA 4DWIA 1NK6A 1BCOA 1WSEA 1A5VA 4CHPA 2D0AA 4DLGA 3NF9A 4FK4A 3OYLA 1RBTA 3MECA 3U3YA 1FKOA 1WAJA 4B9VA 1Q9YA 3DLBA 1W9HA 1JL1A 4DSEA 2PY5A 1WJRA 3RR8A 4R5PA 4OPJA 4FLTA 4CIFA 2JTFA 5EU7A 2HB5A 4CESA 3BDLA 3S3NA 3HM9A 1SKWA 1C0MA 4DFMA 2PZSA 2NLUA 4FM2A 3OMGA 3V9UA 4B9MA 5D6WA 3PMIA 2FBYA 2GFAA 1VSLA 3K5LA 1W0HA 2JGUA 4PUOA 4IKFA 4IDKA 1KVCA 3FC3A 1WLJA 2DFHA 4K8XA 1JLGA 1RT7A 1EETA 2G8UA 4F2RA 2VG7A 2ETJA 4Z4FA 2YHBA 3DYAA 3VQ7A 4NCBA 1NK9A 2VG5A 3C95A 4M41A 4E3SA 2CKKA 3OYFA 3ZSVA 3AA5X 5FROA 1NJWA 4B9TA 1Q8IA 3ZSQA 4JRPA 4OLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SANA 4IOAF 3CVTA 1V5FA 2DA4A 2EV5A 1YF5L 2O8CA 1G3TA 3NHNA 3ZMDA 3F6OA 2V1XA 2W24A 3O8VA 3EFOA 3M4GA 4KHNA 2XK0A 3JS6A 2MK5A 2EHGA 2EIFA 3FZLA 2QI2A 1OJLA 3FHZA 4M77A 1J5OA 1CLQA 1GCPA 3AVHA 3META 3GBGA 4IZZA 4ZC3A 1XQHA 2FMYA 2J6FA 3GDQA 2RPNA 1VQ5T 5BS6A 1TU0B 1NBWA 2JZ2A 1B6AA 4M7DD 2O4IA 3K0SA 4OGEA 4BHBA 3O4NA 3JAMO 3NF6A 1NBEB 1IG7A 2COMA 3CBPA 2I10A 4KH1B 3GWZA 4BRDA 3BE3A 1TVRA 3THYB 3NNQA 1IGUA 1ZK8A 5AT1B 1ZSZC 5C24A 4C0GA 1YJNA 3CFPA 2Z16A 3MEUA 2GTDA 4MDWA 4GV3A 3HFOA 2DMTA 1QA6A 1HNVA 2IGNA 3BJ6A 1X2NA 1WOQA 2D1VA 4HVJA 3ZETA 1NGEA 3R4KA 1ETXA 4JJCA 4DA4A 2V9PA 1JRIA 4OGCA 3JSPA 2ZXHA 1G8XA 3FMRA 2YPRA 4AM7A 1ZSZB 4DZPA 3J80Z 4LMYA 2P0WA 1IN5A 1OYXA 2GIVA 1TOVA 3BR0A 2AXTC 5KQ8A 2E19A 4A3FJ 2QM1A 5D5XB 1KLNA 1ETWA 4CCJA 1SKUB 3I9V2 1PCXA 1OMIA 1UHWA 2DIGA 2P4WA 1WSHA 1TP4A 3RUXA 1KQSP 3I55Q 1HKGA 2R7TA 4ID5A 1Q82R 1X2QA 2CH0A 4HXJA 4DEXA 4CJPA 4BNCA 3H9JA 2CO5A 5J8CA 1X6OA 5E8GA 2JN6A 1RR7A 4MFDA 3VEPA 4DOVA 3HL8A 1IN6A 2DA3A 3ECOA 3DPUA 1QQJA 1Z7UA 2EQIA 2KIUA 3VGLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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