4E7KA

Pfv integrase target capture complex (tcc-mn), freeze-trapped prior to strand transfer, at 3.0 a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
DAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 3'-Processing and strand transfer catalysed by retroviral integrase in crystallo.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/dna
source organism Human spumaretrovirus
molecule keywords Pro-Pol polyprotein
total genus 96
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4e7kA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 4e7kA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4e7kA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e7kA03
4X34A 4CIFA 3SJJA 3SUQA 1UWBA 2X4YA 1RBUA 1XHXA 3LAKA 1HYSA 1TAUA 2F96A 1VSIA 4CJ5A 1C0TA 3OS1A 1ZBLA 2QKBA 2G3RA 1Q9YA 3VQ6A 1LWEA 2RPIA 3O3HA 3QO9A 3TAPA 4OVAA 4HVJA 2G8WA 5CYQA 1WJSA 4IUPA 4BWJA 3OMGA 2KTQA 3SUNA 2XHBA 1RT6A 1WJRA 1B9FA 3KD1E 4B8CA 3SI6A 5KGWA 3WNHA 2XY5A 4CGGA 1C0MA 2HQXA 1NJWA 1RT3A 3VQAA 5JS1A 1WSGA 1K6YA 2FBTA 4QVZA 3KUFA 3L3VA 3OYDA 1Q9XA 3QJ6A 1QHTA 3NNQA 1U45A 3VQ8A 4IBNA 3LZIA 1J54A 4KRFA 3NBPA 3PX0A 1LW2A 4AHRA 4DQPA 4OLAA 3V9UA 2F8SA 4I9QA 4DQIA 4QQ6A 4CEBA 3D0PA 4HUEA 1L5UA 3NFAA 3U3YA 3SQ0A 3ZSQA 1CLQA 3RTVA 3OYNA 2RO0A 2B4JA 4DTSA 4B9UA 5KGXA 2HQEA 3AVJA 4TSXA 2KZZA 3K57A 5J1EA 1QQCA 4H4MA 4DSIA 2VG6A 4CRIA 1DLOA 3HXMA 4DU4A 5J2QA 4RW9A 4CJRA 1SV5A 2YNHA 4KHUA 1ZBHA 3TAEA 4CF2A 1TKDA 1JLEA 1B9DA 1VSDA 2RJEA 5FDLA 4E89A 2L3RA 3M8QA 2DFEA 3DM2A 3TI0A 4FZYA 5CYMA 2FBXA 4CEFA 2OA8A 3IG1A 4FJHA 4PUOA 3LX7A 1NKCA 4I9LA 3RMDA 5KI6A 3M8SA 2O4XA 3DOKA 2BKDN 4CIEA 3HVRA 4R5PA 2OPSA 2R57A 3K58A 3V9WA 3L3UA 3LP2A 3O3GA 1IKYA 3QNOA 2RI3A 4CHOA 4FJMA 4KFBA 3AO1A 4IFVA 3PY8A 1REVA 4C8NA 3EY1A 4KPYA 2D0BA 3OYLA 2PYJA 2QQRA 4E7LA 3QEVA 4C5IA 1VSLA 1QTMA 4DSLA 4IUQA 1RT7A 1JLCA 4UC4A 2IGIA 4L59A 3LWLA 1TL3A 2BDPA 4DTMA 2P5GA 3ZSYA 1T8EA 3U3GA 4FM1A 4KI4A 3NH0A 3SNNA 4M3RA 2Z1JA 2RHZA 2HHXA 3DLBA 4W5QA 5J2MA 4B9MA 3DLRA 3ISNC 1WAJA 5C24A 4OGEA 1IO2A 1T03A 4FJ8A 4FJNA 3PX4A 4ID5A 1A5VA 3HL8A 1RT1A 2RHXA 3RR7A 2RI5A 4YNQA 3K5NA 3FC3A 3AVLA 2LRQA 3ASKA 3S9HA 2G8FA 2YHAA 4LSNA 2G8IA 4O0JA 4CJQA 1KFSA 1N27A 2BIVA 4E1NA 4IUUA 1KVCA 1VSKA 2WOMA 4J2AA 4HTUA 4KI6A 4AHSA 2F8TA 4DSJA 3QEPA 3MXIA 1RDAA 1RBTA 3AVIA 2IC3A 3P1GA 2RHYA 3M9QA 2QXFA 4ZTJA 1KVBA 5HBMA 3EAEA 4G1QA 3OYFA 2XK0A 4AILC 3ZSWA 2RHIA 3OMCA 4Q5VA 2RHUA 3O4NA 1VSEA 4CFBA 4KB0A 2X78A 1RDDA 3PV8A 3M8PA 3AO3A 2AJQA 4M3WA 3H6ZA 4CGHA 2FBYA 2R5AA 3DRPA 3ZEHA 2YRVA 3HP9A 5KCHA 2PYLA 4L8RB 5IAYA 4ELVA 1IH7A 4KB1A 1JLGA 1TKXA 3K5OA 3ZT4A 1BHLA 3QIOA 1WSFA 4CJFA 4DWIA 3OYMA 3SCXA 4RW6A 4H4OA 3RMCA 2X6SA 4NCGA 3NTHA 1DTQA 2JLEA 1QSLA 3CFPA 4BDYA 2EQMA 4N41A 1NK4A 3KKRA 4DSKA 2R5MA 1XNIA 4Y1DA 3ZSRA 4FW2A 4FLWA 2HVHA 2HMIA 4CJWA 1UAXA 5KCOA 2ZD1A 1JL2A 1ZBFA 2A1RA 2O4IA 1KLNA 2E4LA 3LANA 4CJTA 3OY9A 1RDCA 4FJIA 1WJQA 2IS3A 4KTWA 3OYAA 1HQEA 1FXXA 3LP1A 1QE1A 1T05A 3KLEA 1D9FA 3T1AA 1EETA 2HVIA 1NK7A 4LD0A 5EU7A 4J2BA 4FVMA 4FJ5A 2VG5A 1U49A 3OJSA 2Z1IA 4DF4A 4N4HA 3MEEA 4IFYA 2KFZA 4IUTA 4BDZA 3ME9A 3MEUA 1QSSA 1IKVA 2DY4A 2DFHA 3CEYA 4PWDA 4KAZA 4CF0A 3B6OA 3QESA 1I39A 3T19A 4DS4A 4DMNA 4BACA 5C25A 3ZT3A 2OPRA 3DRRA 1B92A 1OI1A 2BE2A 3RWUA 2EKOA 1D9DA 3NTKA 1DTTA 4JRQA 4O5BA 4W5NA 4CF8A 2OPPA 1LWCA 2M16A 1H3ZA 3NH2A 3TAMA 2ZE2A 3LGLA 2A1SA 4N76A 1RT4A 3VA3A 4CIGA 3SV3A 5CZ1A 3TAQA 3PNWC 3NF7A 2RI2A 1FKPA 3OYGA 5HRNA 1CZ9A 4NCBA 4Z4EA 1LW0A 4O0IA 1HRHA 2ETJA 1S9EA 4JRPA 3V6DA 4GMJB 2B5JA 2ITGA 3NF8A 4DF8A 2OYQA 2LCCA 3LYIA 1TGOA 1OZ2A 2Y1JA 4B9NA 1EX4A 4CEZA 3C6TA 4ICLA 3AVNA 3LPTA 4CERA 3RRGA 3META 4MFBA 3WNFA 2OZMA 1I3AA 2XY6A 4DTOA 3EZ5A 3QINA 3VN5A 4F2RA 3HPGA 2Q3SA 5KH6A 2EX3A 5KE3A 4C5GA 4QQDA 2E6MA 1JL1A 1BISA 3O4QA 3FDRA 3F73A 3MXJA 4BE0A 2O4GA 4AHTA 5K14A 1WNSA 3NF9A 3ZT1A 3AVGA 4II1A 1VSHA 2VWKA 3FLGA 4FL6A 2EHGA 5FROA 3P8HA 2DIGA 4RG2A 4ELUA 2WACA 1HYZA 1G15A 1JXEA 3F9KA 4NS5A 1NJYA 4E7IA 3C4SA 4ELTA 1A5WA 4BDPA 3OA6A 3A2FA 4CJEA 4OJRA 1Z26A 1HQUA 3PMTA 1HMVA 3VQBA 3G0ZA 3KTQA 3MECA 1TK0A 3RR8A 3CQ8A 4KTQA 3E9GA 3KD5E 3UT1A 3QEWA 1WN7A 2P0KA 4M3UA 4JLHA 2HB5A 1WSEA 3VQPA 1HNVA 4LH5A 2YNGA 3DLEA 4DQSA 5DK5A 4KHSA 3G10A 1YVUA 4B3OA 5SWMA 4RW8A 3B6PA 4HUGA 3U6FA 2YNFA 4E3SA 1UA1A 4CF9A 2KQ2A 1XWLA 3DLMA 3L8BA 1RT5A 3ZT2A 4HCCA 4M3XA 1T7PA 3T3FA 4Z4IA 4B9VA 1TKZA 3AVHA 2YKMA 3JYTA 2HHTA 4I7FA 4FW1A 3AV9A 1G5VA 2M0OA 1SKRA 3LP0A 2D9TA 3SD4A 4JS5A 2YV0X 1NOZA 2RJFA 1BCMA 3ZT0A 5C0MA 2MWOA 1S1XA 5E41A 1BGXT 2P1JA 1SL2A 1L3UA 2KZMA 4EDUA 2XRIA 2RN2A 3NDKA 4PY5A 1D5AA 4W5TA 4DU1A 4PQUA 3VQCA 1IKXA 1QS4A 3L2VA 1S1WA 3HPHA 3KK2A 4OKJA 1J5OA 3V9ZA 1OZ3A 1TAQA 4FJKA 3DOLA 4XIUA 1RTJA 4C5EA 3MEWA 2GUIA 4RG8A 2R7YA 4DFMA 4HUFA 3DYAA 4CF1A 3Q1JA 5IN1A 3NF6A 1CXQA 2CKKA 3CM5A 3MEDA 1JLQA 3PMIA 3O3FA 1VSFA 2QK9A 5CY4A 5HLFA 3HO1A 4CJLA 4CHNA 1RNHA 3UWNA 4A4GA 2EQJA 1SKWA 3MEAA 2E5QA 1SSFA 4IG3A 3H8ZA 3AVBA 4ID1A 4QQGA 1RTHA 2Z1GA 1RTDA 5J26A 3V1QA 4DFPA 2HW3A 5HRRA 4CFAA 1NK8A 4BD3A 4N5SA 4J2EA 4OGCA 3K59A 2LVMA 2RJDA 3LP3A 4KV8A 4Z4FA 4CHPA 3LZJA 3SUPA 4CJVA 4KHYA 5KRSA 3LPUA 4CECA 4QCLA 3NGZA 1KFDA 1KVAA 3MO8A 3RMBA 2IAJA 4H8KA 4FLUA 3OYJA 4FU6A 4IUVA 4DFKA 4O44A 3E01A 1KTQA 4FXDA 4RW7A 3V81A 3HVTA 4DG1A 2VWJA 4W5OA 3NCIA 4KHQA 5CIUA 2R58A 3QERA 4LY7A 3K2PA 1L3VA 4E7KA 1KRPA 3HSTB 4FLTA 4C8MA 2FC0A 3WNGA 3BDPA 4NCAA 3KK1A 4O4GA 3QLHA 3OVNA 3DLGA 4O55A 1LAWA 1ASWA 4C8KA 1VRUA 1S6QA 2G8HA 4AHCA 3LLRA 3QEIA 1HPZA 4CFDA 1YTAA 1S9GA 3SYZA 4FLYA 4PLIA 2IDOA 3DRSA 1CXUA 4KREA 3MXMA 3ZSXA 5HP1A 4KTZA 4FJGA 3O8VA 3L2QA 1HNIA 3I0RA 4FJXA 5HRPA 3AVCA 4LSLA 4FK4A 4FZZA 3BDLA 1Y97A 2YNIA 3HYFA 3AA5X 2E6NA 4LD6A 2I5JA 4A4HA 2XO7A 1NJZA 1YT3A 1C1AA 3HK2A 3DB4A 4M3ZA 1RBVA 5D6WA 1NK0A 4DTUA 4OKEA 2RF2A 4CCHA 5CZ2A 4CESA 3PO5A 4FYDA 2LTOA 3V1OA 3S3NA 1FK9A 3AA3A 3QEXA 3HJFA 4F3TA 4CEQA 1TKTA 1SL0A 3EYZA 3S3OA 5KTQA 4DSEA 4FJ9A 2K3YA 1RCHA 3TAGA 4BE2A 4JS4A 4K8ZA 3SPYA 3V9SA 3DI6A 3VA0A 1RBRA 4CGJA 3OJUA 1NK9A 1JLBA 3ZSOA 3RRHA 1R0AA 3LDSA 2L8DA 1J9AA 1EXQA 1O1WA 4C8LA 1BQMA 4Z4CA 4CJ3A 4CJ4A 4B9TA 1GOBA 3CFOA 3IAYA 2X4XA 4AH9A 3FFIA 1TL1A 4CEAA 3SQ4A 3AO2A 3NTIA 3QIIA 4B9XA 2LSNA 5FRMA 3AA2A 3UIQA 3JSMA 3QKJA 4CGFA 2OPQA 3ZSVA 4HCZA 3OB9A 3P83D 4GY5A 3ASMA 3SV4A 1IG9A 3KLFA 3HP6A 4QW2A 4E7JA 3DMJA 1GOCA 3AO5A 5D3GA 2P51A 2PQWA 3L2WA 5J2PA 1JLAA 1X9WA 4RW4A 2HHQA 1BL3A 2IG0A 3E9FA 1C0UA 4F8RA 4IDKA 3MEVA 4CHQA 4K8XA 1LV5A 2XDPA 2D5RA 4B9WA 3AVFA 3DB3A 3KIOA 3KJVA 1TK8A 2PZSA 4E1MA 4I2QA 3L2RA 4IURA 2ZQBA 2HHWA 4N56A 5SZTA 1WLJA 3CFRA 4QOZB 4OPJA 2G8KA 4CEDA 1VSMA 5FRNA 1KSPA 1W9HA 3H08A 3MP1A 3OYCA 1UOCA 2K3XA 2IOCA 3K5MA 3WNEA 3GOXA 4AHUA 2MWPA 2HNDA 3CM6A 4QAGA 4EP5A 3MEGA 2RJCA 5T7BA 2KW4A 1ZYQA 3AO4A 1CZBA 2G8VA 2O4XB 4NZGA 5C6SA 3AVAA 1RBSA 3C95A 4CEOA 5I42A 4NYFA 3ULDA 1WGSA 2BANA 2VG7A 2Z1HA 4CHZA 2HHSA 4N47A 1QSYA 4EP4A 1A5XA 2HHVA 3V9XA 4DTXA 4E0DA 1XHZA 4B8AB 2FBVA 1X9MA 1SL1A 1S1TA 1Z25A 4CJKA 4CGDA 4C5HA 3SPZA 1C1CA 1Q8IA 1BI4B 2DFFA 4DQRA 1XC9A 3CG7A 3SUOA 3LWMA 4OPKA 4J2DA 3P5JA 2L89A 5J39A 3BGRA 1WAFA 5HRSA 2EFIA 3C6UA 3V4IA 3THVA 4LH4A 3ZSZA 4EZ6A 5M9OA 4M45A 3MP8A 4PL6A 4KHNA 1KLMA 2Y1IA 1TVRA 2GBZA 3NHGA 4OLBA 1X1PA 3HM9A 1BI4A 3OS0A 5J2NA 4DFJA 1NKBA 4E19A 1KHCA 4W5RA 5HROA 4F3OA 3NH1A 1EP4A 4Z02A 3VQDA 3MP6A 2JTFA 4CFCA 4B9LA 1KCFA 4F4KA 1BCOA 2ATQA 4F2SA 4Y1CA 1S6PA 4KO0A 3HT3A 4DLEA 3QNNA 4CJSA 3OYIA 4ZTFA 3CYMA 4KKOA 1ITGA 4Q5WA 3VQ7A 2VYTA 2G8UA 3DLHA 1JLFA 1YTUA 1S1VA 4AHVA 2PY5A 3KK3A 1SKSA 3NGYA 1TV6A 4FLZA 1F21A 1N6QA 3FEOA 3OYKA 2BGGA 4E7HA 3QETA 3LALA 1S5JA 4B9SA 2DTUA 4CHYA 4I2PA 4YFUA 1VSJA 1WSJA 1U4BA 1SUQA 1TK5A 1U47A 3PO4A 1WSIA 3L42A 4MQ3A 4Q0BA 4CJPA 2QKKA 3PUFA 2M1HA 1ZBUA 3IRXA 3K5LA 1L3SA 3HPOA 1NK6A 4DQQA 3KLGA 2HHUA 4M42A 3LGFA 4FK0A 2OZSA 3ALYA 4DTPA 1UA0A 4FCYA 4Z4GA 4NYNA 3QBYA 2DIQA 2NLUA 1J53A 1NOYA 3D45A 1RI0A 4N4GA 4FLXA 3TARA 4A4FA 2GF7A 3NGIA 1NJXA 4A4EA 2X35A 1HYVA 5KE2A 4PLLA 4N4IA 1W0HA 1BIUA 3SZ2A 2P5OA 4DU3A 4PA1A 2WONA 3VQEA 3VQ9A 1VK0A 3VQ5A 3VQQA 1OYXA 4ZHRA 1MU2A 1VRTA 1XI1A 2XY8A 1RILA 1U48A 3IS9A 1RT2A 4HCBA 4CK2A 3TWHA 4OKKA 4CK3A 2BUDA 4FJ7A 4DTNA 4CEEA 2X74A 3TANA 1WSHA 3TAFA 4BE1A 4DLGA 3SQ1A 4DS5A 3OYHA 3P8DA 3VQ4A 3ITHA 2D0CA 3I8DA 2HNYA 3NE6A 3MAQA 2B6AA 2HNZA 2QQSA 1C1BA 1RDBA 1NK5A 1BQNA 3OYBA 2X6NA 4Z0UA 3NAEA 1LAVA 4M3TA 4GVMA 3S3MA 1RTIA 5D6YA 1ZBIA 4CE9A 1L3TA 4FZXC 2YKNA 3M8RA 1D8YA 4M3YA 1EKEA 2EQKA 3OQ5A 1BIZA 4DTRA 3KKSA 3OS2A 1JXBA 3V1RA 4FJJA 4UQGA 1S1UA 3KLHA 5DMRA 4WE1A 2W42A 2D0AA 2JZ2A 3PFSA 2EQUA 4IKFA 1MHNA 3F70A 1JKHA 4HHTA 3SQ2A 4DTJA 3C94A 2NUBA 1C6VA 3OYEA 2F5KA 3PX6A 3S6WA 4Z4HA 3AA4A 2B8AA 2GV9A 4B08A 3LAMA 1LWFA 4OVLA 1FKOA 1ASUA 5JS2A 1NKEA 3AVMA 3RMAA 3DLKA 2DAQA 5D6XA 2RKIA 4IG0A 1IKWA 4GW6A 4BWMA 2FHDA 4FM2A 4FK2A 2XY7A 2KFNA 4EZ9A 4FJLA 3TABA 2JGUA 4C8OA 1HJRA 1ASVA 1U04A 3L2UA 4FLVA 3I0SA 3LH0A 5KRTA 4M41A 2GFAA 2X4WA 4DSFA 4CK1A 3AVKA 2E6LA 4FM0A 3QIPA 5C42A 3KLIA 4CGIA 1X9SA 2LDMA 4CJUA 1N5YA 3TR8A 2GFUA 4KHWA 2YHBA 3ZCMA 1GOAA 5I3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y71A 4RMNA 2PTKA 3EEQA 3QDRB 2KL4A 1UWBA 2X4YA 3DKXA 4JAXA 2LY9A 1M5Q1 5FB2A 4I02A 2CRGA 1DUXC 1Y7XA 4JRKA 1ZBLA 2P4WA 4N4NB 3F5TA 2WAQN 5K7ZA 2QKBA 2R3SA 3HFNA 3L9FA 4N0AA 3WTXC 2OTJA 3VQ6A 1LWEA 1NZ9A 5ERIA 2RPIA 3M3YJ 1WVRA 4OINF 1U8RA 2QWWA 1T0JA 3SAHA 3PT9A 4YORA 1ZX6A 3VEXA 4KICA 4OVAA 5CYQA 4IWVA 2VIXA 1E3PA 1T3LA 2A6EF 4BWJA 1I6XA 1IUFA 3JB9G 1XC3A 1GLEG 3DBHB 4B8CA 4B23A 3MMYB 4K42A 4K0KK 2C6YA 4M77D 2JWKA 1TWCJ 2PVOB 3GTQJ 3WT0A 1C0MA 3L7WA 4RTVA 1X2NA 1B1BA 3A0HC 5HDKA 2FBTA 3CJTB 4PL8A 3FE1A 1U9OA 5A0LA 2O8KA 1Q9XA 1ZSZB 1FYNA 1HW5A 5M5XJ 3G71Q 3JAMZ 5LJ5e 1KQ9A 1R58A 5GAN2 5FJ8J 4KRFA 3NBPA 5DDGA 1ZRDA 3G4SI 3BG5A 1U3EM 5BN9A 5EGOA 3MDQA 4VUBA 3GZNB 1HNZK 1E2XA 3V9UA 3ECOA 3DWLA 2R4GA 2F8SA 1SAZA 4JHDB 4QQ6A 5GJVB 3QFPA 3GTJJ 2VJ5A 1IZ6A 3KE2A 4CCNA 2F5TX 2STTA 3ZSQA 1CLQA 1XX5A 3QYBA 1I6HJ 2YDLA 2JPCA 3JCMJ 3K57A 2K86A 4FWNA 2C0TA 1ZSZA 4A59A 2XPWA 1Y1VJ 2EFPA 4EVVA 2AHJB 1VQ4I 2Z3YA 1IHWA 2FD5A 1YI2Q 4IVNA 1DLOA 1TXQA 5I2SA 4DU4A 4H5VA 1Z6TA 4CJRA 2Y9YA 2NOIA 2KMUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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