5FROA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium and the insti xz446 (compound 4f)
Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
DAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (9-17)S3 (44-47)TII1 (21-24)S1 (30-33)TI1 (25-28)EMPTYS2 (36-41)3H1 (51-53)AH2 (54-64)AH3 (69-79)TIV2 (82-85)AH4 (85-95)TIV9 (327-330)AH5 (97-102)S12 (337-348)S4 (108-109)S6 (141-147)TI'2 (136-139)TIV3 (135-138)TII2 (120-123)3H2 (214-217)TIV4 (147-150)AH9 (244-255)TIV7 (241-244)S7 (153-158)AH6 (163-175)TI4 (187-190)TVIII2 (179-182)TI5 (188-191)TI6 (189-192)AH7 (193-201)S9 (205-208)TI12 (356-359)AH8 (218-235)TII3 (235-238)O1 (239-241)TI7 (258-261)TI8 (259-262)AH10 (265-270)AH11 (288-301)O2 (274-276)TI9 (281-284)S10 (314-315)S14 (361-365)TII6 (331-334)S13 (351-355)TII5 (318-321)S11 (321-326)TI2 (41-44)S5 (124-130)TIV6 (210-213)S8 (181-184)TII4 (276-279)TI10 (283-286)TIV5 (158-161)TIV8 (311-314)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human spumaretrovirus
publication title HIV-1 Integrase Strand Transfer Inhibitors with Reduced Susceptibility to Drug Resistant Mutant Integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PFV INTEGRASE
total genus 100
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 5froA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 5froA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 5froA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5froA03
3ZCMA 1TAQA 4B9MA 4DQQA 1I39A 4N47A 2LSNA 3OMGA 3MEWA 4M3ZA 2X74A 2LVMA 4K8ZA 3RR8A 3QO9A 1OI1A 4N4IA 2W42A 2E5QA 3AVFA 4Q5VA 2Q3SA 3OA6A 3VQBA 4BDYA 3C6TA 4E89A 3QEWA 3IAYA 1RNHA 3HT3A 3PNWC 5J1EA 1KFSA 3ASMA 1Z25A 4BACA 1SL0A 4PY5A 4J2BA 4BDPA 1RT7A 4O0JA 3NE6A 2F8TA 1HMVA 4IKFA 1HYSA 3MAQA 2YRVA 3CFPA 1NK8A 2KFNA 3DMJA 3NFAA 3P1GA 3KD5E 3OYEA 4O44A 3OYMA 1VK0A 3OB9A 4YFUA 4KPYA 4DSIA 1NKBA 3MP1A 4OKJA 3SPZA 3VQ6A 1QTMA 1S5JA 4OLBA 1FXXA 1QHTA 3A2FA 2EQJA 4KV8A 4JLHA 2B5JA 4FM2A 3HVTA 4DS5A 2DIGA 1NK7A 3KJVA 2DY4A 1BL3A 2BIVA 2ZE2A 3JYTA 3AO4A 1L3VA 2BDPA 1C0MA 4IG0A 1EX4A 5DMRA 3AA3A 4I9LA 1XI1A 4F2RA 4HUFA 5FROA 4C8LA 1JXBA 4CGFA 2Y1IA 1RDAA 2EQUA 3AO3A 1RBUA 2LCCA 5KI6A 4KI6A 3HSTB 5CZ2A 4B9NA 2E6MA 4W5TA 4CFDA 2HHTA 1LWEA 1SUQA 1NK0A 3WNEA 2PZSA 1D9DA 2D0BA 3OYJA 4HUGA 2R7YA 3RRGA 3V9ZA 4CECA 4FK4A 1SKRA 3MXIA 4CJFA 3OYNA 4IFVA 2XY6A 5CIUA 4CJRA 1BQMA 4CJVA 4FJ7A 4PLLA 3HK2A 4LY7A 4RW8A 4FJGA 2RI5A 3BDPA 2IS3A 3WNFA 3HL8A 3RR7A 1KVCA 3PY8A 4FLUA 4NYFA 4CK2A 2YNIA 2RJDA 1C1BA 4FL6A 4DQIA 2HB5A 2RF2A 3H6ZA 1RBTA 4CJ4A 4IUVA 4FJNA 3V1RA 1J53A 4AHSA 3K5LA 3AO5A 1CZ9A 3U3YA 5K14A 3ITHA 3QEIA 4J2EA 4Z4CA 1TK8A 5J26A 3QLHA 4W5OA 3L2VA 4CF2A 1RT2A 4C5HA 3DRRA 4FLYA 3AA4A 2X6SA 3ZSQA 4A4GA 1CZBA 4R5PA 4B9SA 3THVA 3DLBA 2IDOA 1ZBFA 4M3TA 1S1VA 1NJWA 3SV3A 1KRPA 3VQEA 1S6QA 3KIOA 3MEGA 1T7PA 4DSKA 2OZSA 3PO5A 3QJ6A 4CEFA 1DLOA 3VA3A 1RTHA 1WJSA 3L3VA 3F73A 4NCGA 5D6YA 1BIZA 4FVMA 3ZT0A 4N4HA 4BWMA 3MXMA 2XK0A 4C5IA 4CIGA 4F8RA 3U6FA 3V1QA 3QETA 5EU7A 2LRQA 3KLHA 5KTQA 3ASKA 1S1UA 3S3OA 4NCBA 3MEVA 4DU4A 4NCAA 1NK5A 4Q0BA 1BGXT 1KVBA 2XO7A 1WJQA 4CEAA 3RMAA 4QQGA 3QINA 3K59A 3D45A 4DQRA 2PY5A 1EXQA 1RBSA 3DYAA 4KHSA 4E7JA 3DB4A 4ELTA 1UWBA 1U48A 4RW9A 3M8QA 3NH2A 2DFHA 2LTOA 3DLMA 3NHGA 3AVGA 3AVJA 2HVIA 3HXMA 4N41A 2G8IA 4MFBA 4CHZA 2YNGA 4GY5A 4E0DA 3LAMA 1WAJA 2X78A 3ZSYA 1XC9A 2VG5A 1TKZA 2HQXA 4LD0A 1VSEA 1EETA 2HMIA 4E7IA 4CE9A 4O55A 4HCBA 4B9TA 4BWJA 1H3ZA 1JLAA 1NOZA 4H4MA 3V81A 3H8ZA 1ZBUA 4NYNA 4WE1A 3ZSRA 2XY8A 4RG2A 5KCOA 4DTPA 3HPOA 1VSJA 3TR8A 2YKNA 4CJTA 3OMCA 4FK2A 3LP2A 4DSEA 1Z26A 2ITGA 3CG7A 4GVMA 2XRIA 3T19A 5C42A 3K58A 1L5UA 1VSIA 4CJ3A 4AHTA 3M9QA 3ZT3A 1X1PA 2WONA 4EZ6A 3HP6A 2VG7A 4CJUA 3TABA 3SUNA 3S3NA 4CGDA 1XNIA 2CKKA 2PYLA 4CERA 2HVHA 4CJPA 4BE2A 1KSPA 4QQ6A 3AVBA 1SL2A 3RTVA 4CK3A 2HHXA 3T3FA 1OYXA 3CQ8A 2FBYA 1UA0A 2FC0A 4FYDA 4UC4A 1BCMA 3OJSA 4QW2A 2M1HA 1BISA 1DTTA 4IFYA 3OYHA 2ZQBA 4CJSA 2D0AA 3I0RA 4M42A 4PL6A 5T7BA 2Z1HA 3HJFA 3MP6A 2JLEA 4W5QA 4CF9A 3LP3A 4HHTA 2R5MA 3SV4A 1QSLA 4BE1A 2RKIA 3TWHA 1IKVA 1YVUA 3L2QA 4C8NA 4I2PA 4DWIA 3B6PA 1N5YA 5D3GA 4Z4EA 1HNIA 4OVLA 2M16A 3ZEHA 1UA1A 2BGGA 3NGYA 1B9DA 3VQQA 2RO0A 3AVMA 3TARA 1TL3A 3DLEA 1TGOA 1CLQA 4DQPA 4FXDA 2DTUA 1HQUA 1LAWA 3MP8A 1LAVA 3MECA 2BE2A 4B9UA 4KI4A 3OYBA 4B9VA 3PX0A 1J9AA 3RMBA 3E01A 3TAEA 3VQ4A 4CFBA 4BD3A 3HP9A 4PUOA 4FLWA 1GOBA 1ZBIA 3SQ2A 4CCHA 4CJKA 1NJZA 2R5AA 3KD1E 3DM2A 3FC3A 4HCCA 1TV6A 5CY4A 4FCYA 1L3UA 4DTXA 3SQ4A 4E3SA 4AHRA 3PX4A 4E7LA 1XHXA 4FM1A 1TKTA 1ASWA 1VSMA 4ID1A 3DRSA 4F4KA 3DLHA 4AHCA 1KVAA 3Q1JA 2GV9A 4II1A 3NDKA 2HHUA 2VYTA 3KK2A 3EYZA 1R0AA 4CIFA 3V9UA 4M3YA 4FK0A 2EHGA 4DS4A 1X9MA 3B6OA 4E1NA 2WOMA 4H4OA 4IDKA 1Q9YA 3P8HA 4Z0UA 1ASUA 3LX7A 2XDPA 1JLBA 4PA1A 4OPJA 3QKJA 3CFOA 1UOCA 2A1SA 3DLRA 3SD4A 4A4EA 3ZSXA 2DFEA 4FJJA 1KTQA 2X4WA 4QAGA 2FBXA 2OA8A 1RCHA 3BGRA 5J2MA 2OPPA 3HPHA 1FK9A 3NTKA 4H8KA 4KAZA 2HHVA 1A5XA 1S9EA 3KUFA 3LPTA 1BI4A 5C24A 3G10A 4DU3A 4ZTJA 3AVCA 1RBRA 3K2PA 3VQAA 4QCLA 3VQ8A 2RJEA 3M8PA 4GW6A 1WSFA 1TL1A 5SWMA 1U45A 4CGHA 2EQMA 3ISNC 2RHYA 3ZSVA 3OVNA 1HRHA 2FHDA 3CYMA 4CHYA 2RPIA 1B9FA 3MXJA 4CEBA 3SQ0A 1RI0A 1Q9XA 2PYJA 2G8KA 2G8HA 4KTZA 2O4XB 5JS2A 3QESA 3O4QA 4Z02A 4Z4GA 4KHQA 3PUFA 4CHOA 2HNYA 4N4GA 4GMJB 1VSKA 4CJ5A 4FLZA 5C6SA 1JLEA 4IURA 3HM9A 3SI6A 4AH9A 3OS0A 3SUPA 4OJRA 2QQRA 1S6PA 1NJXA 4J2DA 1CXQA 2RJFA 3O4NA 5J2QA 1F21A 4KFBA 4M3WA 3SUOA 1X9WA 4QOZB 2GUIA 4OVAA 4KB0A 3KLGA 1RT6A 3UIQA 5KRTA 4KTQA 1RT3A 3E9FA 4EP4A 3LWLA 2XY7A 2F8SA 4RG8A 1XWLA 3PV8A 1TK5A 3DB3A 1Q8IA 4RW4A 2E6LA 3CM6A 1NK6A 4FZXC 4Q5WA 2ATQA 3PFSA 2RHXA 2EQKA 4KHWA 4AHVA 1J5OA 3LGFA 3TAGA 3ULDA 4OGEA 4M3UA 3KKSA 1U4BA 4B08A 4IG3A 2L3RA 3DLGA 3LP1A 3NH0A 1A5WA 3PX6A 2QXFA 3FDRA 1XHZA 2RHUA 3VA0A 4CEZA 3C6UA 3KTQA 3LWMA 1W0HA 2D0CA 2E4LA 3OYIA 2NUBA 3RMCA 2HHWA 2EX3A 3P8DA 5D6WA 2HNZA 3K5MA 3OYFA 3QEXA 1HPZA 3L3UA 1U49A 2OYQA 4CRIA 4I2QA 3JSMA 5KE3A 3ZSWA 2HNDA 3MEEA 2X4YA 2Y1JA 2GFUA 4I7FA 1DTQA 3HYFA 2Z1IA 4L8RB 5HLFA 5KE2A 2G8UA 4DTUA 1WAFA 1JLFA 3C4SA 3DLKA 2RHZA 4KTWA 1W9HA 3S6WA 4ZHRA 3F9KA 3VQCA 1ZBHA 4DFMA 3ZT4A 4DFKA 1FKOA 1WGSA 3U3GA 4L59A 1T03A 3EAEA 5FRMA 1VSFA 1JLCA 3ZT1A 3RRHA 2VG6A 3AVKA 2IAJA 4X34A 2O4IA 1ITGA 2IC3A 5KH6A 4FW1A 2BUDA 1BCOA 4IUPA 4B9LA 4EZ9A 4G1QA 3SQ1A 5JS1A 3MEAA 4HCZA 3DRPA 3IRXA 1OZ3A 4C5EA 2HHQA 2B8AA 3NNQA 1B92A 2YHAA 3LGLA 1I3AA 2HQEA 2L8DA 4OLAA 4ZTFA 3AA5X 4FJLA 2EKOA 3SPYA 3TAQA 1OZ2A 2DFFA 1KFDA 3AA2A 1RTDA 3KLFA 3UT1A 5FRNA 5C25A 1YTAA 3V9SA 3M8RA 3QERA 3V6DA 1YT3A 3NF8A 3F70A 3GOXA 5SZTA 4A4HA 4FM0A 4C5GA 4KRFA 4CF8A 2P1JA 3NF9A 1JLGA 1NK4A 4FJ8A 4CK1A 2G8VA 1VSLA 5KRSA 3O8VA 3LH0A 1S9GA 4Y1CA 4ID5A 1G5VA 1RTJA 3HO1A 1WSIA 2YNHA 4BE0A 4M45A 4DF8A 3O3HA 4M41A 3K57A 4FJXA 2OPRA 3KLIA 3L2RA 1C1AA 1WLJA 1ASVA 1VSDA 3DOLA 5HRSA 2KQ2A 1NJYA 3MO8A 1LWCA 4Y1DA 1BHLA 5I3UA 3KKRA 3NCIA 4KHUA 2G8WA 2VWKA 5FDLA 4FZYA 4FJ5A 1LWFA 3QIPA 4FJHA 4E1MA 1N27A 2KW4A 3FFIA 4CHPA 1SL1A 2O4XA 5I42A 3VQ7A 4DF4A 1WSGA 1O1WA 1EP4A 3P5JA 4KHYA 2GF7A 2HHSA 4O4GA 4PQUA 1A5VA 4FLTA 3C94A 1CXUA 4CFAA 2M0OA 1RTIA 3ALYA 4DU1A 3QEPA 1NKEA 4CGGA 4W5RA 2B4JA 1L3TA 1NKCA 1QE1A 1RDDA 4C8KA 3V9WA 4FLXA 3ZSZA 2X4XA 2P0KA 4CFCA 4LD6A 1U04A 4FJ9A 2JZ2A 4Z4HA 1SSFA 3L2WA 4K8XA 1YTUA 4A4FA 4JS5A 4F2SA 2YKMA 4NZGA 4IUQA 1WSEA 2EFIA 4LSLA 4E7HA 1FKPA 2OZMA 2OPQA 4B9XA 1HQEA 4B3OA 5KCHA 3CFRA 4RW6A 5D6XA 1VRUA 3SUQA 2YNFA 3KK3A 3TANA 3MEDA 3TAPA 4DTMA 4FZZA 4DTJA 3LZIA 1RT4A 3V1OA 1IKWA 1TVRA 2DIQA 2OPSA 3LANA 3OQ5A 4DLGA 3VQPA 3LYIA 3AO1A 1GOAA 2P5GA 5M9OA 5C0MA 2Z1GA 3AVNA 4DSJA 3SYZA 2D5RA 2E6NA 2DAQA 2G3RA 4AHUA 4LH4A 3QBYA 3VQ9A 4J2AA 3E9GA 5DK5A 2ETJA 4ICLA 5IAYA 1QQCA 2VWJA 1HYZA 4CF1A 1IG9A 1S1TA 2A1RA 1REVA 4EP5A 1IKXA 1JLQA 3NTIA 3T1AA 4CEOA 3LPUA 3OJUA 4XIUA 3AVAA 1QSSA 2X6NA 4QVZA 4O0IA 4YNQA 1L3SA 3NGZA 3RWUA 1C0TA 5HRNA 4JRQA 1IH7A 3WNHA 1JL1A 4Z4IA 4DTSA 3I8DA 3RMDA 4QQDA 1BQNA 3HPGA 1NOYA 1C0UA 1SV5A 1D5AA 3P83D 3LAKA 1N6QA 1C1CA 5HP1A 1SKSA 3O3GA 1T8EA 5E41A 1IKYA 4CHNA 2HW3A 2MWPA 2QK9A 3NF7A 2F5KA 3LP0A 3TAMA 4CF0A 4CHQA 2MWOA 4N76A 2RJCA 4FW2A 2XHBA 3DI6A 3NTHA 1HNVA 4W5NA 2KZZA 3H08A 2XY5A 5J39A 2FBVA 4N5SA 1JXEA 1RT5A 1T05A 5HRPA 3VN5A 2LDMA 2D9TA 2FBTA 3OYDA 5CZ1A 2IG0A 3NH1A 2R58A 3PMTA 2QQSA 4I9QA 3ME9A 4M3RA 4JS4A 1D8YA 3QNOA 1JL2A 2NLUA 4DG1A 4CEQA 2JTFA 1LW0A 4MQ3A 4HUEA 4DTOA 2F96A 4KKOA 3ZT2A 1X9SA 1MHNA 1RBVA 1VSHA 1KCFA 3DOKA 1K6YA 4F3TA 3AVHA 2RI2A 2GFAA 2RN2A 1TK0A 4PLIA 3PMIA 4PWDA 2YHBA 3KLEA 2QKBA 4IUTA 4HVJA 1WJRA 3V4IA 1QS4A 3AV9A 4FJKA 4ELUA 3L8BA 3QIOA 3LZJA 3MEUA 4LSNA 3CEYA 3BDLA 3S9HA 1IO2A 2ZD1A 3HVRA 4E19A 4FU6A 2RI3A 4IBNA 3K5NA 2AJQA 3S3MA 3NAEA 5KGXA 3OYCA 3SNNA 1KHCA 1SKWA 4DTRA 4IUUA 3NBPA 4CEDA 3ZSOA 1BIUA 4OPKA 3CM5A 4F3OA 2PQWA 4O5BA 2IGIA 2R57A 4BDZA 1Y97A 4B9WA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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