The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
DKATIPSESPFAAAEVADGAIVVDIAKMKYETPELHVKVGDTVTWINREAMPHNVHFVAGVLGEAALKGPMMKKEQAYSLTFTEAGTYDYHCTPHPFMRGKVVVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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source organism |
Paracoccus denitrificans
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molecule keywords |
Methylamine dehydrogenase, heavy chain
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total genus |
23
|
structure length |
105
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sequence length |
105
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chains with identical sequence |
G, K, O
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2002-08-14 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
C | PF00127 | Copper-bind | Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Cupredoxins - blue copper proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2TSA A; 2AAN A; 1SHX A; 1PMY A; 1ZV2 A; 1JVO A; 1AAC A; 3RYM A; 1GS7 A; 1KV7 A; 4KNT A; 1AZC A; 1XB3 A; 1JER A; 1E67 A; 3QJU B; 4DPC X; 4GYB A; 5I5M A; 1E30 A; 1SFH A; 4KOB A; 2BWD A; 5B1J C; 2HXA A; 2IH8 A; 2DWS A; 3V9E A; 1PLC A; 3CVB A; 2J56 A; 4HIP A; 3UAB A; 1B3I A; 4E9X A; 1RKR A; 3IEA A; 1ZIB A; 3UAC A; 3FPY A; 2QPD B; 2EIL B; 4G7Q B; 1KYA A; 3X1N A; 1DZ0 A; 1UAT A; 4F7K A; 4DP7 X; 1WS8 A; 2FJS A; 2XVB A; 1JOI A; 4BWU A; 4JHU A; 4E9Q A; 1N68 A; 2XLL A; 2GIM A; 1VLX A; 2YAH A; 4NER A; 1AAN A; 1AS6 A; 1ASO A; 3AG4 B; 3FSA A; 1M56 B; 1L9Q A; 4BK5 C; 1JZI A; 2AZU A; 1ZIA A; 5B1K A; 4YSD A; 3QJQ B; 3PLY A; 1JXF A; 2BWI A; 1N70 A; 4Q8B A; 3QJR B; 1NIE A; 3TAS A; 2DWT A; 3H56 A; 1BYO A; 2ZON A; 3NSC A; 4KNU A; 1PCS A; 2PP8 A; 2WSD A; 1OE1 A; 1F56 A; 5I6N A; 1AS8 A; 2BP8 B; 3CDZ A; 2XYB A; 1CUO A; 1CUR A; 1NIA A; 4BWT A; 4ENZ A; 5I5I A; 2PPD A; 2DY2 A; 5EHF A; 1KBW A; 1QHQ A; 2GI0 A; 3IBO A; 2DV6 A; 2IDS A; 4DP5 X; 1TEF A; 5D4I A; 3ABL B; 2EIK B; 3U25 A; 2EIM B; 1JZE A; 1SDD A; 4G72 B; 4CSZ A; 2N0M A; 3HEI B; 3DTU B; 4GY4 A; 1HAU A; 1R1C A; 5PAZ A; 4YVN A; 2VW6 A; 2HRH A; 3FPX A; 2J57 A; 4KO5 A; 1J5D A; 4BDV B; 1A8Z A; 3TA4 D; 4YL4 A; 4HCG A; 2VN3 A; 2QT6 A; 1PZB A; 2R7E B; 1V55 B; 2FT8 A; 2JFC A; 1AZR A; 3NT0 A; 2WO2 B; 2FQF A; 5I6K A; 2OJ1 A; 2DYR B; 1ET8 A; 2YAF A; 2PPF A; 1X9U A; 3OMA B; 3ZBM A; 4BXV A; 4DP8 X; 3ZIY A; 1JZJ A; 1ID2 A; 1YLB B; 2X88 A; 3BQV A; 4GXF A; 2I7S A; 1HAW A; 3PAZ A; 4YSP A; 2W88 A; 4WTQ A; 5D4H A; 1QNI A; 2H47 C; 4A2G A; 3FU9 A; 2FWL B; 1OE2 A; 1GR7 A; 4A2H A; 1SHW A; 2XUW A; 3UAA A; 1BXV A; 1WA0 X; 2PCY A; 2CAL A; 4YSO A; 1I53 A; 2HX8 A; 2IDT A; 2A3T A; 3DKH A; 5IY5 B; 3DIV A; 3X2Q B; 2CUA A; 2ZWN A; 1JVL A; 1AZU A; 2IWK A; 2YAP A; 3NJF A; 1IKO P; 2MRY A; 1ASQ A; 3IN0 A; 4AZU A; 1A3Z A; 3FYI B; 1J5C A; 1NPJ A; 5I26 A; 3TU6 A; 3NP3 A; 2BZC A; 2FT7 A; 3ASN B; 4GP4 B; 2YAO A; 1ETJ A; 4N8U A; 2GSM B; 1GSK A; 3S8G B; 3ABM B; 2VM4 A; 1OCZ B; 2B3I A; 2Q9O A; 2YAR A; 4HAK A; 3UGE A; 8PAZ A; 4HZ1 A; 2GHZ A; 1NIB A; 1SJM A; 5ANH A; 1ET7 A; 2AZA A; 1XME B; 5PCY A; 4A2D A; 1PLB A; 4F2E A; 4N4Y B; 4WKX A; 4KO6 A; 4EF3 A; 3EH5 B; 3H4F A; 1WAE A; 2BP0 B; 1E5Z A; 3FSV A; 3NYK A; 4FAA B; 1NIC A; 1EHK B; 1PZC A; 4W1T A; 1KDJ A; 1BQR A; 1OCR B; 3UAE A; 3KW8 A; 1AG0 A; 3T6V A; 4A67 A; 4QLW A; 2Y69 B; 3QPK A; 2UX7 A; 3QJT B; 1L9S A; 1FA4 A; 3BVD B; 1OOW A; 2VSM B; 4A2E A; 1MZY A; 2W8C A; 3JT2 A; 4QKT A; 2YAM A; 2AVF A; 3T6W A; 3N2J A; 1WA1 X; 2YXV A; 1BYP A; 1GYC A; 2DYS B; 2FQD A; 1GW0 A; 1OCC B; 2RAC A; 7PCY A; 2AFN A; 3FT0 A; 1TU2 A; 1M9W A; 1RZP A; 3X1E A; 3SBQ A; 2PPA A; 4YSA A; 3N55 A; 5I6M A; 3PAU A; 9PCY A; 1T5K A; 2IH9 A; 2Q5B A; 4A68 A; 5FC9 A; 4E9V A; 3GXU B; 3QQX A; 1L9T A; 1QLE B; 2BP8 A; 3OQR A; 6PAZ A; 5AZU A; 3FSZ A; 1JXD A; 4BWW A; 1ZDS A; 3L45 A; 1A4A A; 4DPB X; 1W6L A; 3ASO B; 1J9S A; 2UXT A; 5B7E A; 2OV0 A; 1IBY A; 3CVC A; 1CYW A; 2XXG A; 3SBP A; 3S8F B; 2VW7 A; 2IDF A; 4X4K A; 5I6L A; 4HHW A; 4YSC A; 1CYX A; 2BW4 A; 1AOZ A; 5I28 A; 4AKQ A; 3X1B A; 4BDV A; 5AFA A; 2VMJ A; 2R7E A; 1L9O A; 2H5U A; 4DP1 X; 3CZU B; 2GC7 C; 3C75 A; 2CJ3 A; 3FQ1 A; 5B3S B; 3MBW B; 3KW7 A; 5B1J A; 5F7B A; 4G7S B; 1J9Q A; 4KO7 A; 2FTA A; 2QPE B; 3NJK A; 4HHG A; 2B08 A; 3OMN B; 4DP2 X; 2EIN B; 2UXF A; 1W8E A; 1SF3 A; 4K9J A; 3GDC A; 2PCF A; 3G5W A; 1KCW A; 1ILS A; 3OMI B; 1SF5 A; 2IWF A; 1WS7 A; 3WIA A; 3PAV A; 3UAD A; 1PNC A; 3ABG A; 1W6W A; 4ZK8 A; 4DPA X; 4A66 A; 1L9R A; 2JKW A; 1NWP A; 3NSD A; 4HCF A; 1NZR A; 4JKN A; 1MZZ A; 1M57 B; 3SQR A; 3T6X A; 4P5R A; 4FA7 B; 4G71 B; 1AZN A; 4YSU A; 3FU7 B; 1AQ8 A; 2HX9 A; 4HAL A; 1BXA A; 1A4B A; 1NTD A; 5I5J A; 4DP6 X; 1AZB A; 1OCO B; 4YSQ A; 2J5W A; 3EHB B; 2UX6 A; 2FNW A; 3EH3 B; 4JHV A; 3QJV B; 1AS7 A; 2I85 A; 2BW5 A; 2XWZ A; 2FQE A; 3GYR A; 1PY0 A; 2XV0 A; 1NWO A; 1SFD A; 1AAJ A; 2IDU A; 4G7R B; 5I6O A; 2VSK B; 3AG3 B; 4E9R A; 3PCY A; 2BP0 A; 5B1B B; 4YSR A; 1JZF A; 4AX3 A; 1ASP A; 1ILU A; 1A65 A; 1J9R A; 1PND A; 5TK2 A; 4A2F A; 1KBV A; 3S3D B; 3WI9 A; 2EIJ B; 2I7O A; 2H3X C; 3IE9 A; 3PXL A; 3MX0 B; 4L0P B; 4Q89 A; 3FQ2 A; 1GY2 A; 2PP9 A; 1BXU A; 6PCY A; 3NSF A; 2BHF A; 4F2F A; 1ET5 A; 4HCI A; 1MG2 C; 3AG2 B; 5I6P A; 2BZ7 A; 1V10 A; 2CAK A; 1E65 A; 2XXF A; 1ZPU A; 4YVU A; 3SBR A; 3NJH A; 1NDT A; 2HLE B; 2PPC A; 4AI7 A; 3TBC A; 1BAW A; 3NJN A; 3ZDW A; 4UAH A; 1BEX A; 2YAE A; 3EH4 B; 3TBB A; 1GS8 A; 1A4C A; 2QDW A; 2X87 A; 2PLT A; 3IN2 A; 4PAZ A; 3WG7 B; 3PPS A; 4NB7 A; 1OV8 A; 1V54 B; 3NJM A; 3ABK B; 1SNR A; 1GY1 A; 2YXW A; 4M4R B; 1PZA A; 4KOC A; 2CBP A; 1AIZ A; 3V9C A; 1KCB A; 4DP0 X; 1E5Y A; 1X9R A; 4BXS V; 1NPN A; 2XX0 A; 1GS6 X; 4AKP A; 4YSS A; 2XU9 A; 2XX1 A; 4YST A; 3FU8 A; 1KDI A; 1MG3 C; 2ZXW B; 3OD3 A; 2FQG A; 1IBZ A; 3HB3 B; 1OF0 A; 3D12 B; 4NAJ A; 3JTB A; 3X1G A; 2NRD A; 1MDA A; 3FYE B; 3NSY A; 1HFU A; 3FSW A; 3T6Z A; 2YQB A; 1BQK A; 1NIN A; 4W9Z A; 5LDU A; 3CDZ B; 4DP4 X; 2CCW A; 2HZH A; 3CVD A; 3FQY A; 2HX7 A; 3WNI A; 3ERX A; 5A7E A; 1AG6 A; 5AKR A; 3X1F A; 4GP8 B; 3AZU A; 4TXV B; 3T71 A; 3NJL A; 4KNS A; 2MTA A; 5B1A B; 2HRG A; 1SDD B; 4M3H A; 2VW4 A; 1IC0 A; 2JXM A; 4E9S A; 2IDQ A; 3T9W A; 2IWE A; 3CG8 A; 3OM3 B; 2J55 A; 2WO3 B; 4E9W A; 4E9T A; 3EF4 A; 5TK4 A; 1RCY A; 5D4J A; 2TSB A; 2P80 A; 3H4H A; 3AG1 B; 1IUZ A; 2UXV A; 4PCY A; 1ADW A; 1BQ5 A; 4YSE A; 1OE3 A; 3AW5 A; 4DP9 X; 1L9P A; 2OCC B; 3NJJ A; 3WKP A; 1J9T A; 3NJG A; 4G70 B; 1KGY E; 1TKW A; 5F7A A; 1JZG A; 2P80 D; 1EZL A; 2YAQ A; 1RZQ A; 2ZOO A; 1PLA A; 1WA2 X; 2E86 A; 1XB8 A; 4GP5 B; 3S3C B; 1JXG A; 3AY2 A; 2GB2 A; 1JZH A; 4P5S A; 1PAZ A; 2PP7 A; 1FWX A; 4KO9 A; 4UAN A; 3S3B B; 7PAZ A; 2UXG A; 1PF3 A; 5E9N A; 1FFT B; 2QDV A; 4MFH A; 3FU7 A; 1TEG A; 2GBA A; 2PPE A; 1URI A; 2IAA C; 3WNJ A; 5B7F A; 3NP4 A; 4E9Y A; 1NIF A; 1ZDQ A; 3NJI A; 2BO0 A; 2XV2 A; 3QJS B; 1CC3 A; 4CSP A; 1AR1 B; 1XB6 A; 2Y1A A; 3ZX1 A; 3WKQ A; 4RH4 A; 2FT6 A; 1NID A; 3FS9 A; 2GC4 C; 1DYZ A; 4UF7 C; 5B7M A; 2XV3 A; 2LLN A; 4AKO A; 2VM3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E8U H; 1IGT B; 1YUK B; 5DUR B; 3N41 B; 1HSB B; 2DQI L; 3K4D A; 5T1K B; 3MSP A; 5GGR A; 3JWN E; 4QRF A; 4EQ2 A; 2P7T A; 5I5M A; 4TLS A; 4M8R A; 4YHM L; 3CVH H; 2VE6 B; 1O9W A; 3FRP A; 1RLW A; 3RJQ B; 3SE3 A; 4MJ6 A; 3CH8 A; 3FO0 H; 3E8U L; 3KLD A; 3PV6 B; 1P5V A; 3IFL H; 3VFS A; 3LAF A; 4QRS A; 3CHR A; 2PYE A; 2H1P H; 4JZO A; 3UYR L; 3V4P H; 1EDQ A; 4PJI B; 2FX8 L; 5I1G L; 1BGX L; 3FPY A; 2YD8 A; 5C2U B; 5KAN I; 3QQ4 A; 3CVH L; 4G7Q B; 4QWW D; 4C4B A; 3L3D A; 5A2I H; 5HD8 D; 1JYW A; 5MEP B; 2XN0 A; 3A5V A; 3RTL A; 2F6A A; 3FO0 L; 1RZG B; 5IV2 B; 1HNF A; 2QL1 A; 3FTY A; 3IFL L; 3LQA L; 2WBJ D; 2CRZ A; 3TEZ A; 2H1P L; 4PRA A; 4K3D H; 4M4R A; 1WIC A; 2IOI A; 2YAH A; 4BBW A; 5EU3 B; 3QOR C; 1AS6 A; 4NNP H; 5KS9 E; 1JZI A; 1RJY B; 1XGY H; 3DUR B; 3RVX D; 2E9I A; 1A6W L; 3QJQ B; 2HA1 A; 5DMY A; 2DQU H; 3KHQ A; 5DLM H; 2EVJ A; 2EUX A; 3V0V A; 1UM4 L; 4K3D L; 1BAF H; 1FBI H; 3UAF A; 4F7C B; 2EDE A; 4KK9 D; 4M7L H; 2PP8 A; 3DO3 A; 3QZN A; 3R1G L; 4I3S L; 3GF8 A; 4NNP L; 4BKL B; 1XHH A; 1XGY L; 4J6I A; 2ZUW A; 3DBX A; 4GEJ A; 4K3J H; 2XYB A; 4LOF A; 2X2U A; 5JA9 A; 3TID B; 1I3G L; 4ENZ A; 4LVO C; 2DQU L; 3OJD B; 5JHD A; 3U30 B; 3B2P A; 4Y16 B; 4NPK A; 3QHF H; 4HA1 A; 4ODU A; 1FBI L; 1OT2 A; 2AGJ L; 3D18 A; 2WZP D; 5H2B B; 2LT9 A; 2QR0 A; 3PHA A; 4TQI A; 4XX1 E; 4IRJ C; 4QEG A; 2NDG A; 1DQM H; 1MCS A; 2XXM B; 3HPJ B; 5CLW A; 4K3J L; 5F3B B; 4P4K B; 5E94 A; 3QEQ B; 3WY2 A; 4CGU B; 1QBM L; 4P06 A; 4P2Q A; 3QHF L; 3TA4 D; 4F37 K; 1LHZ A; 2PWF A; 5C0E B; 1V55 B; 3G6J F; 1A02 N; 4OCL C; 3MME B; 1MIE L; 1DQM L; 1JPE A; 3CJJ A; 2XN9 A; 4HPO H; 4EI5 B; 1LP9 E; 3JTT A; 4WSG A; 4FKE A; 2Z3F A; 2W0P A; 1ACZ A; 4YFE A; 5DMK A; 1HT6 A; 2Q3Z A; 2H26 A; 3GSX B; 4A2G A; 4CKQ A; 4KK5 C; 1WBZ B; 4QYO A; 5LG6 A; 1BX2 A; 4XVT H; 4JR9 H; 1TTC A; 1R6V A; 2BVT A; 1BLN B; 3O6F B; 2ODH A; 1XSK A; 4HPO L; 3KGU A; 1GTN A; 3VSQ A; 2WLJ A; 2CUA A; 1AXS B; 3IMV A; 5SWS B; 4OCX L; 1BAG A; 2F8O A; 2K4W A; 5E1H B; 4AZ8 A; 1AZU A; 3WTU A; 2YAP A; 3U9U A; 4ANK A; 3V9F A; 2G9H A; 1TEY A; 2WWO A; 5EZL B; 1B4J H; 3GSN H; 2OCF D; 1QUN B; 4A7V A; 3TU6 A; 1CDH A; 4IEF A; 1XF5 B; 1JZ5 A; 1M2V B; 1JF1 A; 3BCF A; 2ED6 A; 2QHR H; 3SJV B; 4CJ1 A; 4AC4 A; 2GCY B; 2CHN A; 1T6V N; 5ENW B; 2VM4 A; 1SUH A; 1JBJ A; 4RLD A; 1ZJB A; 3R7R A; 4HUL B; 5IJK C; 2BY1 A; 4PJD F; 3OPU A; 4YDN A; 4K3G A; 4EDX B; 1B4J L; 5LNG A; 5ADO H; 2NT1 A; 2O6C A; 3QPQ C; 5EBW A; 4EAE A; 5IOP A; 3K8L A; 3H0T A; 1UFU A; 3ARU A; 3ARP A; 4JL1 A; 4W68 A; 3BDB A; 4N4Y B; 2W81 C; 5I16 B; 3QPX H; 2QHR L; 4HUN B; 1L5G B; 1XIW D; 4ICX A; 2WYI A; 4KO6 A; 3WEN A; 3IKC A; 1UVQ A; 2YMT A; 3TBT A; 3IDG B; 1YJD H; 4I18 A; 4RQQ A; 2NNR A; 3NYK A; 1GPO L; 4UAO B; 3WS6 C; 3U0W L; 4A04 A; 4CC4 A; 4GNK B; 3ROO B; 1UKS A; 2D3N A; 2VDM H; 2Z92 A; 2XWT A; 3BPC A; 2ZPK L; 3LKN B; 5ADP H; 1C16 A; 1AMY A; 2Y69 B; 3T4Y A; 3KPS A; 3QJT B; 1K4C B; 5CKA A; 3X17 A; 2R0W H; 2HFE A; 1OB1 B; 4MJI B; 4YBL C; 4Z7U B; 4A2E A; 5IT2 L; 4DVR H; 1YJD L; 2YAM A; 3T6W A; 5LGY A; 4FNL H; 1XR9 B; 3QIW A; 5KSB E; 2VDR B; 4QI3 A; 2B1O A; 5FM5 O; 1CGS H; 5E6I D; 3U82 B; 1QOK A; 1CFS B; 2X7L B; 1VFM A; 4OTX H; 3RTQ B; 1Z5Y D; 4ZW3 A; 4JFX A; 4GI6 A; 2R0W L; 2W59 A; 3E0G A; 4OUU A; 4DVR L; 1PX3 A; 4JLR A; 4FNL L; 4QXV A; 1QSF B; 4CW1 B; 1D2O A; 1CGS L; 2GEE A; 3ILE A; 3TM6 A; 1IX2 A; 4EPS A; 4L0Y A; 4PJ8 D; 1ACY H; 1Z5L A; 1U8J B; 4OTX L; 4YXH L; 5I75 C; 3OKN A; 2WP3 O; 1DJW A; 3DX8 B; 3CCH A; 1ZDS A; 3T08 A; 5L7X L; 4Z9K B; 1C7S A; 5JO5 B; 1ZT7 A; 3MZT A; 1UQS A; 1JK8 B; 4BFN A; 4DPB X; 1JGE B; 1QMU A; 3HNV L; 4EMZ A; 2CHW A; 4WHY G; 1ACY L; 1ZT4 B; 2XKS A; 4WTZ A; 1OAZ H; 4XE5 B; 5D7I B; 1ZK5 A; 3M6D A; 3P4O B; 2MHA B; 1QRN E; 2OL3 B; 3CFM A; 1G5A A; 4PV9 B; 2N1K A; 3C6L A; 3IDX H; 5DFT A; 4ZS7 H; 1SYV B; 5ICZ A; 1XF2 B; 2EEB A; 3EFD H; 2P5P A; 3MJ8 A; 3RA7 L; 4FD0 A; 4OZG A; 1OAZ L; 1QRN D; 4CBP A; 2R2H B; 5DMJ B; 5EOC J; 1KJ2 B; 2JCC E; 4G7S B; 2ADG A; 1X44 A; 1OAQ H; 3CFE B; 5L2K A; 2DBJ A; 15C8 H; 3IDX L; 4LLA A; 4JM4 L; 1KXT A; 2E74 C; 3EFD L; 2O26 U; 2IPU G; 4M6M H; 3GZQ A; 2G0L A; 3EBI A; 4LP4 A; 4Z77 B; 3MRK A; 3SPC A; 2AAV A; 4NWU H; 5FYK H; 4ZDH A; 1E4K C; 3ARR A; 1RZ8 A; 2GY7 B; 3IXA A; 4HT1 L; 3FBK A; 1OAQ L; 5GZO A; 3LDB C; 3OR6 A; 2Z9T A; 4Z7W A; 3U83 A; 1W16 A; 4QHN A; 3WJJ A; 5FA3 B; 3DV6 B; 3MBE A; 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