The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
99
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structure length |
99
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Chain Sequence |
KMITPRFSITQDEEFIFLKIFISNIRFSAVGLEIIIQENMIIFHLSPYYLRLRFPHELIDDERSTAQYDSKDECINVKVAKLNKNEYFEDLDLPTKLLA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Functional Studies of the CS Domain of the Essential H/ACA Ribonucleoparticle Assembly Protein SHQ1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein SHQ1
|
| molecule tags |
Nuclear protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
14
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| structure length |
99
|
| sequence length |
99
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Immunoglobulin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CG9 X; 4FEI A; 4ELD A; 4JUT A; 3VQL A; 4YDZ A; 1X5M A; 2KMW A; 2Y1Y A; 4M5T A; 2WJ7 A; 3AAC A; 3GUF A; 3IGF A; 2XCM C; 3EUD A; 4JUS A; 4YLC A; 3QOR B; 3L1F A; 2N3J A; 4PCK A; 4RZK A; 3J07 A; 1EJF A; 1RL1 A; 2K8Q A; 1GME A; 2N0K A; 3Q9Q A; 2O30 A; 4YL9 A; 3QOR C; 2Y22 A; 4YLB A; 5DS2 A; 2MNW A; 1WGV A; 1SHS A; 4MJH A; 3GLA A; 2Y1Z A; 2CR0 A; 2RH0 A; 4ZJ9 A; 2WJ5 A; 1WH0 A; 2KLR A; 3N3E A; 3GT6 A; 3Q9P A; 4YE0 A; 5DS1 A; 3W1Z A; 4PBD A; 3AAB A; 2JKI S; 1WFI A; 3L1E A; 4M5S A; 3VQM A; 2BOL A; 5LUM A; 3QOR A; 3QOR D; 4I88 A; 3L1G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TTD C; 1G7I A; 1EO5 A; 1PZS A; 1VFU A; 5ICX A; 1AO7 A; 1F4A A; 1O5P A; 2F1E A; 3WLW C; 1YEG L; 3H7B B; 3TT3 H; 3GI9 L; 3PNR B; 5FKA B; 1SEQ L; 5I26 A; 3O6M L; 2FWL B; 4XBM A; 3MNV A; 1CGX A; 1P6A B; 3JV0 A; 4EEE A; 3BP4 B; 3FJT A; 4XO4 A; 4NKO B; 5I18 L; 1WYJ A; 5ID0 B; 1YPZ F; 1DBJ L; 3L3K A; 4AX3 A; 3JWN H; 1QSV A; 4G7Y H; 5E6I A; 3HNS L; 4PJG E; 2DRU A; 2NW3 A; 1GR7 A; 4ZAK B; 4JJ5 A; 4QRS A; 5IES L; 4UT7 L; 1AE6 H; 4XMV A; 1DJH A; 4RIR B; 4LMQ E; 2PCY A; 1HQR B; 5E9D E; 4OFY D; 1EAN A; 3V0G A; 2GBT A; 4F9P A; 5KOV C; 2FK9 A; 5AB9 A; 3QG6 A; 4N2E A; 4U31 A; 1HYR C; 5L88 L; 4WI2 A; 5DD0 H; 4BIK A; 3MRH B; 3WTY A; 2A6I B; 4DZ8 B; 3CH1 B; 1M9S A; 2NY3 C; 5HGD B; 2UY7 A; 1RZI A; 1TZI A; 3U1S L; 2AJ3 B; 3Q1E A; 3LMJ L; 1AR1 B; 3QUZ D; 4J3O D; 5CAY B; 3WKQ A; 3BWZ A; 1OK0 A; 4XOC A; 1AR1 C; 5TDN B; 5HI4 D; 3IDM B; 4BFO A; 1D7D A; 2H1P L; 4NKM B; 3D4G A; 3SGD I; 4Z77 B; 4P4K A; 2DLF H; 4Y19 A; 3FB6 B; 5E6Y A; 4DKE H; 1OAN A; 3DV6 A; 4ZFG H; 4RFE A; 3MI6 A; 4CDG C; 4I18 C; 4JDE B; 4YDZ A; 3UJI L; 3ZTJ G; 3LAF A; 2EH7 H; 3CN2 A; 4BXV A; 2AJZ B; 3MUG B; 1IAM A; 3UX9 B; 3EH5 B; 1ZLV H; 1QEX A; 3WY2 A; 5GHW L; 1AY1 L; 2AJS H; 3UL4 A; 5DHY A; 1YED B; 3L2L A; 2DBL H; 1O6S A; 1WS8 A; 3GM0 A; 2X7L B; 1LK3 H; 2IMN A; 4GXV H; 3VGB A; 4AMW A; 4P5K A; 4HOZ A; 1ESO A; 3O4L D; 5CZK A; 3DHU A; 3IMU A; 4OGZ A; 4YGA B; 5HHP A; 5LAX A; 1HEH C; 2VDN H; 1JXG A; 3ILQ D; 4XPH L; 2E47 A; 4PUB H; 2BNQ B; 1PD0 A; 3BUY B; 3FAX A; 3GC3 A; 4UM8 A; 3HS9 A; 2IH3 B; 3EAD A; 5EOT A; 1WGO A; 1ZJA A; 1QZN A; 3V0A C; 4BQ8 A; 4HWE L; 1OTS C; 4QRF A; 1LK2 B; 1MAM H; 3BEV A; 1K4C B; 3MGO A; 5LGJ B; 5FA4 B; 4NQX A; 1AXI B; 2LE9 A; 1CGS L; 3ABM B; 2O26 U; 2JKW A; 3VSQ A; 4F33 B; 1NIF A; 3Q43 A; 3OD3 A; 1W2K T; 3V79 C; 5ANM A; 4HSC X; 4XNX H; 3RPB A; 1QG3 A; 1UCT A; 2AEP L; 4BA8 A; 2CO7 B; 3PAB A; 3NJG A; 2CE6 A; 3APD A; 4QHN A; 3QUL A; 4CVZ A; 5L8L B; 4XCC L; 3CU1 A; 4KC3 B; 5EII B; 3N1G C; 5IRE A; 4AVJ A; 3CZS A; 2HT2 C; 3KR3 L; 2W60 B; 5DLM L; 1BVK A; 1QHQ A; 1FZO A; 5GIR A; 3OKL A; 5AAM A; 2Q86 A; 1SXC A; 3LKN A; 4HJJ L; 3P9M A; 1VZI A; 2ZG1 A; 4P23 B; 1OAY L; 5I1G H; 1MCW W; 1TZO A; 3PPS A; 4P23 C; 2MQC A; 2BWI A; 1MIE H; 1E9Q B; 2AMU A; 3NRP A; 1JNN H; 3MHZ A; 2BIQ A; 4E42 A; 4NEN B; 4I77 L; 4LSU L; 2VXQ H; 4GMS L; 3T8V A; 1T0N B; 3MCK A; 2JK5 A; 1PIF A; 3WJM A; 4G6J H; 2EP6 A; 2R2C A; 1SEB B; 4WI3 A; 2CHZ A; 2Q2L A; 1JGD B; 2SEB A; 5T3Z H; 2ZPK H; 2A4E A; 3HE7 C; 2BVP A; 2BCK A; 5KSB F; 3CLE H; 3GGW B; 2KDY A; 4R8W L; 4BRV A; 2VZT A; 4JHW H; 4TYU A; 1FPT H; 2H26 A; 3U25 A; 4HZL A; 5LN8 A; 1G7Q A; 4NZ8 A; 1F4W H; 4XN8 A; 3E8U L; 3LS4 L; 1G43 A; 1B4R A; 1SBS L; 1HL4 A; 1JZI A; 2JJV A; 1ZT4 A; 3VXN A; 4PJF B; 4JO1 L; 5HYI A; 4WK4 B; 3LB6 D; 1NFD B; 1NGQ H; 1WUZ A; 3NJI A; 4E9X A; 5D1X D; 3KH3 A; 2NY7 H; 2FAU A; 4P5T A; 1FDL H; 3ZDY F; 4KH9 A; 5EZI H; 4GRW F; 2G9K A; 4PJH B; 5B1J C; 4J3X A; 2CKB A; 4KK8 C; 2GAZ A; 1OF2 B; 1CXI A; 1B6D A; 2MMX A; 3H8N A; 5EU3 A; 3PNW B; 2I9T B; 5EWI L; 2QAD B; 2ZID A; 3CHO A; 4TVP H; 3CXH K; 2JI1 A; 4FQQ B; 3RDJ A; 3VGA B; 4NDM A; 3QEG L; 2FX9 H; 3RGB A; 4X5X A; 3LIU A; 1EFX D; 1Q0Y L; 4OGQ C; 1TPX B; 4TLK A; 3Q6F A; 5IHW A; 2FH6 A; 3QEQ A; 4FE9 A; 5IJV B; 2VDQ L; 5F88 B; 3U7A A; 2H6P B; 1LO5 A; 4YDJ B; 2AHI A; 4ZFF A; 3D25 A; 5TDP A; 3S5L A; 2JCC E; 4JDT H; 4Y5X B; 3RWC B; 3ISY A; 12E8 L; 4FQ1 L; 3UAE A; 1SFH A; 2VXT L; 3X13 A; 2NY0 B; 3GIV A; 4ZTP H; 4GIA A; 4HC1 H; 2EDH A; 3BE1 L; 1GH7 A; 2NY0 C; 2ZSW B; 1HH9 B; 4YZF F; 4H8Q A; 1C16 A; 1I75 A; 1NLB L; 2NNX A; 4PV8 B; 1QLF B; 4MA7 L; 5GGR A; 3TVM A; 2B1A L; 3HI5 H; 4GIP D; 5GJT H; 4DN4 H; 3G5Y B; 4D2N A; 2Z92 B; 2FWO A; 2P8L B; 4YSS A; 2DQJ L; 4X9I A; 1T1X A; 3VAE A; 1EO8 H; 1HSB A; 1NOA A; 2IAL A; 1TVB A; 4OT1 H; 2Z9T A; 3IMV A; 4JFQ B; 2V5R A; 2Q76 B; 4G8G B; 4ODU A; 1UFG A; 1ORQ B; 5EC1 A; 1A25 A; 4IRS D; 3OR6 A; 5CEX B; 3RZC D; 4KV5 E; 4PCY A; 1YEF H; 4JW3 A; 1S7T B; 1YHP A; 3MRI A; 1X9L A; 3FQR A; 4F9L A; 1K3Z A; 1CLC A; 1DN0 B; 1P7K A; 3TPU A; 3KPM A; 3HC3 L; 4KOC A; 2F7R A; 3AML A; 3LZN A; 5CKG A; 1UJ3 A; 3VXU E; 3KPL A; 1FNG B; 3G6J F; 2VN3 A; 4P5S A; 3N40 P; 2BNU A; 3R4D A; 1IFR A; 4L3E D; 1T2X A; 3ECB B; 3LQZ A; 5I19 L; 4N1C A; 4QT5 A; 3D0V B; 4TSB L; 4YSD A; 1U30 A; 2QQN L; 2YXM A; 5FUZ L; 1YYL L; 3JTT B; 3O2D A; 1IQD A; 1G9N H; 4ETQ A; 4BQ6 A; 1IGF L; 3F12 A; 4N2A A; 3GBM H; 2EH8 H; 4K4K A; 4LLM A; 5C07 D; 1IND L; 2EDL A; 4H44 C; 2JI2 A; 3CFQ A; 3TYF A; 3ARZ A; 2HFE A; 1OIO A; 4YHO L; 4QRB A; 5MHS D; 1PX4 A; 4LLQ B; 1IUZ A; 2FWU A; 3O2W L; 3IPE A; 1JNH B; 3L95 A; 1WV7 T; 1J1O L; 2AEQ H; 3MRP A; 3ZRF C; 1RY7 B; 1FNH A; 5CO1 A; 3N85 H; 4ABU A; 1LMK A; 2RQE A; 5T1M B; 1MDT A; 2NUT A; 1GCF A; 4FMF A; 5D1Q E; 5I73 B; 2J3S A; 4LVE A; 4RMT A; 4WGK A; 5DHX B; 4YHL H; 5DJD B; 3WFZ A; 4G1E B; 4RRP G; 5CCH E; 1M6U A; 2QHR H; 1BOG A; 2J57 A; 3RDT D; 3QO0 A; 3TBV B; 1GAF H; 2Z91 B; 5LNG A; 4GAA A; 1CLZ L; 1YYM L; 2IQA A; 3S34 L; 2R2B A; 1Z9S B; 4JMN A; 5GRJ L; 1RUP H; 1S4I A; 1LO4 L; 3C60 C; 4LQ1 A; 4NJ9 H; 5D1Q A; 1UM4 L; 1AQ8 A; 5AW6 B; 2WUB H; 1KCK A; 4N5U A; 1ODA A; 1T4W A; 3ARU A; 3DO4 A; 1KEN H; 1QUN A; 3FMG H; 1OM9 A; 4GSD L; 4KXB A; 2CUI A; 4JQV A; 2AQQ A; 1UEY A; 4OLU L; 2WJ5 A; 4IIQ C; 1A9V A; 1TJX A; 4FN0 A; 2D0F A; 1ETB 1; 5IQN A; 5FYL L; 1BMW A; 1DQT A; 4XHQ A; 4GLR I; 1NA8 A; 4UIN H; 4XP9 L; 4FXG A; 4OBR A; 2ZX9 A; 4J8Q A; 4AL8 L; 1ACX A; 4TQE L; 5K9Q G; 5D7E A; 4N2N A; 3KPO B; 3QSK B; 4BZ1 H; 3AG1 B; 2OMZ A; 3L17 A; 5ABA A; 3UAD A; 1YNL H; 1ORS A; 4OLY H; 3ETB J; 3NJM A; 4CST A; 3KYM B; 3OZL A; 4P0D A; 5E2W L; 1E4X I; 4N0U B; 1NIB A; 3O8X D; 4PJC E; 4LCC A; 2YS4 A; 4IK6 A; 2FDB P; 4N2O A; 1I1A D; 3E6H A; 3FTG A; 4G9F A; 1A3R H; 4GS7 C; 3ULS B; 1DEE B; 1REI A; 3KVQ A; 1TFH A; 3COO A; 3C6S B; 5DD3 L; 3JV4 A; 4JFV A; 5DFA A; 1J0Y A; 4O02 H; 3NAC L; 5FYL D; 1DQL L; 3BT2 H; 5HDB E; 2DJU A; 4NC0 B; 3T71 A; 3UDW A; 4U7M A; 3E8V A; 5B38 G; 2M2D A; 5A3I D; 4M7Z B; 2PXY B; 3DRO B; 4M7Z C; 4JFT A; 1L9S A; 5HY9 A; 4JPI A; 4IGB B; 1R6V A; 4NO5 B; 3ELQ A; 3FRP B; 3L3H A; 4PWK A; 5SWQ B; 1PZD A; 2Q3Z A; 3KG5 A; 3KM1 A; 1IJN A; 1KLF B; 3WFD L; 1U4F A; 3O6F D; 3GJE A; 5JQH C; 4Y9F A; 4DPA X; 4PAZ A; 4JJO A; 2FSE A; 4DUW A; 5IBT L; 4BKT C; 4G8I A; 4YWG H; 4JY6 A; 2X44 D; 3IU4 L; 3NH7 L; 3EDE A; 4MLS A; 5E4E C; 1UUN A; 5I17 B; 2MTP A; 3ZE1 F; 1TIU A; 5TTR A; 4K5L A; 4PG2 C; 1D9K A; 2BJM H; 3T0X A; 1SRD A; 3CE1 A; 2DEX X; 2VMF A; 3ARE B; 3BKC L; 3D39 E; 4AG4 L; 4MTM A; 2DKS A; 5BRZ E; 1N19 A; 1OQX A; 3ARE C; 2XZC H; 5SX5 H; 4HH9 B; 2XA3 A; 2VW6 A; 1OVZ A; 3EO1 B; 3QO1 B; 2JLP A; 3O3B A; 1IRA Y; 1ZVS A; 5MEP B; 4PJI A; 1DVU A; 1P4B L; 3CPL B; 4NKD A; 3TBW A; 1I7T A; 2R56 H; 4YDI L; 1CD9 B; 4GFT B; 4K3G A; 2Y2W A; 3KXF E; 4WW1 B; 3C5Z B; 3T2L A; 5E08 L; 4PW4 A; 4QWW D; 1BFS A; 2VLR B; 1P5U B; 4AM0 Q; 2WII B; 3D39 A; 3S5Z A; 2APB A; 3GMN B; 3HAE G; 3QUY D; 4BFR A; 5GSV A; 3BDB A; 1M6O B; 5CIP A; 4G8G E; 3UTT B; 3ES6 A; 3CVC A; 5D7S H; 4I89 A; 4O5L H; 2XWB B; 1GHF L; 2Y7M A; 4S1R H; 3OKY A; 4QEG A; 2YGO A; 1EHL H; 2MCP H; 1DQJ B; 3SGK A; 1E4W H; 1CBV H; 1C5D A; 2DQI L; 3KL5 A; 3GMO B; 5I15 H; 4X5W A; 3HB3 C; 4WI0 A; 2A7B A; 5SWS B; 4JGU A; 3VD3 A; 2I27 N; 1AI1 L; 3MUY 1; 1TTR A; 1FFN A; 1R4X A; 4FNT A; 3IBE A; 2P47 B; 4NZR H; 5CIN H; 1KJ3 H; 2APV A; 4X7E C; 1T0M B; 3W2D H; 3MA9 H; 4R84 A; 3ZE2 F; 5GSR A; 5FO9 A; 2XLL A; 3H55 A; 3BUP A; 3EHB B; 4HAF A; 4NRY B; 1QNZ H; 3MRN A; 4ONH B; 3VYO A; 2HFG L; 4DP6 X; 2NXZ D; 4HPO L; 3SBW A; 5HYJ E; 3BWU F; 1JV5 B; 2R0L L; 3O11 B; 1WT5 A; 5GGR Y; 4GG6 B; 3VXR E; 4HFW B; 2W9D L; 5IVZ A; 1NCN A; 2PW2 B; 1FAI H; 1RIH H; 3S96 A; 4OQT A; 4EXK A; 5T5F A; 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1MXD A; 2Z31 A; 4I85 A; 2R1Y A; 5E2T L; 3PHQ A; 3AAD B; 3D18 B; 4N0Y H; 4WTX A; 5LCV H; 3V5H A; 1KTR L; 3VXS B; 1YEK H; 3ZL4 L; 3IJE A; 5C2U B; 3QJR B; 3Q2L A; 1TT6 A; 3SD2 A; 3M6D A; 5I8K L; 5AW2 B; 5L2K A; 2F54 E; 4FGM A; 4LSV H; 1WQV T; 2AK1 L; 4Y4F C; 3DJS A; 4HWN A; 3WNP A; 3VYN A; 4FFZ A; 4HKB A; 2EO1 A; 1MG3 C; 3RWJ B; 5EB9 A; 3ZGI A; 3MLX H; 4JRE B; 2IWK A; 5CUS L; 5T1L B; 4JM2 F; 4OZF H; 4YH6 A; 4NC2 B; 3VO0 A; 1J9S A; 4FQI H; 3N44 F; 4OW6 A; 2KI6 A; 1G7J B; 2VJ0 A; 3RWD A; 4APQ A; 5CSZ A; 3RJO A; 4GAF B; 1B0I A; 1W6W A; 3MX0 B; 5E1A B; 1OP3 K; 1GS8 A; 3H54 A; 5AWN H; 1YAI A; 4GKZ A; 1A6V H; 3KLA B; 2Y6S D; 3QJH B; 1YUH A; 4DF9 A; 4M8U A; 4NQC D; 2ED8 A; 1QO3 B; 4XP1 H; 1JHK H; 4EXP X; 3MUZ 1; 5HHN A; 1ZA6 A; 4HG4 J; 1CGT A; 2EDT A; 2GG1 A; 4LU5 L; 2IH9 A; 4R9H A; 3QIB B; 3HZV A; 5DUR D; 4HK0 B; 1BM7 A; 2J1K A; 2PPC A; 3QIB C; 1U8Q B; 5KVD E; 3HVD A; 4XNM A; 3GHB L; 3INU H; 3EDF A; 1NAM H; 4GO9 A; 4QNP E; 3C6L B; 3TEY A; 2I9L A; 1CFS A; 3OJD A; 2WXR A; 3OX8 B; 1RUR H; 3PFU A; 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