The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
135
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sequence length |
412
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structure length |
412
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Chain Sequence |
TDVATVVSQAKAQMKEAYYTYSHTVTETGQFPDIKDVYAAYNKAKQAYANAVAVVNKAGGAKKDAYLADLQAIYETYVFKANPKSGEARVATYIDAYNYATKLDKMRQELKAAVDAKDLKKAEELYHKISYELKTRTVILDRVYGQSTRELLRSTFKADAQALRDRLIYDITVAMKAREAQDAVKAGNLDKAKAALDQVNQYVSKVTDAFKAELQKAAQDAKAAYEAALTPKVESVSAIDSTSFKVTFTKPVDKATAIPKNFSITLKGTETKLYPKSVEVSESGLTATVTLYDTLVDGKTYTVVTSGLKDTAGKEFETSTNEFTYNKPVPASITFNFNKLPEDSAVDLTKYVTVKDAAGNVIKSGFELEFTSSEKLTQGKFINTTGKKSVIVNATVKGTNVTTGNVILAVED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The structure and binding behavior of the bacterial cell surface layer protein SbsC.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Sugar binding protein
|
source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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molecule keywords |
Surface layer protein
|
total genus |
135
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structure length |
412
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sequence length |
412
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2007-09-14 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF13205 | Big_5 | Bacterial Ig-like domain |
A | PF18058 | SbsC_C | SbsC C-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Immunoglobulin-like | ||
Mainly Beta | Sandwich | Immunoglobulin-like | Immunoglobulin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IX2 A; 2UZX A; 2WQU A; 2RA1 A; 2C9Q A; 1O6V A; 2C9R A; 2OMY A; 2C9P A; 1OT4 A; 1LYQ A; 2OMZ A; 1H6U A; 1NM4 A; 4CC4 A; 2OMV A; 2OMX A; 1H6T A; 1O6S A; 5ICU A; 3BCD A; 4AQ1 A; 1M42 A; 2OMU A; 4CIL A; 2WQX A; 1XEU A; 3BC9 A; 4CC4 C; 2OMW A; 1M9S A; 3FAW A; 3BCF A; 2OMT A; 3FAX A; 4AW4 A; 2WQW A; 2WQV A; 2UZY A; 2Y5Q A; 3BZ5 A; 1O6T A; 2YA1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MA1 C; 1EXU A; 1OGA E; 2DQF A; 2FLR T; 5IG7 A; 2VXS H; 1GCY A; 3HI1 B; 3EUH A; 1FFO A; 5SWS E; 3QOR D; 1NCC L; 1NBY B; 4DO6 A; 5GZN A; 1NDM B; 4JVU A; 4LCI H; 3ROL B; 3H42 H; 3NID B; 4MKM A; 1D5M B; 2EH7 L; 4NEN B; 4UQI M; 3STB A; 3TKL B; 2BVP A; 2LLL A; 2EDE A; 4R7N B; 5DFT A; 3AAC A; 2E4T A; 1EBA A; 5EOC H; 1NPN A; 2OYK A; 4K9E H; 3RYF E; 4TUL H; 4Z7O B; 3LEY L; 1XWM A; 2A73 B; 3LFM A; 2D0G A; 1A6U L; 4YFE A; 1TZI A; 4LLU B; 3FN0 H; 5LGU B; 1QEW B; 4LSR L; 4Z0X A; 2BXY A; 3BO8 B; 5B3S B; 5CGT A; 1D5X A; 1OEZ W; 3VTA A; 5HVH C; 3ES6 B; 4KRP D; 2KLQ A; 2LSJ A; 3LXC A; 4PY8 J; 4KK6 C; 4N8P A; 1AZC A; 1FLR H; 1N6V A; 2JQM A; 3QWQ B; 3BYY A; 3KS0 H; 1U8Q A; 2E7H A; 1HHK A; 3MME A; 5JW3 H; 5L0Q C; 2AZA A; 2WYZ A; 2EDY A; 3EGX B; 3EYS H; 2ORB L; 1LD9 B; 4HZ1 A; 5CSG A; 5HY9 A; 4WFH D; 2Q76 B; 3W82 A; 2BW5 A; 2XII A; 2KBG A; 1Q72 L; 3ULV L; 1VCB C; 1PZ5 A; 2YXM A; 4S0H A; 3GMO B; 1D0Y A; 3IJY B; 4MJ4 A; 2O5Z H; 1BXX A; 4XMT A; 3L3G A; 5DYO A; 2RPA A; 2JMR A; 4HWE L; 1XIW D; 2YOA A; 3QG7 H; 5EZJ B; 5JOP D; 3WKM H; 1YN7 A; 1CCZ A; 4BDV B; 4KKA D; 3T09 A; 3IGF A; 4YBQ D; 1XZ0 A; 5EHF A; 3P3Y A; 2AQR A; 1MI5 B; 4ORZ C; 1WYJ A; 4P09 A; 4EOZ B; 3WGU B; 3ARD A; 5CU9 A; 4OZH A; 1RPU A; 4MNH B; 2P5P A; 4RWY H; 3TLU A; 1G7Q A; 1ZJB A; 1Z1W A; 1QVO B; 2K9F B; 2QGE A; 4EE2 A; 4KJY A; 1F6A B; 4C56 E; 4LAJ H; 4MNG B; 4F58 L; 3NZS A; 4M56 A; 3JV4 A; 3C50 A; 1W9R A; 5EWI L; 5D2L A; 3PJS A; 4BCX A; 2IAN D; 3PAB B; 3QO0 B; 1G9E A; 3QXT A; 5AG8 A; 3SCM D; 1IBG L; 5F7D A; 5J3H D; 4WZX A; 4XBP B; 2Q1E A; 5GON E; 1T98 A; 4IML B; 3PL6 C; 5DMG D; 1YD8 G; 5KW9 H; 5IHW A; 4G11 A; 4GMT H; 1F02 I; 4NOF A; 4R26 H; 5TQ2 L; 5IVO A; 1JZH A; 5BQD A; 3T3M B; 4J3O D; 5KSA C; 2H5U A; 2NUT B; 2H6O A; 2OMV B; 4M61 B; 1W09 A; 3E1F 1; 4OJY A; 1D7D A; 1J8H D; 2I27 N; 2AJU H; 4L8S B; 2CGR H; 1BSI A; 2EIC A; 4ZMZ A; 5DZV A; 3GJF B; 4PLO B; 4WBO A; 3WTV A; 4JCL A; 2I26 N; 1RP8 A; 3IEE A; 1VB9 A; 2J73 A; 3NIF F; 5E2U L; 3E6F A; 4ZI3 C; 1RD6 A; 1N4X L; 3BVN B; 2DBJ A; 3RC3 A; 2UVF A; 1U95 B; 4FI7 A; 1KG0 A; 3VE0 A; 4HMD A; 4NQC B; 4F15 C; 5JOR B; 1R3K A; 4TPR H; 4EDX B; 2IQ9 H; 4PP1 D; 4ZTO L; 4L8D A; 1RJZ A; 3CVB A; 4JJ5 B; 3HLA A; 4F7T B; 5I76 B; 3EYF A; 3O0L A; 1I8K A; 5EPM A; 3O2D H; 2FEC I; 3HZV A; 4N90 D; 4AZU A; 2AEO A; 1JUF B; 2NWB A; 5T1L A; 4AH2 A; 1ZLE A; 4Z78 A; 5FYJ E; 4NKI L; 2XQY A; 3KE0 A; 3QUK B; 4BQ8 A; 1ETJ A; 1GJW A; 5I73 C; 4ODV L; 4MCN A; 1ADW A; 2XZC L; 4IRZ H; 1NUF A; 2NXZ B; 4KDT A; 3FQ4 A; 3UJT L; 1GGB L; 1HHJ A; 4X7C C; 4FA6 A; 2DPK A; 4Z7W E; 4MWF A; 3ZBM A; 2CLR B; 3BUB A; 2JKR M; 2QHR H; 5AYU H; 4Y2D A; 3OQR A; 4PW3 A; 2F54 E; 3LRM A; 3QIW D; 1EEZ A; 2CO4 A; 2L7E A; 2DWS A; 2H6U A; 4RSV A; 5EZY E; 4U3H A; 1IZK A; 3EDJ A; 3UYR L; 4FYQ A; 3T4A B; 5LA6 E; 3LCY A; 1AGD B; 5C3L D; 1NBZ A; 1SJE B; 2ZXA A; 4HXA L; 1OL0 A; 2CHO A; 4ZHQ E; 1OGP A; 5B1A B; 3VXN B; 5KBK A; 1AGB B; 5JR9 C; 3IMW A; 3IWU A; 1QO3 B; 1U8N A; 4IDL A; 4Z7V F; 2LAB A; 4J4P C; 2QPU A; 3MRP A; 4L1H A; 4ZPT B; 4ONF L; 4RFE B; 5AAM A; 4GI8 A; 4N2K A; 1FC1 A; 3DLQ R; 3RX9 A; 1SVB A; 5E1A A; 2ADJ A; 4J5V A; 4M5T A; 4L9L A; 5C09 A; 1UA6 L; 4ZFQ A; 1H3U A; 1M3I A; 4N2L A; 3U25 A; 2QVT A; 4TN9 A; 2F19 H; 3DHM A; 3QZB A; 1JRH I; 3F83 A; 4Z77 A; 1SLV A; 1BBD H; 4FQL L; 2ZID A; 1S35 A; 2WZ5 A; 3JWO C; 3QJZ A; 5C0B D; 5JHL L; 3WDJ A; 3TUR A; 4K3E H; 3PJA A; 2NY2 D; 5FYL E; 1J9S A; 4E41 D; 4HWC A; 1P2C A; 1JCK A; 5AQS B; 5BW7 C; 1LE5 A; 1G7I B; 3BCF A; 2CJU H; 4JG0 L; 3NJV A; 4K73 A; 2ZWZ A; 4NZF A; 4ILB A; 2VR8 A; 2YKS A; 4LQF L; 5HYI A; 4KIT B; 4IL9 A; 5HHM E; 2H8P B; 1X3D A; 3AQD A; 2IH3 B; 4JY4 A; 1X4Y A; 2BER A; 1JAE A; 5AZU A; 5HEJ A; 4H44 C; 2JJV A; 1XTL A; 1KGW A; 4D0D A; 3WIF B; 2HJF A; 4OJC A; 4OLV H; 3BT2 L; 4LPV A; 3RQ3 A; 2XRA H; 5I8E B; 2IAM D; 2J20 A; 1W72 H; 3UU8 A; 1GZH C; 4QI3 A; 4C91 A; 2Z4T A; 3I3D A; 4FL4 B; 4UF7 C; 4WBN E; 1JGE B; 3ASW A; 4XC1 H; 3KPR A; 3PFU A; 3KYO A; 2OMW A; 5JHL A; 1OED B; 3WNN A; 1QBL L; 1Y07 A; 5EDX A; 2W91 A; 2WOB A; 1X6N A; 5ESA A; 5ABH A; 1WWA X; 1ROC A; 2IMM A; 3K74 B; 4JO4 H; 2DD8 H; 3TLS A; 3JTS B; 4LMQ E; 1ACX A; 3APC A; 3HMX L; 4HIJ A; 1ZLW H; 3MN8 A; 1PYW A; 4N2F A; 1A4J B; 3TBB A; 5HPM A; 4YZF F; 3N9M A; 3FUL A; 4ODH L; 3KD4 A; 3SKJ H; 5IHY A; 1OGT A; 2ZWL T; 3MAC L; 3Q7J A; 4HD5 A; 3MOA H; 1KTL A; 5JDN A; 3VRL E; 3RFZ A; 3OJA A; 5JRC A; 4IM8 A; 5MP6 H; 3MVS A; 5EOC J; 1YEE H; 3ARU A; 5IES H; 3LNI A; 3P9M A; 1KGJ A; 4UB0 L; 2FHC A; 1FFN A; 3N9N A; 4X6C A; 5DMK A; 4ADJ A; 1A9V A; 1MND A; 3TYF B; 2B14 A; 4YXK H; 4AZ8 B; 1H0D A; 5BQ7 A; 3BXN B; 3BQK A; 3X12 A; 4YY3 T; 4M1P A; 1KN2 L; 2X70 A; 2XWB A; 2F8V A; 3H37 A; 1CVS C; 4KOC A; 4FNU A; 1KXV C; 3KS0 J; 3RPK A; 4J2C A; 1DQQ A; 2PW2 A; 3HMX A; 4EED A; 2Z65 C; 3QOR B; 5L3C B; 8CGT A; 2UXB T; 4QXT A; 3FNK A; 1EZU A; 5ACL A; 1KJ3 H; 3EYV B; 4HS6 B; 4FJY A; 5SWZ A; 4Z76 B; 1NSN L; 3B5H A; 5IT2 L; 4H9Q C; 1S3R A; 3QRF M; 3LZP A; 2Q9Q C; 4Z3H A; 4NDM A; 2FB4 H; 2N0M A; 3G6J A; 5F7E H; 4H1L B; 2LVE A; 3V5S A; 2X67 A; 1SM3 H; 2UUD H; 3WOV A; 4XP4 L; 3WDI A; 2H7V C; 1HXM A; 2HT3 D; 4FG4 A; 5DUP H; 1B6D A; 3V5H B; 4HJJ H; 3I85 A; 2RQE A; 4MYW B; 1S94 A; 1HIL A; 4RNR A; 1UOV A; 4FLR A; 4KRP B; 4JE4 B; 4JB9 H; 2B2X H; 4FG2 A; 1UX4 A; 2J88 H; 1M6O B; 2WHV A; 1JWS B; 2X9Z A; 3QFD B; 4PJA B; 1CD1 A; 4AGM A; 2JLL A; 1MW0 A; 3QUG A; 1UEM A; 5D5M A; 3AAZ B; 2W66 A; 1C08 A; 2ZP9 A; 5AQP B; 3HRZ B; 3LRL A; 3OTT A; 3SKM A; 4Y16 A; 3P0Y L; 3R18 A; 3AXJ A; 1MHH A; 1JK9 B; 3ZIM A; 2KZW A; 2WZ6 A; 4GP5 B; 4KRL B; 5I0V A; 4N4Y B; 1XIW B; 1Z9N A; 2YD8 A; 4DN3 L; 4NM4 H; 4QHU A; 1CQY A; 4G5Z H; 2PPA A; 4O4L E; 2ID5 A; 4YST A; 2EE2 A; 2IPK B; 4HS3 A; 1W91 A; 4S10 A; 3BRF A; 2XUW A; 1I1F B; 1XH0 A; 4X5X A; 5CU5 A; 2L9Q A; 1T21 B; 5CP7 B; 4OFK A; 1MCE A; 3I75 A; 3RL1 B; 2O61 A; 3NYK A; 4XCF L; 3RWJ A; 4DV6 T; 4NHC L; 3ZE1 E; 5BOP A; 1WF5 A; 3CSG A; 2CXG A; 4LLY A; 3SCM B; 2KQM A; 3L1E A; 5EUL V; 4AQZ A; 2QQQ A; 1Y18 A; 4FQ1 L; 1JRH H; 1AZN A; 1M53 A; 1TPX B; 1S5H A; 4PIB A; 1EVT C; 4AC2 A; 3QJX A; 4NUU A; 4Y5V C; 4S1Q L; 1RJY B; 2GYS A; 2BS3 A; 1YYM H; 3ZDY B; 4CAD B; 5IM7 A; 4TQ8 A; 4NQE E; 1INQ B; 3A4A A; 5JRE A; 1AGC B; 3L5W B; 5JHD A; 5AVT B; 1PKQ E; 1HEZ A; 3S8F B; 3T8V A; 1X5F A; 2OV0 A; 2WQX A; 1RHH A; 4LST L; 4N5E C; 5KVG E; 4LSD A; 1R5V A; 3K1S A; 5C07 A; 4BGD A; 2WAN A; 5FYM A; 2HH7 A; 4GIO A; 2NX5 D; 2VSK B; 2D7T L; 3MO1 B; 3Q44 A; 5LXV A; 3BP4 A; 3PXL A; 2WBJ C; 3QUZ D; 5I15 L; 3CK0 H; 4ZW3 A; 4ZXB A; 5K39 B; 2NLJ A; 1HSA B; 3GI9 H; 4QYA A; 2APS A; 5DDH A; 2RJM A; 1CFT B; 5IF0 B; 3KWW B; 4WWK A; 4DID B; 3IJ8 A; 2KWH A; 5HDL A; 1YUH A; 4PB0 H; 2GT9 A; 1IND H; 4Z91 A; 2WLJ A; 4EAE A; 3ZMR A; 2VW6 A; 1MNE A; 5KVE H; 4LU5 H; 5BMF L; 5JHB A; 4BHU A; 2ITD B; 3UIY A; 3K2U L; 1Q9K A; 3CPU A; 1OPG L; 4GQ9 H; 3S37 H; 3QXD B; 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4WNQ B; 1AAN A; 4H88 H; 4HJ0 D; 2G30 A; 4H8V A; 5HGD B; 3MXW L; 4DMW A; 4XNY H; 3TNN A; 3KNB A; 2AMG A; 2VW4 A; 3CZN A; 4CMM A; 4D9L H; 2CPC A; 1YMM A; 2FDB P; 1SF3 A; 3TO4 D; 4H4N A; 3ARG C; 5CLT A; 2UY7 B; 5FMN A; 3DJB A; 5AVS B; 1PBY A; 4UOQ A; 5L4J A; 5KDM C; 3IFL H; 4G9F D; 1ZJA A; 1XWV A; 2YPL E; 3VWK A; 2V3D A; 2CO7 A; 3AB0 B; 3JV0 A; 1NH6 A; 2VR6 A; 4GSU A; 1E8W A; 1H8L A; 5K1J A; 4KMT H; 2R1W A; 1BZ7 B; 2Q7A A; 2NY5 L; 3ARB C; 3WIA A; 1WEJ H; 3I0Q A; 2ZKM X; 1GHF H; 2FR4 B; 3BH4 A; 4KKP A; 2ZOL B; 4OLY L; 1DED A; 5JIP A; 4RDB A; 4ELD A; 1S7V B; 5CD5 D; 4JFQ B; 2RAL A; 3BKC H; 4WV1 B; 4QWW C; 3U4A A; 4FJZ A; 5CAY B; 3HUJ B; 5CJO L; 1K6Q L; 2DTM L; 1Z9M A; 2V5C A; 4N0U A; 4ZX6 A; 5LGJ B; 3VWJ A; 4C4K O; 1J0Z A; 2C3X A; 2PJQ A; 3ARQ A; 5C2U B; 3WHE 1; 5AB2 A; 4GRW H; 4XMK H; 1BR0 A; 1O6S B; 2F53 D; 3QXV A; 4KH9 A; 5KS9 B; 4JFF E; 1RIH L; 3O2W L; 5JW3 L; 3K3N A; 4X8X A; 4GJT B; 4F8Q A; 2IEP A; 3EYS L; 5JDJ A; 3BWA A; 2VDL H; 3QEQ B; 1FL5 A; 5I18 L; 2JCC E; 4P5M B; 1BJ1 H; 3HFM L; 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