The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
98
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structure length |
98
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Chain Sequence |
MSYVMCTGSFKLEKEVAETQHGTVLVQVKYEGTDAPCKIPFSTQDEKGATQNGRLITANPIVTDKEKPVNIEAEPPFGESYIVVGAGEKALKLSWFKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of DENV1-E106 Fab bound to DENV-1 Envelope protein DIII
rcsb |
molecule tags |
Viral protein, immune system
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source organism |
Dengue virus 1
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molecule keywords |
Heavy chain of E106 antibody (VH and CH1 of IgG2c)
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total genus |
11
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structure length |
98
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sequence length |
98
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-06-11 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
E | PF02832 | Flavi_glycop_C | Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Immunoglobulin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OK8 A; 1PJW A; 1ZTX E; 4FFZ A; 1S6N A; 5AAW C; 5LBS A; 3MUU A; 4AM0 Q; 3UYP B; 5IRE A; 3N40 F; 5KVG E; 1OKE A; 4X42 A; 3VTT A; 3N44 F; 2JSF A; 3IRC A; 4UT9 A; 4UTA A; 4UTB A; 3N42 F; 5KVF E; 3G7T A; 2R69 A; 5LBV A; 2JV6 A; 3N41 F; 3UAJ A; 4ALA C; 3N43 F; 2GG1 A; 4UTC A; 4GSX A; 4FG0 A; 2ALA A; 5KVD E; 1UZG A; 5AAM C; 5GZO A; 3C5X A; 2R29 A; 5LCV A; 2V33 A; 1OAN A; 2I69 A; 2HG0 A; 3P54 A; 1Z66 A; 4UT6 A; 5B1C A; 3C6E A; 4BZ2 A; 3UZE C; 5JHL A; 1URZ A; 5KVE E; 1Z3R A; 1TG8 A; 3UZQ B; 2JQM A; 5H37 A; 4L5F E; 3UZV A; 5JHM A; 3J2P A; 2H0P A; 4GT0 A; 3WE1 A; 1SVB A; 3J27 A; 5IZ7 A; 4BZ1 A; 1RER A; 4AL8 C; 2P5P A; 5GZN A; 4FFY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LNG A; 5AUM A; 2EDJ A; 1VCB C; 2W07 B; 1DEE B; 2XQY K; 3I50 L; 2YWY A; 5GPR A; 1IQD A; 3LNF A; 4HWZ B; 4NCC 1; 4BFN A; 3INU L; 3FQX A; 1VSC A; 1UVQ B; 1UA7 A; 1FYT D; 1UXS B; 3GWJ A; 1RK0 B; 4YHO L; 1A6U L; 5E1A B; 5FDW B; 5LGK A; 1TSR A; 3T0A A; 1Q0E A; 1E6J L; 4QF1 B; 2O5Z L; 1M42 A; 4ISV B; 4XTR D; 2ESV B; 2R4R L; 1UT9 A; 2DBJ A; 3DO3 A; 2ENQ A; 2XZC L; 3RB5 A; 4RSV A; 3WTW A; 2YD5 A; 3CN3 A; 4JG1 H; 4MNQ B; 5H37 G; 4BQ8 A; 3SOB L; 3KVQ A; 4NJ9 H; 3TO2 B; 4M43 L; 1GPO H; 3GBN L; 5IJK A; 1U8C B; 4TVU A; 4YHI B; 5CU5 A; 5E5L A; 4F2F A; 2CKB A; 4KKA D; 4Y2D B; 1I3G L; 5DUB B; 5HHQ A; 4MXQ C; 3HUJ A; 1P53 A; 4IOS A; 4JAN A; 4HUU A; 1U93 B; 3P77 A; 1I8U A; 4IIZ A; 3LKO A; 4MWF A; 3KLQ A; 2XTL A; 4K3E H; 1JWS B; 1NFD F; 3DMM A; 4Z7Q E; 3P9W B; 2VC2 B; 3X1E A; 5IQ7 H; 5DFT A; 4C55 A; 1OCO B; 3OXS B; 5E1G A; 1FG2 A; 1MWA L; 3G08 A; 4WTQ A; 1E5Y A; 3T6V A; 5AEN A; 3ESV F; 4BBW A; 2IAN E; 1IB5 A; 2IIJ A; 4LSR L; 4G7Q B; 4OCX H; 1ZLE A; 4NQD A; 5IP4 A; 5I5M A; 2FBJ H; 2R29 A; 3GIZ H; 1JER A; 5BW7 A; 1OAK L; 2QAD C; 3PAB A; 3S35 X; 4AWJ C; 5IGX H; 2WAN A; 5LVE A; 2CII B; 1U8M A; 4PJH A; 3L3J A; 1U21 A; 2AXW A; 4Y9C A; 2QTE A; 1IJN A; 2J5L C; 5DCC A; 1CTO A; 2LOE A; 4B9C A; 2Y7N A; 5D7K E; 5BPP A; 1RZJ L; 2N1T E; 4KKC D; 3SY0 B; 1TQV A; 1TZI A; 1H8O A; 5FKA B; 5JW4 M; 2N01 B; 1BZQ K; 2GJZ A; 2OMX B; 2ICW J; 2QVT A; 3BZ5 A; 3GSX B; 3MNV A; 1I3U A; 4QJ3 B; 4HUW A; 3IDX H; 4XWG L; 1GJW A; 4LGR B; 1T2X A; 2JB5 L; 4UQ2 A; 1BVN T; 1HWG B; 3SPH A; 5AOZ A; 1IMH C; 2ZXW B; 1RIU H; 2AQN A; 2BRQ A; 3EOT L; 4UQC A; 1JGU L; 4NKD B; 1BQH G; 1E30 A; 5GJS H; 3T8X B; 1EDH A; 2HRL A; 3UTT E; 3L3H B; 3QJT B; 3FO9 B; 2XZZ A; 5JR1 H; 4O51 B; 1H3P H; 3IDU A; 2FJG A; 2GQH A; 3AQD A; 4WV1 A; 3GMP B; 4WFE E; 3V6O A; 2D0F A; 1J05 B; 4NQT A; 3HNT L; 3NA9 L; 4J2X A; 1AAC A; 4O02 A; 1H15 A; 4F7P A; 4GMT H; 4JFE E; 5PCY A; 3H42 H; 5BO1 H; 5AZE L; 1BMW A; 5MEO A; 5IF0 A; 3VX1 A; 1HZH L; 3WLB A; 4P2O B; 5E8O A; 4IMK C; 2QHR L; 2AVG A; 5KTE L; 2G2P A; 2XZQ H; 3SPI A; 4PJ9 A; 4OZH E; 5G4N A; 1ZSD A; 4LAS H; 3CZU B; 3NFP A; 3VFT A; 5IR1 B; 4GUQ A; 2YAF A; 2C3V A; 4JUT A; 1XF5 A; 1JZI A; 2EKS A; 3FUK A; 3F7V A; 3KM2 A; 1NCT A; 2XWB B; 4NLH A; 4OGY L; 4PJ8 B; 1KJ2 A; 5LBG A; 5HYJ B; 2O6P A; 1CE1 L; 4KRP B; 4MSW A; 4ADI A; 1NGX B; 1HIN L; 2IDT A; 3G7T A; 3NAA L; 3RWG A; 2BNU A; 2ADJ B; 3P4O A; 1U8N A; 3V5H B; 3ZMN A; 5L7X L; 1C5C H; 1ZXQ A; 2EDR A; 2EAC A; 5BRZ A; 5DVN A; 1AZU A; 1U30 A; 3TZV C; 2MNU A; 3WXW H; 3I3D A; 3A24 A; 4OQT H; 3QUX D; 2OMU B; 5F7E H; 1NGY B; 3RUG F; 4X6C F; 3O0R H; 1SYV B; 3LZQ A; 4G3Y H; 1QEW A; 1Q90 A; 3PQY B; 5E95 B; 1VAC B; 4WTZ G; 3TEW A; 5F71 A; 4JAM B; 5E08 H; 1YMM D; 3LKR A; 5F7A A; 2KBG A; 5FM5 M; 1J8K A; 2YK1 H; 3ISW A; 2G75 A; 2E9J A; 3JWN C; 3D85 D; 2ZCK H; 3IMU A; 1WA1 X; 4FYR A; 1LQS R; 4FFY H; 4W6Y B; 5E4A A; 2VZT A; 3UYO D; 4TUL H; 3TPU A; 1GR7 A; 4JG1 L; 2ENJ A; 2FZ3 B; 3VXM A; 4QRU B; 1BPV A; 1GPO L; 2GK0 B; 1TZH A; 5DZ9 A; 5BOP A; 3N55 A; 4X9Y A; 1T3F A; 1OWR M; 1UOW A; 1P1Z B; 2I85 A; 3Q8F A; 1CVR A; 5EO0 A; 1FL5 B; 4PJC A; 4PWK A; 1TG8 A; 4UQI M; 3JVG A; 3BC9 A; 1OW0 C; 4K3E L; 4J3T A; 3DJZ A; 4AGQ A; 4PJ7 F; 2VXU H; 1DQT A; 4YLQ T; 1JWU B; 1MAM H; 4PRP B; 4RGN D; 5IQ7 L; 4HHA B; 5BUA A; 1WWC A; 4IJT A; 4P46 C; 3V8C A; 1ZTM A; 1H3T A; 1JG9 A; 4N2O A; 3M1B B; 2WIN B; 3EYO B; 3DXA A; 1RZP A; 3U7A A; 4OCX L; 4GXF A; 1TKW A; 4A2F A; 4B0M B; 4JZJ A; 4IOF C; 3D39 D; 3FO1 B; 2FBJ L; 3GIZ L; 1V54 B; 4NBZ B; 3T2L A; 5IGX L; 2GAZ A; 3QRF M; 4DP6 X; 1ZT7 B; 4U1L A; 1HAW A; 3RVW C; 1ODU A; 4TUJ B; 1XO8 A; 1AR1 C; 3FCT B; 4U1M B; 1NEZ G; 3O9W C; 1QP1 A; 1P5V B; 3QDG E; 2QPF A; 3RPI A; 4L4T B; 2H6P A; 3VXU E; 5JPN C; 5D1Z A; 1OT4 A; 2XLL A; 1ZHN B; 2Y3A A; 3L4Y A; 1L5G B; 1G7Q A; 5GSR B; 2JKT M; 3TF7 C; 2JJS C; 2V4L A; 3VXQ B; 1MLC A; 4F8L A; 3Q9Q A; 2C9Q A; 1GGT A; 3QPQ D; 3IDX L; 4FTV B; 4JN1 H; 4CSS A; 4MHH I; 5HPO A; 2EDT A; 1RIU L; 4AUJ A; 4OGA D; 3GTN A; 3MI6 A; 2DI8 A; 3ZDY F; 1WZL A; 3H2P A; 2OJ1 A; 3V0A C; 5GJS L; 2VLR D; 2XXF A; 5C08 D; 1MCE A; 3DET C; 4HC1 H; 3VW3 H; 1D6V L; 2B14 A; 2XCM C; 5JR1 L; 1H3P L; 5JOE A; 3F65 A; 5F97 E; 4PVL A; 3DKH A; 5JW4 N; 4JDZ A; 1JHT B; 2AXF B; 3ZYI A; 1XGR A; 1D5Z A; 1WPC A; 4NEN B; 4U6V H; 4YDJ B; 1WVZ A; 4X4Z A; 3I74 A; 2VQU A; 1MFD H; 4GMT L; 4JFO A; 2AEQ H; 3H42 L; 5BO1 L; 1OP4 A; 3TS8 A; 3D33 A; 3PE9 A; 4YZW A; 2QZQ A; 3BFW A; 1DR9 A; 3AUV A; 3L9E A; 3DVF A; 2CDE A; 2WXF A; 1KXQ E; 1RY7 B; 3FF8 A; 3F6I A; 3MR9 A; 3HC2 A; 4C4U A; 4IEF B; 2XZQ L; 1JPS H; 4LCY B; 4B9G A; 2R39 A; 3NTC H; 3IDG B; 4LAS L; 6CGT A; 3DBX A; 4LB8 A; 4UWQ B; 4WKZ B; 4Y4H D; 5IBT H; 1IND H; 2V33 A; 3B9K A; 3E38 A; 3MV7 B; 4QRP D; 3T1F A; 2KUT A; 3TVM A; 1BLI A; 3IJY B; 4ZMV A; 3CD4 A; 5ETU B; 5LHD A; 1PCS A; 4QKX B; 2VN6 A; 3OBA A; 3RWD B; 3X3F H; 5EOR H; 1C5C L; 3VFM A; 1Q0Y H; 4WHC A; 4RFE A; 5H4Z A; 3I02 A; 1O0V A; 1C9S A; 3T0B A; 4QGT A; 1MJJ B; 3STL A; 2CLZ A; 2H0E A; 2CGR H; 2P42 B; 3WXW L; 2IAM D; 43CA B; 1BHG A; 4H20 H; 5B1K A; 4BSW B; 4X80 H; 3BES R; 4OQT L; 3PP3 K; 5F7E L; 4IKN A; 5FXC H; 4DGU A; 5I16 B; 5IOP A; 5BOJ A; 5IFH H; 3O0R L; 3HR5 B; 4IBT A; 2H0F A; 5AFA A; 1NFI B; 2Q86 A; 4G3Y L; 1MF2 H; 2PCX A; 4N2B A; 4H1L B; 1SUJ A; 3WIH A; 1CIC B; 2WBW B; 4BFG A; 2OL3 H; 2YPV H; 2YK1 L; 1UOL A; 1KV3 A; 3BWZ A; 2IPK B; 3K6F A; 4LEX H; 4QCI A; 4NPY A; 2ZCK L; 4XMX A; 4S10 A; 5CJX A; 3DDG A; 1E9O B; 3NJK A; 5BCA A; 1G5G A; 2HX9 A; 4FFY L; 5JXE A; 5G2N A; 4BKL A; 2BVO A; 1ILU A; 4PWI A; 4PYG A; 4F8O A; 2OMW A; 4TUL L; 1XQ4 A; 3WHX B; 3UTS D; 4YDL B; 1GY1 A; 2ZXA A; 4WEM B; 3H6J A; 5AD0 A; 1XGT B; 3RHW K; 3UAA A; 1S9Y A; 3HS9 A; 1FIG H; 3K4D A; 1K5N B; 4O2E A; 3JWO H; 2HLF D; 1N64 H; 4WFH E; 2XNA A; 4GLR I; 4IGB B; 1A4C A; 4IBV A; 4K71 B; 4MZ2 A; 4K94 C; 4MA1 B; 3QCU H; 4ZUT A; 4FNT A; 1Q9K A; 2ZWN A; 2AGJ H; 2VXU L; 3VGD A; 5LGJ B; 3N2J A; 1MAM L; 5D1Z I; 1FH2 A; 1T5X A; 3SKM A; 4XCC H; 1QFU H; 3HG2 A; 1I1A C; 3GEW B; 3MFG B; 4GKZ B; 1LVE A; 3FQW A; 5D7H A; 1TQW A; 2DDQ H; 1E3X A; 3ZL4 H; 3BXN A; 4PJD B; 3SDX B; 5DRZ B; 4EN3 B; 5LDS A; 4Z9K B; 3ULU C; 3QYM A; 2CLR A; 3MBW B; 2A4E A; 4X8C A; 1A25 A; 3NSC A; 5AKT A; 2X4S A; 4FEI A; 3NOI A; 3RUR A; 2VRA A; 1Z9N A; 3WE6 A; 4UZG A; 2VLK B; 5E4E C; 4JPI A; 4O2F A; 1FC2 D; 4RDQ G; 2CBM A; 2G0L A; 3GJF A; 4DCQ A; 4FQI H; 1FZO B; 3VWJ C; 4Y5V C; 2HJF A; 3GKW H; 3PHQ B; 1QKZ H; 2PWE A; 5EBL A; 1UC6 A; 3PY9 A; 2B59 A; 3SDC D; 5FK9 A; 3VRL E; 1KCU H; 4MJJ A; 4JN1 L; 1O75 A; 2D4F A; 2V7H A; 3L5X H; 2WNX A; 3EYQ C; 2ALA A; 3FB6 A; 2ZXC A; 3FPY A; 2EXW D; 2ZIC A; 4Y1A D; 5CLZ A; 3FTZ A; 4YSU A; 5L6Y H; 2Q2E B; 4PRE B; 1IL1 A; 1IE4 A; 4WWO A; 4AJW A; 4HC1 L; 2Y5T B; 3VW3 L; 2X2I A; 1QZN A; 1IFR A; 3DV6 B; 4GS7 B; 4PD4 K; 3QIW D; 5F88 A; 4WHY H; 4XHJ C; 4Y4K D; 1CTN A; 2XYC A; 5EEY A; 2NY3 C; 4N2E A; 2L7J A; 4L3E A; 5FW7 A; 2H1L M; 3P3S A; 4U6V L; 2FJF A; 4F33 B; 4YR6 A; 1KYF A; 1MFD L; 4K55 A; 1TF4 A; 5C0A E; 5C0E A; 2AEQ L; 3CIA A; 2FWO A; 2HRG A; 4LES A; 4RSY A; 2IAA C; 2XN1 A; 5DTF B; 5A2J H; 4DGV H; 5B1J C; 2CPC A; 3NFS H; 5ALB H; 5BS0 E; 3PWJ A; 2VXS H; 4JY5 H; 4YSS A; 3QBT B; 2W0K A; 1JPS L; 3TFB A; 5F9O H; 2CZN A; 3NTC L; 3BZ4 A; 4GB9 A; 3BWU F; 3IFO B; 4OZG F; 3UBX A; 5CZX C; 4WJ5 B; 4FHB D; 2I9L A; 5IBT L; 5CR8 A; 3FB8 B; 1IND L; 5KAN I; 3JSS A; 2PCY A; 3H9H A; 3QEU A; 3DSF H; 4GUP B; 4KJQ C; 2P5P A; 4AYE C; 4LLV A; 4XPF H; 3BVN A; 1H3V A; 1UXM A; 1VRS A; 2BOC B; 2FLR T; 4JFF D; 5EOR L; 3X3F L; 4R3S B; 2NOY A; 2M8X A; 1Q0Y L; 3ZRC C; 1PS3 A; 1A64 A; 2F53 B; 4JRY B; 4GW1 B; 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4LL4 A; 2EDM A; 5ESV B; 3IJ8 A; 2VE6 A; 1FF5 A; 2Q3X A; 4OM0 H; 1W72 H; 4J3O G; 4HX1 A; 5HHM D; 2VN4 A; 2XN0 A; 3FQ1 A; 3O41 A; 2IAL B; 1NPU A; 2X05 A; 1NFD E; 5FS5 A; 3CQQ A; 1ANU A; 1RZK H; 4FQI L; 1NC2 B; 1WSS T; 5GXB B; 3ZHF A; 3GKW L; 1QKZ L; 1R47 A; 3BAK A; 4M9O A; 4GW5 A; 3GIV A; 3O3B B; 5CBE B; 3SE9 H; 1KCU L; 2MH4 A; 1E4W H; 3DJT A; 4XOC A; 4Z8F H; 3L5X L; 3E6H A; 2AJV H; 3CSB A; 5SWQ B; 5I1G H; 5DJ2 A; 5CF3 A; 3CWG A; 3DX6 B; 5DJY A; 1QSZ A; 2X41 A; 3SYP A; 1EEY A; 3QZM A; 1DQL H; 2MNW A; 2Q87 A; 3BQU B; 4CMH B; 5L6Y L; 5BZW B; 4M8Q A; 2HZH A; 2BSS A; 1LNU A; 3L2M A; 5FYL E; 3F84 A; 1DDT A; 4HUN B; 4XB3 A; 4G43 B; 2WYZ A; 1DQQ B; 1OW0 A; 3UBX I; 2OSW A; 1J5H A; 5T5F H; 2XX0 A; 1XTL A; 2BSE A; 4R2G D; 1KJ3 H; 4XPB H; 2PKD A; 5E8N B; 4AJ0 A; 3KLH C; 1UCB H; 1KLG B; 3FUE A; 3UP1 A; 1JL8 A; 3SD2 A; 4P46 A; 4Z7A A; 4RAH A; 3UC2 A; 2YFO A; 1KCB A; 3Q6G H; 4L9L B; 1JWM B; 5HJ3 B; 1DVF B; 1DVT A; 5E8P B; 3WTX A; 3IGK A; 4G5Z H; 2D3V A; 3B3I A; 4DGV L; 1NIB A; 2C7F A; 2FX9 H; 1YHP A; 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