3L2R | Genus

Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	100
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3948158817869216__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3948158817869216__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3L2R/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3948158817869216__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3948158817869216","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3L2R/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3948158817869216__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d17f715979fbec69b625755/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d17f715979fbec69b625755/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d17f715979fbec69b625755/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d17f715979fbec69b625755/pdb.gz): 709 ms

reading 365 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

365 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:364});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Recombination/dna
source organism	Human spumaretrovirus
publication title	Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer pubmed doi rcsb
molecule keywords	Integrase
total genus	100
structure length	365
sequence length	365
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2009-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain
A	PF17921	Integrase_H2C2	Integrase zinc binding domain
A	PF18103	SH3_11	Retroviral integrase C-terminal SH3 domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.2300	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Arc Repressor Mutant, subunit A	3l2rA04
1.10.340.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Endonuclease III; domain 1	Endonuclease III; domain 1	3l2rA01
2.30.30.140	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	3l2rA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3l2rA03

4KHSA 2HHWA 2DFFA 4E89A 5JS2A 5JS1A 4OKJA 1L3VA 3NF8A 2G8IA 4FLUA 3C6UA 4PLLA 1NOZA 3L42A 4CJPA 1LW2A 4BE1A 1RBSA 4E3SA 2D9TA 5IN1A 1UAXA 3P1GA 3QIPA 4Q5VA 2P0KA 3ZSZA 3DOLA 4CF2A 4BDYA 1G15A 4FZYA 5HP1A 3SYZA 4M3XA 4M45A 3CFPA 2F8TA 2HNZA 5KGXA 4DSKA 5KTQA 2XO7A 2GBZA 4BWJA 4CJLA 3QESA 1RDBA 1Z26A 3Q1JA 4DSLA 4QQ6A 2RF2A 2O4XB 1BI4A 4Z4FA 2MWOA 1JLCA 3AVNA 3TAEA 2JZ2A 3DLRA 3MP6A 4DQSA 1XC9A 1RBRA 3S3NA 3M8SA 4N4GA 4I2QA 4DSFA 3KTQA 4IBNA 3GOXA 1BCOA 4KTWA 2A1SA 1ZBLA 4CEAA 4AHSA 4PQUA 3AVAA 1VSDA 3OYLA 3OQ5A 3DLHA 3MXJA 5HLFA 3HYFA 1D8YA 5HRRA 2O4IA 1WSHA 3KK1A 1A5VA 2VG6A 4FJMA 2E6LA 5C6SA 2IC3A 1NJZA 3V6DA 2P51A 3C6TA 3LZJA 4FLZA 3TAPA 2RKIA 4ZTJA 3HP9A 4C8OA 3RRHA 1BGXT 4IURA 1RDDA 3DI6A 3PX0A 3V9ZA 4B9WA 4DTXA 4Z4IA 3O3GA 4HCBA 1X9WA 1KVBA 2YNGA 3ZSXA 3HO1A 2ITGA 2RHYA 2RHXA 5C42A 1RCHA 3AV9A 4MFBA 1LWCA 1IKVA 1CLQA 3RMCA 4NCGA 4HVJA 2LVMA 4OGCA 4KB1A 2M16A 4CFAA 3HPHA 1QSYA 4F8RA 3V1QA 3SCXA 3NTHA 3MAQA 4Z4CA 2FC0A 2YHBA 2EX3A 3SQ2A 4DU3A 3AO2A 2DAQA 4K8XA 1S1XA 4C5EA 4KHYA 3VQPA 2EQJA 4DQRA 1UWBA 1RI0A 3META 3QBYA 3OS0A 2EKOA 4AHRA 2YKMA 4C5IA 4FJLA 1LWFA 2G3RA 4ICLA 3KD1E 2ETJA 3LAKA 3M8RA 1U4BA 4CERA 1FKPA 1SL1A 3NDKA 3KKRA 1WAFA 1C0MA 2HHTA 2R7YA 4I9LA 1RTDA 3TARA 3VQ9A 4CK3A 3DLMA 5J2MA 4CEOA 1U49A 2HQEA 3VN5A 1A5WA 1RTHA 3OYAA 3SD4A 3M9QA 1BIUA 3V81A 3ZSYA 1WNSA 3SV4A 4I2PA 1ASWA 4CCHA 2X4YA 3LAMA 2CKKA 1ITGA 1OI1A 2M1HA 4H4OA 1HPZA 3DRRA 2QXFA 2X6SA 3AVIA 3O3HA 4CF1A 5HBMA 4KAZA 5SZTA 2I5JA 3QEPA 3NH1A 3HP6A 2G8VA 1FK9A 2R5AA 3TAMA 2HVIA 3EZ5A 2WONA 1JLBA 1Q8IA 2PY5A 4KV8A 3KLIA 3VQEA 2FHDA 1BISA 3P8HA 3K2PA 4W5OA 3NH2A 2B8AA 3ZT3A 4AILC 4LY7A 3VQAA 4OLAA 1ASUA 1C1CA 3LDSA 1WSIA 2Z1HA 4G1QA 2LRQA 4ELUA 1GOAA 4AHUA 1YVUA 4DFPA 3HPGA 4IUTA 2RI3A 4FK4A 4E7LA 4DSEA 4ZHRA 3QEWA 5CZ1A 4BDPA 3QO9A 4EZ9A 5D3GA 4CEBA 3F9KA 1DLOA 4HHTA 2HMIA 4RW7A 4QW2A 3IS9A 1JL1A 4F4KA 3O8VA 3K5NA 1BHLA 3VQ6A 1N27A 3OJUA 1SL2A 3OA6A 3MEDA 3ZT1A 3WNEA 4ELVA 4FL6A 4FJ8A 4CJKA 3WNFA 1IKYA 4OPKA 4E7IA 4RW4A 3K5OA 1TAQA 4DTRA 4II1A 3CM5A 5J2PA 4M3RA 5KCOA 3AVGA 4DU1A 2Y1IA 1ZBUA 3DLBA 1RBTA 3L3UA 3PX4A 3QNNA 4E7KA 1VSMA 1JL2A 1SKRA 1XNIA 2RI5A 4FCYA 3M8PA 2KW4A 4EDUA 2RJFA 1OZ2A 2BANA 3HK2A 1QE1A 2P5OA 4FU6A 3KJVA 3QINA 3OYKA 2X78A 5HRNA 3TAQA 4F2RA 1NJWA 1SUQA 5FDLA 4DQPA 4RW6A 4DTJA 4DTMA 1X1PA 2O4GA 4B9UA 4CJQA 3SNNA 3L2VA 4DTUA 4C8KA 3C94A 4A4EA 4WE1A 4ID5A 3VQQA 3L2WA 4B9SA 1Z25A 1IG9A 1TGOA 1VRUA 1VSLA 5D6XA 4N47A 2R57A 2ZE2A 3ZSVA 4KTZA 3KLHA 3SPYA 3RMDA 3WNHA 4B9VA 3I0SA 4CJSA 2IAJA 2EFIA 4OPJA 3PNWC 2PZSA 1X9SA 2JGUA 3ASMA 2FBXA 4CFDA 4IDKA 3TAGA 1RBUA 1H3ZA 2E4LA 3HPOA 3DB4A 3DLKA 1F21A 4B08A 4KO0A 3QERA 4A4FA 3ZT4A 4QQDA 1RT2A 4CF0A 2L8DA 2KFNA 4B8CA 4EP4A 3FC3A 5KH6A 3H08A 4I9QA 4E0DA 3L8BA 3D0PA 2HNDA 3SV3A 3VA0A 3SZ2A 2XY8A 2G8HA 1WN7A 3IG1A 3RWUA 4DQQA 4IKFA 4A4HA 2XY7A 4M3WA 3PMIA 3RR8A 1OZ3A 2HHVA 3QEVA 4AHCA 2BE2A 4RW8A 2GF7A 1NK6A 3OMGA 3E9GA 3NE6A 3OVNA 3HVRA 4OKKA 1VSFA 4CHYA 4O5BA 1NKCA 5KE3A 1KSPA 4OJRA 1JXEA 4BWMA 4DTSA 2QQRA 4R5PA 4E7JA 5FRMA 4Z0UA 3DB3A 4M3TA 5K14A 5CIUA 2ZQBA 3DLEA 3LX7A 1WSEA 1HYZA 4L59A 4E19A 4NS5A 2IDOA 2B6AA 2OPPA 4QOZB 2OPRA 1UOCA 1EETA 1RT3A 1B9DA 4CJEA 3F73A 4KHWA 3I0RA 3SUPA 4CEFA 3T19A 1WSGA 4CGHA 2DFEA 1BL3A 1LAVA 4B9LA 4EP5A 4N76A 3NF7A 4F2SA 3OYNA 4QAGA 4FK2A 1LV5A 4DLEA 3B6PA 4OGEA 4LD6A 1IKWA 1QTMA 3DRSA 3OYJA 2GFUA 3NHGA 3NFAA 1WJSA 3LGLA 1CZBA 1TKDA 4KFBA 1NK7A 1ZBIA 5E41A 3DM2A 4FJ9A 2DTUA 4J2DA 3NGYA 4Y1CA 4Z4HA 1U04A 4PA1A 1TL3A 5C24A 1EKEA 4Z4EA 3VQBA 3V4IA 2P1JA 3ZT2A 2VWKA 3AA2A 3S6WA 2KFZA 1U45A 1ASVA 2IG0A 2Z1GA 2IS3A 2KZZA 3M8QA 1LW0A 1S1UA 4E1NA 2RHUA 3LH0A 4W5NA 3OY9A 4OVLA 5SWMA 3HJFA 3AA3A 5KCHA 1SKSA 3E9FA 4KKOA 3L2UA 1TK8A 4M42A 4OKEA 4M3UA 1TL1A 4FJ5A 4DS5A 3SPZA 2LSNA 3HVTA 4UQGA 4HUFA 4Q5WA 5HRSA 4FW1A 2RJCA 2OPSA 4O55A 1EXQA 3ZSOA 1S1WA 2AJQA 3LPTA 3S9HA 4HUEA 3QIIA 5J2NA 2MWPA 2HHQA 4IFVA 4N41A 1CXUA 3AO4A 3OYIA 2RO0A 4FZXC 1HQUA 1L3UA 1SKWA 1C0UA 3VQCA 3P8DA 3CQ8A 4KREA 1DTQA 1OYXA 4CIEA 4ID1A 2HHXA 3V9UA 2G8FA 4B9XA 3G0ZA 1T8EA 4LSLA 2ATQA 4B9TA 1KVCA 4IUPA 3BDLA 2L89A 4QCLA 4CHZA 2D0CA 4F3OA 3THVA 1XWLA 3NH0A 1TVRA 3ZSWA 4IG0A 3QETA 4CHPA 4FYDA 3C4SA 1QS4A 4UC4A 3UIQA 1J54A 2B4JA 4M3ZA 3LLRA 1NK4A 3O3FA 4W5RA 4BE2A 2EQKA 1NK9A 4NCAA 2PYLA 4FZZA 1W9HA 4JRPA 5J2QA 3OYBA 4CJFA 4J2AA 4KI6A 1WSFA 3KKSA 3LWMA 2XHBA 2YV0X 1XHZA 3RMBA 1WJQA 1CZ9A 1A5XA 4CGGA 5KRTA 1S6PA 3T3FA 5CZ2A 1RILA 3AO3A 3QEXA 4FJXA 4FLVA 3HL8A 4PL6A 1S6QA 2XRIA 2O4XA 3SJJA 1VSJA 4NYNA 2R58A 2DIGA 2EHGA 3I8DA 1KFSA 2QK9A 3OYCA 3NAEA 4LH5A 4CE9A 3LYIA 3V1OA 4QQGA 2KZMA 3SUOA 1BI4B 4CF8A 3NCIA 1J5OA 3QNOA 3QJ6A 4BDZA 3KK2A 4DTNA 3LP1A 3DMJA 3AVKA 3LALA 3MXMA 2D0AA 1BQNA 1XI1A 2BIVA 1KVAA 3KK3A 4FLXA 4JLHA 3TR8A 3RR7A 3BDPA 4CGIA 4CGJA 1JKHA 3LANA 5FROA 1S9EA 4CGDA 4X34A 4DFJA 3ASKA 2VG7A 1HQEA 4CFCA 1K6YA 2L3RA 1RNHA 4CK2A 3KLGA 4KTQA 1QSLA 2EQUA 2HVHA 4J2BA 1NKBA 4B9MA 4DMNA 5KGWA 4FLTA 1I39A 4N5SA 3LWLA 3RMAA 4DTPA 4CJTA 4FJ7A 2RJDA 4DS4A 3L3VA 3L2RA 3C95A 3ZT0A 4FM0A 2K3YA 1YTUA 4FK0A 4B9NA 4LH4A 3IAYA 3O4NA 2YRVA 1NJYA 3K58A 2G8UA 2DIQA 4CJRA 3VQDA 3QKJA 3UWNA 3PUFA 1NK0A 3MEWA 4DFKA 3AVLA 4JRQA 1BCMA 2DFHA 2FBVA 4JS5A 4FVMA 1DTTA 2RHIA 2WACA 3MEGA 1RT4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3L2RA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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